PDB-5igw: Macrolide 2'-phosphotransferase type II - complex with GDP and cl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5igw

タイトル

Macrolide 2'-phosphotransferase type II - complex with GDP and clarithromycin

要素

Macrolide 2'-phosphotransferase II

キーワード

TRANSFERASE / macrolide phosphotransferase / kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.096 Å

データ登録者

Berghuis, A.M. / Fong, D.H.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Kinase-Mediated Macrolide Antibiotic Resistance.
著者: Fong, D.H. / Burk, D.L. / Blanchet, J. / Yan, A.Y. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2016年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5igw.cif.gz	146.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5igw.ent.gz	111.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5igw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5igw_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5igw_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5igw_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	5igw_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ighC 5igiC 5igjC 5igpC 5igrC 5igsC 5igtC 5iguSC 5igvC 5igyC 5igzC 5ih0C 5ih1C 5iwuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5iwu-d 3b4n-2 5ih1-d 5igp-d 6dd4-2 5yw4-d 5igv-d 5igt-d 5igj-d 3tdv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Macrolide 2'-phosphotransferase II

ヘテロ分子

35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.173, 81.103, 97.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Macrolide 2'-phosphotransferase II / Macrolide 2'-phosphotransferase II protein MphB / Macrolide 2-phosphotransferase / mph(B) 分子量: 34527.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mphB, pO103_99 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32553
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CTY / CLARITHROMYCIN 分子量: 747.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₆₉NO₁₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.84 % / Mosaicity: 0.877 °
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M calcium acetate, 0.1M Tris, 25-40% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.096→37.447 Å / Num. obs: 18372 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Χ²: 1.064 / Net I/av σ(I): 28.229 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 109125

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.18	2.5	0.18	1	64.6
2.18-2.26	3	0.172	1	83.7
2.26-2.37	3.9	0.15	1	97.4
2.37-2.49	5.8	0.138	1	100
2.49-2.65	7.1	0.122	1	100
2.65-2.85	7.1	0.101	1	100
2.85-3.14	7.1	0.08	1	100
3.14-3.59	7.1	0.063	1	100
3.59-4.52	7.1	0.05	1	100
4.52-50	6.7	0.041	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10pre_2104	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IGU

5igu

解像度: 2.096→37.447 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	1790	9.97 %
R_work	0.1669	-	-
obs	0.1731	17949	92.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.096→37.447 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2362	0	82	301	2745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2520
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.906	3441
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.76	1449
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	381
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	430

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0964-2.1531	0.3069	83	0.2104	761	X-RAY DIFFRACTION	57
2.1531-2.2164	0.2931	109	0.2104	953	X-RAY DIFFRACTION	73
2.2164-2.288	0.2877	129	0.1927	1158	X-RAY DIFFRACTION	89
2.288-2.3697	0.2549	137	0.1768	1242	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3697-2.4646	0.2632	137	0.1895	1294	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4646-2.5767	0.2675	145	0.1874	1297	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5767-2.7126	0.241	146	0.1815	1303	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7126-2.8824	0.2452	143	0.1857	1318	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8824-3.1049	0.235	148	0.1987	1325	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1049-3.4172	0.2419	148	0.1683	1328	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4172-3.9112	0.2226	151	0.149	1349	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9112-4.9259	0.1913	151	0.1298	1372	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9259-37.4526	0.1884	163	0.1563	1459	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0635	-0.0738	0.0367	0.1209	-0.0878	0.0737	-0.0446	-0.0251	0.4064	0.6613	0.0302	0.176	0.0464	-0.161	-0.0101	0.522	0.0523	0.1096	0.3881	-0.0573	0.2554	-10.7041	11.8586	51.2394
2	0.1003	-0.0304	-0.0372	0.1505	0.1289	0.1088	-0.4698	-0.057	0.2259	0.683	0.1486	-0.0365	0.0583	-0.127	-0.0209	0.5237	0.0764	0.0127	0.3991	0.0854	0.2226	-2.7374	7.1523	50.9529
3	1.0383	0.3495	0.3837	0.9861	-0.1522	0.7089	-0.2778	-0.0171	0.0688	0.245	-0.1139	0.1555	0.0654	0.5832	-0.2285	0.2713	0.1087	0.0937	0.3211	0.0709	-0.0267	-5.2584	7.2736	43.9796
4	0.0662	-0.0388	-0.0716	0.0253	0.0531	0.0423	-0.0231	-0.0097	-0.0117	-0.051	-0.009	0.1124	-0.0246	0.0155	-0	0.1609	0.0037	0.0335	0.1888	-0.011	0.2608	-11.6708	8.5952	28.8219
5	0.2438	-0.2893	-0.0978	0.4145	-0.1072	0.4725	-0.1532	-0.2212	-0.1742	0.3476	0.0988	0.1507	0.207	0.0613	-0.0009	0.1829	0.0426	0.0326	0.203	-0.0003	0.2097	-4.7153	4.7762	36.7856
6	0.3083	-0.019	-0.1612	0.2357	0.0298	0.0818	-0.1806	-0.0748	-0.0926	0.0363	0.0198	0.1383	0.0453	0.0448	-0.0087	0.0924	0.0302	-0.0024	0.1595	-0.0056	0.1707	4.8553	-3.9916	25.0937
7	0.4586	-0.2755	-0.1952	0.6244	0.1911	0.5723	0.1863	0.3038	0.1123	-0.3556	-0.1838	0.1771	-0.5885	-0.1704	-0.0264	0.4374	-0.0139	0.0072	0.1268	0.0622	0.1214	4.0753	16.1756	9.9476
8	0.2045	-0.0672	0.0338	0.025	-0.0152	0.009	0.0209	0.3556	-0.1946	-0.1367	-0.1179	0.0511	-0.0464	-0.1534	0.0011	0.4659	-0.0812	0.0339	0.2756	-0.0214	0.1458	7.8665	8.3678	2.6907
9	0.6118	-0.1369	-0.2815	0.6797	0.3149	0.2189	-0.1383	-0.0943	-0.0689	-0.0356	0.1166	0.0801	-0.0465	0.0165	0	0.0865	0.0084	-0.0112	0.1286	0.0004	0.1264	3.3918	1.4894	23.4454
10	0.1702	-0.1952	-0.0056	0.2547	-0.0915	0.2391	-0.0149	0.112	-0.0812	-0.2376	0.0711	-0.1449	0.0007	0.1649	-0.0001	0.1492	-0.0163	0.0139	0.1748	-0.0214	0.1752	8.8667	-3.043	12.4343
11	0.1609	0.0451	0.0834	0.4089	0.387	0.3504	-0.492	-0.2278	0.3432	0.3683	0.355	-0.3918	-0.2301	0.1901	0.0145	0.6428	0.0753	-0.131	0.2042	-0.044	0.2402	8.4598	20.351	23.582
12	0.0011	-0.0012	0.0019	0.0406	-0.0295	0.0192	0.3358	-0.1789	0.2126	-0.5396	0.04	0.1288	-0.2023	-0.2194	0.0029	0.4866	-0.0464	-0.1369	0.3319	0.0077	0.585	16.6854	22.2642	20.0029

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:17)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 18:28)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 29:51)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 52:75)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 76:108)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 109:143)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 144:180)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 181:190)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 191:240)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 241:271)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 272:289)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 290:299)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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