PDB-5igi: Macrolide 2'-phosphotransferase type I - complex with guanosine a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5igi

タイトル

Macrolide 2'-phosphotransferase type I - complex with guanosine and azithromycin

要素

Macrolide 2'-phosphotransferase

キーワード

TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / macrolide phosphotransferase / kinase / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Berghuis, A.M. / Fong, D.H.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Kinase-Mediated Macrolide Antibiotic Resistance.
著者: Fong, D.H. / Burk, D.L. / Blanchet, J. / Yan, A.Y. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2016年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5igi.cif.gz	206.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5igi.ent.gz	168 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5igi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ighSC 5igjC 5igpC 5igrC 5igsC 5igtC 5iguC 5igvC 5igwC 5igyC 5igzC 5ih0C 5ih1C 5iwuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5igt-d 5igr-d 5igp-d 3g2f-1 5dcf-d 5yw4-d 1o8d-d 3soc-2 6ggh-1 3k5k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Macrolide 2'-phosphotransferase

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Macrolide 2'-phosphotransferase

ヘテロ分子

A: Macrolide 2'-phosphotransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.310, 45.310, 247.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Macrolide 2'-phosphotransferase / Macrolide 2'-phosphotransferase I / Macrolide 2'-phosphotransferase I Mph(A) / Macrolide 2'- ...Macrolide 2'-phosphotransferase I / Macrolide 2'-phosphotransferase I Mph(A) / Macrolide 2'-phosphotransferase Mph(A) / Macrolide 2-phosphotransferase / Macrolide 2-phosphotransferase protein / macrolide resistance protein / Macrolide-phosphotransferase / mph(A) / Mph(A) / Mph(A) macrolide 2'-phosphotransferase I / Uncharacterized protein 分子量: 33266.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Tf481A 遺伝子: mphA, mph(A), mph2, AM267_25240, AM268_24740, AN205_25580, AN669_16770, ASU34_20250, AZ95_0038, ECONIH1_26770, ERS085366_04054, ERS085367_04848, ERS139269_04809, ERS150873_04753, ETN48_ ...遺伝子: mphA, mph(A), mph2, AM267_25240, AM268_24740, AN205_25580, AN669_16770, ASU34_20250, AZ95_0038, ECONIH1_26770, ERS085366_04054, ERS085367_04848, ERS139269_04809, ERS150873_04753, ETN48_p0083, orf00017, pCTXM123_C0996_11, pKC394-009, SK74_04859, SK86_03516, UN86_19875 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47396
#2: 化合物	ChemComp-GMP / GUANOSINE / グアノシン分子量: 283.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₅
#3: 化合物	ChemComp-ZIT / AZITHROMYCIN / アジスロマイシン分子量: 748.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₇₂N₂O₁₂ / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.1 M Na citrate, 25% PEG 4000, 17% isopropanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月23日

放射

モノクロメーター: DCM / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→39.24 Å / Num. obs: 90023 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 18.51

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.2-1.23		0.243	2.95	1	71.6
1.23-1.26		0.226	3.63	1	82.6
1.26-1.3		0.212	4.36	1	92.6
1.3-1.34		0.179	5.89	1	98.7
1.34-1.39		0.156	8.27	1	100
1.39-1.43		0.132	10.62	1	99.9
1.43-1.49		0.106	12.98	1	99.9
1.49-1.55		0.088	15.52	1	99.9
1.55-1.62		0.074	18.19	1	99.9
1.62-1.7		0.065	20.3	1	99.7
1.7-1.79		0.056	23.47	1	99.9
1.79-1.9		0.049	26.49	1	99.5
1.9-2.03		0.043	30.18	1	99.6
2.03-2.19		0.04	33.22	1	99.3
2.19-2.4		0.039	35.07	1	98.9
2.4-2.68		0.037	36.29	1	99
2.68-3.1		0.035	38.46	1	99
3.1-3.79		0.034	39.81	1	98.1
3.79-5.37		0.034	39.68	1	97.6
	5.37	0.035	37.84	1	92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	March 5, 2012	データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	位相決定
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5IGH

