PDB-5it2: Structure of a transglutaminase 2-specific autoantibody 693-10-B0...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5it2

タイトル

Structure of a transglutaminase 2-specific autoantibody 693-10-B06 Fab fragment

要素

heavy chain
light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Transglutaminase 2 / autoantibody / Fab fragment

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Chen, X. / Dalhus, B. / Hnida, K. / Iversen, R. / Sollid, L.M.

引用

ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2012
タイトル: High abundance of plasma cells secreting transglutaminase 2-specific IgA autoantibodies with limited somatic hypermutation in celiac disease intestinal lesions
著者: Di Niro, R. / Mesin, L. / Zheng, N.Y. / Stamnaes, J. / Morrissey, M. / Lee, J.H. / Huang, M. / Iversen, R. / du Pre, M.F. / Qiao, S.W. / Lundin, K.E. / Wilson, P.C. / Sollid, L.M.

履歴

登録	2016年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5it2.cif.gz	196.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5it2.ent.gz	157 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5it2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5it2_validation.pdf.gz	430.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5it2_full_validation.pdf.gz	433.2 KB	表示
XML形式データ	5it2_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	5it2_validation.cif.gz	37 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/5it2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/5it2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zd3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ws6-3 3qpq-4 5ywf-1 1it9-d 4wht-3 6btj-2 6p9i-1 1ghf-d 6ugs-1 1hil-2 3eo9-d 2y6s-2 2fjf-10 6ugu-1 6xud-d 6o3u-2 4m93-1 6mee-1 15c8-d 5t0y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: heavy chain

L: light chain

47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.592, 63.383, 104.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	heavy chain 分子量: 24363.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	light chain 分子量: 23526.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris, pH=8.5, 20%v/v Ethanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→54.24 Å / Num. obs: 54158 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.082 / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 25.2
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZD3

4zd3

解像度: 1.7→43.867 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2037	-	-	2740
R_work	0.1852	-	-	-
obs	0.1861	54088	97.65 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.867 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3304	0	0	637	3941

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.7293 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3083	128	-
R_work	0.2716	2574	-
obs	-	-	99 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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