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Yorodumi- PDB-5igj: Macrolide 2'-phosphotransferase type I - complex with guanosine a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5igj | ||||||
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Title | Macrolide 2'-phosphotransferase type I - complex with guanosine and clarithromycin | ||||||
Components | Macrolide 2'-phosphotransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / macrolide phosphotransferase / kinase / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
Function / homology | : / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / transferase activity / Protein kinase-like domain superfamily / CLARITHROMYCIN / GUANOSINE / ISOPROPYL ALCOHOL / Macrolide 2'-phosphotransferase I Function and homology information | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.4 Å | ||||||
Authors | Berghuis, A.M. / Fong, D.H. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2017 Title: Structural Basis for Kinase-Mediated Macrolide Antibiotic Resistance. Authors: Fong, D.H. / Burk, D.L. / Blanchet, J. / Yan, A.Y. / Berghuis, A.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5igj.cif.gz | 202.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5igj.ent.gz | 164.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5igj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5igj_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5igj_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 5igj_validation.xml.gz | 18.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5igj_validation.cif.gz | 28.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ighSC 5igiC 5igpC 5igrC 5igsC 5igtC 5iguC 5igvC 5igwC 5igyC 5igzC 5ih0C 5ih1C 5iwuC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33266.828 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: Tf481A Gene: mphA, mph(A), mph2, AM267_25240, AM268_24740, AN205_25580, AN669_16770, ASU34_20250, AZ95_0038, ECONIH1_26770, ERS085366_04054, ERS085367_04848, ERS139269_04809, ERS150873_04753, ETN48_p0083, ...Gene: mphA, mph(A), mph2, AM267_25240, AM268_24740, AN205_25580, AN669_16770, ASU34_20250, AZ95_0038, ECONIH1_26770, ERS085366_04054, ERS085367_04848, ERS139269_04809, ERS150873_04753, ETN48_p0083, orf00017, pCTXM123_C0996_11, pKC394-009, SK74_04859, SK86_03516, UN86_19875 Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q47396 |
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#2: Chemical | ChemComp-GMP / |
#3: Chemical | ChemComp-CTY / |
#4: Chemical | ChemComp-IPA / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.2 Details: 0.1 M Na citrate, 25% PEG 4000, 20% isopropanol. 0.2 M ammonium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Oct 13, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DCM / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.4→41.183 Å / Num. obs: 57398 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 24.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5IGH Resolution: 1.4→41.183 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 15.46
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.61 Å2 / Biso mean: 17.73 Å2 / Biso min: 2.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.4→41.183 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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