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- PDB-5o9w: Thebaine 6-O-demethylase (T6ODM) from Papaver somniferum in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o9w
タイトルThebaine 6-O-demethylase (T6ODM) from Papaver somniferum in complex with 2-oxoglutarate
要素Thebaine 6-O-demethylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-oxoglutarate dependent dioxygenase / morphine biosynthesis / oripavine / thebaine
機能・相同性
機能・相同性情報


thebaine 6-O-demethylase / (S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase activity / thebaine 6-O-demethylase activity / morphine biosynthetic process / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Thebaine 6-O-demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Papaver somniferum (ケシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kluza, A. / Niedzialkowska, E. / Kurpiewska, K. / Porebski, P.J. / Borowski, T.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
National Science CentreUMO-2014/14/E/NZ1/00053 ポーランド
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of thebaine 6-O-demethylase from the morphine biosynthesis pathway.
著者: Kluza, A. / Niedzialkowska, E. / Kurpiewska, K. / Wojdyla, Z. / Quesne, M. / Kot, E. / Porebski, P.J. / Borowski, T.
履歴
登録2017年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.22018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thebaine 6-O-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,69624
ポリマ－40,9371
非ポリマー1,76023
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint31 kcal/mol
Surface area16760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.044, 87.424, 94.863
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Thebaine 6-O-demethylase


分子量: 40936.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Papaver somniferum (ケシ) / 遺伝子: T6ODM, DIOX1 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Magic / 参照: UniProt: D4N500, thebaine 6-O-demethylase

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非ポリマー , 7種, 400分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子量: 103.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.4
詳細: 19% PEG 3350, 200 mM disodium 2-oxoglutarate. Concentration of protein 37.5 mg/ml.

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→41.43 Å / Num. obs: 33795 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.773
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 2.271 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000位相決定
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5O7Y

5o7y


解像度: 1.85→41.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.912 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.132 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21358 1633 4.9 %RANDOM
Rwork0.16175 ---
obs0.16428 31662 97.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.612 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→41.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2766 0 77 377 3220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4141.9964097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91136822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2835396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.45125.366123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.01915559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8781511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02550
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7992.3371481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7962.3361480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0173.4821862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0183.4821863
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8132.4921555
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8092.4921555
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.823.6282218
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.42927.6583362
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.42927.6663363
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.851→1.899 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 97 -
Rwork0.223 2103 -
obs--88.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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