5igh

解像度: 1.2→39.24 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.34

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1628	4515	5.02 %
R_work	0.1608	-	-
obs	0.1609	90019	95.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.53 Å² / B_iso mean: 18.88 Å² / B_iso min: 7.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.2→39.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2334	0	172	506	3012
B_iso mean	-	-	17.42	29.14	-
残基数	-	-	-	-	300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2618
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.401	3605
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	417
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	461
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.932	926

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.2-1.2136	0.1936	109	0.2184	1971	2080	68
1.2136-1.2279	0.2097	106	0.2126	2231	2337	74
1.2279-1.2429	0.2326	126	0.2073	2234	2360	78
1.2429-1.2586	0.2113	136	0.2246	2498	2634	84
1.2586-1.2752	0.2555	135	0.2442	2538	2673	88
1.2752-1.2926	0.2612	147	0.227	2757	2904	93
1.2926-1.3111	0.217	145	0.2101	2813	2958	96
1.3111-1.3307	0.2046	157	0.1858	2940	3097	99
1.3307-1.3515	0.2051	148	0.1771	2911	3059	100
1.3515-1.3736	0.1709	161	0.1767	2964	3125	100
1.3736-1.3973	0.1849	153	0.1769	2894	3047	100
1.3973-1.4227	0.1975	155	0.174	2975	3130	100
1.4227-1.4501	0.228	154	0.1778	2920	3074	100
1.4501-1.4797	0.1913	152	0.1702	2956	3108	100
1.4797-1.5119	0.208	159	0.1711	2983	3142	100
1.5119-1.547	0.18	151	0.1598	2905	3056	100
1.547-1.5857	0.1636	157	0.1529	2945	3102	100
1.5857-1.6286	0.1705	159	0.1525	2985	3144	100
1.6286-1.6765	0.1647	155	0.1538	2974	3129	100
1.6765-1.7306	0.1582	155	0.1583	2945	3100	100
1.7306-1.7925	0.1645	160	0.1619	2973	3133	100
1.7925-1.8642	0.1603	157	0.1593	2951	3108	99
1.8642-1.9491	0.1783	160	0.1542	2976	3136	100
1.9491-2.0518	0.1653	157	0.1515	2994	3151	99
2.0518-2.1804	0.1342	163	0.1434	3018	3181	99
2.1804-2.3487	0.1768	155	0.1474	2955	3110	99
2.3487-2.585	0.1537	159	0.1521	2988	3147	99
2.585-2.959	0.1659	155	0.1609	3056	3211	99
2.959-3.7276	0.1345	159	0.1529	3082	3241	98
3.7276-39.2606	0.1588	170	0.1685	3172	3342	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1234	-2.9152	2.0807	2.5271	-1.8454	1.4015	0.1447	-0.3084	0.4442	-0.4763	-0.0967	0.2385	-0.641	0.1597	-0.1229	0.4177	-0.0966	-0.0233	0.2339	-0.0169	0.3183	34.7353	57.2644	290.1087
2	1.7111	0.256	-0.0597	2.391	-1.4627	3.043	0.1665	-0.127	0.1916	0.4281	0.0014	0.1785	-0.6228	-0.3013	-0.1652	0.3297	0.0571	0.0119	0.1618	-0.0112	0.1634	23.6829	58.6357	283.0918
3	3.5081	-2.6725	0.4503	4.5618	2.6024	3.5255	-0.2574	-0.4424	0.0439	0.3761	0.0981	-0.1697	-0.0948	-0.241	0.1759	0.2455	0.0196	-0.0375	0.4106	-0.033	0.2215	31.2588	48.0743	286.0261
4	0.5578	0.9758	-0.2142	2.0387	-1.2431	2.6134	-0.0689	-0.0009	-0.136	0.1336	-0.0711	-0.0842	0.0032	0.0588	0.1025	0.1692	0.0065	0.0084	0.1736	0.0034	0.1659	28.5746	50.0364	279.2848
5	2.9095	1.8863	1.059	1.7313	0.6852	0.7001	0.0049	0.2633	0.016	-0.0438	0.0397	0.0142	-0.0533	0.1068	-0.036	0.1172	0.0134	0.0015	0.1172	-0.0024	0.1185	26.5328	49.2517	263.6948
