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- PDB-5n4s: VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with ((S)-3-mercapto-2-me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n4s
タイトルVIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with ((S)-3-mercapto-2-methylpropanoyl)-D-tryptophan (Compound 3)
要素Beta-lactamase VIM-2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / metallo-beta-lactamase / inhibitor (酵素阻害剤) / complex / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性)
機能・相同性
機能・相同性情報


Β-ラクタマーゼ / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ギ酸 / Chem-R38 / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Li, G.-B. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2017
タイトル: Crystallographic analyses of isoquinoline complexes reveal a new mode of metallo-beta-lactamase inhibition.
著者: Li, G.B. / Brem, J. / Lesniak, R. / Abboud, M.I. / Lohans, C.T. / Clifton, I.J. / Yang, S.Y. / Jimenez-Castellanos, J.C. / Avison, M.B. / Spencer, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2017年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase VIM-2
B: Beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,66616
ポリマ－49,3852
非ポリマー1,28114
水9,224512
1
A: Beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2877
ポリマ－24,6921
非ポリマー5956
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3799
ポリマ－24,6921
非ポリマー6878
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.845, 80.308, 68.732
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.340, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-849-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase VIM-2 / Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta- ...Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Metallo-beta-lactamase vim-2 / VIM-2 metallo-beta-lactamase / VIM-2 protein


分子量: 24692.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255
プラスミド: opinf vector based / 詳細 (発現宿主): plasmid derived / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9K2N0
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-R38 / (2~{R})-3-(1~{H}-indol-3-yl)-2-[[(2~{S})-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]propanoic acid


分子量: 306.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H18N2O3S
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1 M Magnesium Formate, 21%~27% (v/v) Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→52.21 Å / Num. obs: 132440 / % possible obs: 98.89 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 10.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 9.026
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.387 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 6825 / % possible all: 97.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.01 Å52.21 Å
Translation5.01 Å52.21 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1c1d

