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- PDB-5le1: VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with 2-(2-chloro-6-fluoro... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5le1 | ||||||
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Title | VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with 2-(2-chloro-6-fluorobenzyl)-3-oxoisoindoline-4-carboxylic acid (compound 16) | ||||||
![]() | Metallo-beta-lactamase VIM-2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / metallo-beta-lactamase / inhibitor / complex / antibiotic resistance | ||||||
Function / homology | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, G.-B. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: NMR-filtered virtual screening leads to non-metal chelating metallo-beta-lactamase inhibitors. Authors: Li, G.B. / Abboud, M.I. / Brem, J. / Someya, H. / Lohans, C.T. / Yang, S.Y. / Spencer, J. / Wareham, D.W. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 86.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 807.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5lcaC ![]() 5lcfC ![]() 5lchC ![]() 5lm6C ![]() 4c1dS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 28352.836 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: 2-(2-chloro-6-fluorobenzyl)-3-oxoisoindoline-4-carboxylic acid Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255 Plasmid: OPINF VECTOR BASED ON PTRIEX VECTOR / Details (production host): PLASMID DERIVED NON-GENOMIC / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 344 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/6UW.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/6UW.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-6UW / | #4: Chemical | ChemComp-FMT / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M Magnesium Formate, 24.5% (v/v) Polyethylene glycol 3350, 1 mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine, 5 mM 2-(2-chloro-6-fluorobenzyl)-3-oxoisoindoline-4-carboxylic acid, 16 mg/mL protein |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 26, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.4→50 Å / Num. obs: 53782 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 14.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 1.065 / Net I/av σ(I): 25.7 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 614346 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4c1d Resolution: 1.4→41.016 Å / SU ML: 0.1 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 13.68 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 60.55 Å2 / Biso mean: 19.9788 Å2 / Biso min: 8.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.4→41.016 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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