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Yorodumi- PDB-5ih0: Macrolide 2'-phosphotransferase type II Y92M mutant - complex wit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ih0 | ||||||
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Title | Macrolide 2'-phosphotransferase type II Y92M mutant - complex with GDP and erythromycin | ||||||
Components | Macrolide 2'-phosphotransferase II | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / macrolide phosphotransferase / kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
Function / homology | Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / transferase activity / Protein kinase-like domain superfamily / metal ion binding / ACETATE ION / ERYTHROMYCIN A / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Macrolide 2'-phosphotransferase II Function and homology information | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Berghuis, A.M. / Fong, D.H. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2017 Title: Structural Basis for Kinase-Mediated Macrolide Antibiotic Resistance. Authors: Fong, D.H. / Burk, D.L. / Blanchet, J. / Yan, A.Y. / Berghuis, A.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ih0.cif.gz | 208.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ih0.ent.gz | 166.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ih0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ih0_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5ih0_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 5ih0_validation.xml.gz | 19.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5ih0_validation.cif.gz | 29.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/5ih0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/5ih0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ighC 5igiC 5igjC 5igpC 5igrC 5igsC 5igtC 5iguC 5igvC 5igwC 5igyC 5igzC 5ih1C 5iwuSC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 34495.234 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: Y92M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: BM2506 / Gene: mphB, pO103_99 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O32553 |
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-Non-polymers , 5 types, 455 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MG / |
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#3: Chemical | ChemComp-ACT / |
#4: Chemical | ChemComp-GDP / |
#5: Chemical | ChemComp-ERY / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 / Details: 0.1 M calcium acetate, 0.1M Tris, 25-40% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Oct 13, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DCM / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→41.395 Å / Num. obs: 38102 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 25.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5IWU Resolution: 1.65→41.395 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 20.35
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 84.23 Å2 / Biso mean: 24.66 Å2 / Biso min: 3.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→41.395 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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