1c1d


解像度: 1.2→52.213 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2002 6391 4.86 %
Rwork0.184 --
obs0.1848 131443 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 55.56 Å2 / Biso mean: 18.3805 Å2 / Biso min: 6.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→52.213 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3419 0 69 518 4006
Biso mean--24.03 30.43 -
残基数----463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0223681
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.025005
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0051260
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.2-1.21360.37711900.37854043423395
1.2136-1.22790.38122300.38363981421195
1.2279-1.24290.42462120.37254067427995
1.2429-1.25860.38832020.37194013421595
1.2586-1.27520.39362280.36524030425896
1.2752-1.29270.36952020.35854051425396
1.2927-1.31110.33742060.33614088429496
1.3111-1.33070.34972040.33074100430497
1.3307-1.35150.32142470.31974084433197
1.3515-1.37370.33912430.31284117436097
1.3737-1.39730.33481950.30034126432197
1.3973-1.42280.32051920.28234169436198
1.4228-1.45010.29712020.27884168437098
1.4501-1.47970.27352220.25844171439398
1.4797-1.51190.26281940.24524164435898
1.5119-1.54710.23132000.2354233443399
1.5471-1.58580.22732240.21854167439199
1.5858-1.62860.23422010.19884225442699
1.6286-1.67660.22691780.18714267444599
1.6766-1.73070.19052030.169142544457100
1.7307-1.79250.16921920.15574228442099
1.7925-1.86430.17532260.149641884414100
1.8643-1.94920.16342320.142542274459100
1.9492-2.05190.15732140.139942564470100
2.0519-2.18050.15242080.133342624470100
2.1805-2.34890.15942090.133142744483100
2.3489-2.58520.15332190.130642524471100
2.5852-2.95930.15172410.135642504491100
2.9593-3.72820.15332810.134242114492100
3.7282-52.26260.14691940.141543864580100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.81861.8655-1.19118.89240.1093.5012-0.1460.48130.81470.6760.00330.9456-0.5125-0.7932-0.02740.19130.0934-0.06740.32560.04360.3948-35.65250.723751.0021
23.3389-0.1230.20683.5535-0.00933.2068-0.06160.12320.2417-0.0586-0.05230.2595-0.138-0.29720.06940.0536-0.0028-0.02440.1294-0.01090.1068-27.5059-5.973448.1872
32.47450.4863-1.35953.7055-1.06886.00950.02520.08380.0462-0.30560.04460.47250.0314-0.4604-0.04360.0759-0.0155-0.01890.2118-0.05820.1956-35.211-11.186546.0752
42.04220.45920.36772.36351.28371.92330.00450.0015-0.1660.1923-0.06220.09990.2361-0.1260.00530.0893-0.02740.01860.0808-0.01170.0915-22.9287-16.564854.3135
51.07630.17390.25751.98190.45991.26160.01350.0902-0.07650.04010.015-0.09450.06750.0363-0.02320.0560.0020.00110.0882-0.00360.0738-13.2323-10.830651.9882
62.4708-2.11581.62554.8902-2.83354.4804-0.035-0.27050.10240.3810.0890.1583-0.1901-0.2965-0.05180.1212-0.01960.0020.1232-0.01590.118-18.97193.842961.758
74.7602-0.2794-1.6352.66722.03928.19140.02750.03110.11520.01290.071-0.2559-0.12210.4538-0.08220.0548-0.0136-0.01810.06990.01150.1036-6.0319-0.060556.8905
85.6681-0.0303-3.05881.55860.02634.37230.01690.25660.2382-0.2299-0.0369-0.0242-0.2312-0.0633-0.00720.1044-0.0109-0.00930.08870.02210.0737-16.76042.367647.0491
94.39690.38392.49094.32712.80377.01930.0468-0.12720.11050.07280.0394-0.0740.07470.0788-0.07640.0572-0.0019-0.0040.06430.00140.1181-11.8878.234960.8956
105.64052.0253-3.84059.3732-1.35628.0678-0.11470.9137-0.7212-0.99780.4372-0.21840.9307-0.219-0.31610.3268-0.0123-0.08910.3236-0.08380.2443-44.02188.353461.0673
113.4564-0.31970.07943.81860.01123.59070.07260.215-0.1915-0.0873-0.0160.1420.2262-0.07360.00890.07450.0133-0.01790.10150.00280.0723-46.49615.248769.9022
128.35321.91140.99553.7741-0.75034.8925-0.07110.34870.0048-0.24740.10980.28450.0607-0.1687-0.03180.11810.038-0.02210.13530.00830.0881-48.885921.02262.47
134.4849-0.59241.38211.3189-0.69442.4310.06820.12750.0212-0.0136-0.03590.0637-0.0903-0.0545-0.03270.08250.01130.00710.05520.00850.0582-41.459822.057572.9764
141.4254-0.25970.07871.7453-0.74632.4430.018-0.02630.12360.20770.0019-0.0353-0.24380.0737-0.01670.1328-0.00020.00230.0661-0.00460.0692-36.940927.747178.5685
151.1533-0.01560.38731.6308-0.32021.3992-0.0101-0.0265-0.06450.1550.03070.0298-0.03-0.027-0.01950.0746-0.0030.0080.07590.01260.0663-39.338912.219581.6892
167.4295-0.8937-1.87742.2222-0.04254.3527-0.0978-0.4161-0.1810.31750.04920.02210.05190.04130.0710.1177-0.002-0.01140.07550.02970.0727-35.45568.189490.1424
173.12-0.1185-2.13491.22650.29746.18660.00230.0875-0.14170.07740.04070.24330.1906-0.3771-0.01230.0626-0.00690.01220.07930.01580.1112-46.13656.224280.1083
185.5496-1.96011.06281.97120.07652.6591-0.0052-0.0110.00680.11610.0229-0.07890.14060.1195-0.01950.1202-0.0013-0.01350.07360.01520.1016-32.27140.41383.3879
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 32 through 44 )B32 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 45 through 88 )B45 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 89 through 102 )B89 - 102
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 103 through 145 )B103 - 145
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 146 through 199 )B146 - 199
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 200 through 215 )B200 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 216 through 229 )B216 - 229
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 230 through 245 )B230 - 245
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 246 through 262 )B246 - 262
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 32 through 44 )A32 - 44
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 45 through 88 )A45 - 88
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 89 through 102 )A89 - 102
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 103 through 122 )A103 - 122
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 123 through 163 )A123 - 163
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 164 through 215 )A164 - 215
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 216 through 229 )A216 - 229
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 230 through 245 )A230 - 245
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 246 through 262 )A246 - 262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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