6	3.5042	-1.0663	1.1379	6.2904	-3.3018	3.766	0.1299	-0.0848	0.2779	0.3513	-0.0787	0.5849	-0.2822	-0.685	-0.0673	0.1905	0.0302	-0.0031	0.4218	-0.0494	0.2108	13.6872	38.8354	264.1511
7	0.4776	0.2516	-0.3651	1.0611	0.1481	0.6586	0.0137	-0.0407	0.066	0.0894	-0.0187	0.097	-0.0258	-0.0487	-0.0058	0.1097	0.0109	-0.0027	0.1253	-0.0021	0.1192	21.9828	45.8048	275.1292
8	7.2011	1.0867	0.1683	2.2075	-0.3473	2.8729	-0.0155	-0.3809	0.7481	0.0389	-0.0816	-0.1179	-0.0076	0.3073	0.1029	0.1813	0.0187	-0.0102	0.197	-0.0096	0.1803	33.7349	30.0241	282.3349
9	0.6299	-0.1424	-0.0064	0.4625	0.2798	0.914	0.0273	0.0556	-0.0283	0.0017	-0.0574	0.0197	0.0638	-0.0481	0.0236	0.0711	-0.002	-0.0055	0.0972	0.0032	0.087	23.9103	32.7519	259.5057
10	4.0599	0.934	2.0491	0.9368	0.2945	1.08	-0.0472	0.29	0.2799	-0.0248	-0.2196	-0.2896	-0.2156	0.737	0.1185	0.097	-0.0202	-0.0099	0.2666	0.0742	0.1691	47.6286	37.2593	255.45
11	2.0549	0.7749	1.2036	0.4162	0.4941	1.3191	0.0712	0.2522	-0.2052	-0.0144	0.0777	-0.2942	0.1076	0.3946	-0.1067	0.0926	0.0152	0.0084	0.1446	-0.0171	0.1505	49.2582	25.8403	255.8344
12	0.7043	-0.0284	-0.1615	0.7347	0.2125	0.6858	-0.0164	-0.0097	-0.0632	0.0464	-0.0069	0.0062	0.0423	0.0365	0.0268	0.0759	-0.0027	-0.0034	0.1001	0.0026	0.0896	28.4671	30.6	265.1553
13	6.3574	-0.7033	2.4165	2.4378	-0.4889	3.2861	-0.04	-0.4649	-0.6075	0.0813	0.0951	-0.2739	0.317	-0.0377	-0.0178	0.1328	0.003	0.0211	0.1503	0.0471	0.2318	27.1239	16.9796	266.315
14	1.8644	0.2761	-0.3912	0.3965	-0.1041	0.5672	0.0161	0.0188	0.0719	-0.0291	-0.0107	0.0122	0.0034	0.0347	-0.0037	0.0941	0.008	0.0012	0.1055	0.001	0.1146	34.8533	27.8143	260.3392
15	1.7855	-0.3556	-0.0359	2.7015	0.2717	2.3745	0.08	-0.4284	0.1895	0.239	-0.02	0.0402	-0.0824	-0.0084	-0.0487	0.1349	-0.0231	-0.0111	0.2535	-0.0222	0.182	51.2824	35.1344	269.4031

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:11)	A	2 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 12:26)	A	12 - 26
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 27:30)	A	27 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 31:56)	A	31 - 56
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 57:73)	A	57 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 74:78)	A	74 - 78
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 79:102)	A	79 - 102
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 103:118)	A	103 - 118
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 119:157)	A	119 - 157
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 158:170)	A	158 - 170
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 171:185)	A	171 - 185
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 186:240)	A	186 - 240
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 241:249)	A	241 - 249
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 250:284)	A	250 - 284
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 285:301)	A	285 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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