PDB-5igy: Macrolide 2'-phosphotransferase type II - complex with GDP and er...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5igy

タイトル

Macrolide 2'-phosphotransferase type II - complex with GDP and erythromycin

要素

Macrolide 2'-phosphotransferase II

キーワード

TRANSFERASE / macrolide phosphotransferase / kinase

機能・相同性

Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / transferase activity / Protein kinase-like domain superfamily / metal ion binding / ERYTHROMYCIN A / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Macrolide 2'-phosphotransferase II

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Berghuis, A.M. / Fong, D.H.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Kinase-Mediated Macrolide Antibiotic Resistance.
著者: Fong, D.H. / Burk, D.L. / Blanchet, J. / Yan, A.Y. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2016年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5igy.cif.gz	208.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5igy.ent.gz	167 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5igy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5igy_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5igy_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5igy_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	5igy_validation.cif.gz	30.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ighC 5igiC 5igjC 5igpC 5igrC 5igsC 5igtC 5iguC 5igvC 5igwSC 5igzC 5ih0C 5ih1C 5iwuC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5iwu-d 5igr-d 5ih1-d 5igi-d 5o1m-1 5igw-d 7nee-d 5lt1-2 7a40-1 6y8n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Macrolide 2'-phosphotransferase II

ヘテロ分子

35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.870, 80.520, 97.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Macrolide 2'-phosphotransferase II / Macrolide 2'-phosphotransferase II protein MphB / Macrolide 2-phosphotransferase / mph(B) 分子量: 34527.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BM2506 / 遺伝子: mphB, pO103_99 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32553
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-ERY / ERYTHROMYCIN A / エリスロマイシン分子量: 733.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₆₇NO₁₃ / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1M Tris, 25-40% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月23日

放射

モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→41.818 Å / Num. obs: 56698 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 25.55

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.45-1.49		0.758	2.85	1	99.9
1.49-1.53		0.561	3.8	1	100
1.53-1.57		0.418	5.15	1	99.9
1.57-1.62		0.325	6.62	1	100
1.62-1.67		0.268	8.18	1	100
1.67-1.73		0.203	10.66	1	100
1.73-1.8		0.159	13.35	1	100
1.8-1.87		0.12	17.41	1	100
1.87-1.96		0.086	23.88	1	100
1.96-2.05		0.068	29.59	1	100
2.05-2.16		0.055	35.95	1	99.9
2.16-2.29		0.048	41.04	1	100
2.29-2.45		0.043	44.57	1	100
2.45-2.65		0.038	48.84	1	100
2.65-2.9		0.035	53.89	1	100
2.9-3.24		0.031	58.62	1	100
3.24-3.74		0.029	62.36	1	99.9
3.74-4.59		0.027	64.71	1	99.9
4.59-6.48		0.026	63.7	1	100
	6.48	0.028	61.08	1	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5IGW

5igw

解像度: 1.45→41.818 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 18.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1958	2835	5 %
R_work	0.1701	-	-
obs	0.1714	56698	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.79 Å² / B_iso mean: 20.84 Å² / B_iso min: 4.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.45→41.818 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2382	0	159	520	3061
B_iso mean	-	-	12.33	30.05	-
残基数	-	-	-	-	295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2589
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.302	3535
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	386
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	444
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.365	936

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.4499-1.4749	0.2639	140	0.2512	2660	2800
1.4749-1.5017	0.2698	138	0.2437	2613	2751
1.5017-1.5306	0.2455	141	0.2225	2692	2833
1.5306-1.5618	0.2398	138	0.2065	2610	2748
1.5618-1.5958	0.2584	143	0.1988	2705	2848
1.5958-1.6329	0.235	138	0.19	2631	2769
1.6329-1.6738	0.2347	140	0.1843	2660	2800
1.6738-1.719	0.2653	141	0.1784	2682	2823
1.719-1.7696	0.2002	140	0.1836	2659	2799
1.7696-1.8267	0.2175	142	0.1794	2683	2825
1.8267-1.892	0.2245	141	0.18	2686	2827
1.892-1.9678	0.2409	139	0.1735	2657	2796
1.9678-2.0573	0.2136	142	0.1686	2685	2827
2.0573-2.1658	0.1643	140	0.1578	2685	2825
2.1658-2.3015	0.1852	143	0.1521	2710	2853
2.3015-2.4791	0.1613	142	0.1552	2709	2851
2.4791-2.7286	0.1674	144	0.1595	2718	2862
2.7286-3.1233	0.2	144	0.162	2744	2888
3.1233-3.9346	0.1601	147	0.1518	2779	2926
3.9346-41.8354	0.1893	152	0.1722	2895	3047

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2336	-0.2485	0.0803	1.8248	0.2644	2.0409	0.2253	-0.2016	-0.761	0.2488	0.005	-0.0051	0.4622	-0.048	-0.2583	0.4835	0.0211	-0.2258	0.2223	0.0101	0.349	11.5774	-10.9601	51.0584
2	3.1801	3.2906	4.7853	3.961	5.6988	8.583	0.1129	-0.2812	0.0054	0.5008	-0.1212	0.1622	-0.0422	-0.184	0.027	0.3536	-0.0711	0.022	0.2524	-0.0017	0.1777	0.4551	-7.439	49.5316
3	0.995	1.0643	0.9338	3.0724	2.6034	3.03	0.0694	-0.147	-0.1606	0.2109	-0.1006	-0.0771	0.1533	-0.2308	0.0842	0.2174	0.0238	-0.0602	0.1827	-0.035	0.1575	5.3438	-6.2099	43.7404
4	5.8925	1.0805	-1.5025	2.7407	-0.5092	2.5283	0.0818	0.041	-0.1968	-0.1304	0.1665	-0.308	0.103	0.2001	-0.1144	0.3917	-0.0335	-0.1195	0.1731	-0.0885	0.509	8.0469	-20.6263	35.6561
5	1.1683	-0.7871	2.147	5.9173	-2.2289	4.0611	-0.0847	-0.07	-0.3308	-0.0107	-0.0956	-0.3057	0.5652	0.2114	0.142	0.2828	0.0896	-0.0097	0.2449	-0.0188	0.2808	12.9105	-14.8967	29.5888
6	0.8555	-0.2563	0.0712	0.9322	0.3143	0.7422	-0.0101	0.0775	0.1588	-0.0097	0.1678	-0.3023	0.0011	0.3666	0.0761	0.054	0.0226	-0.0455	0.1673	-0.0578	0.2013	10.6307	0.6897	27.9872
7	2.3899	0.4302	1.205	0.3672	0.8509	1.997	0.1515	0.0131	-0.3733	0.1485	0.059	-0.1838	0.3111	0.101	-0.2191	0.2029	0.0862	-0.181	0.1905	-0.0938	0.3416	14.1416	-10.3317	38.8434
8	2.4763	-0.5405	1.3886	1.3516	0.7869	2.0165	-0.1199	-0.2759	-0.1308	0.2864	0.0939	0.0783	0.1406	-0.1533	0.0304	0.1064	0.0157	-0.0016	0.1109	-0.0076	0.0762	-2.9083	-3.6756	37.5052
9	4.6381	-2.6489	0.4405	4.936	0.1874	4.2394	-0.1895	-0.369	-0.093	0.146	-0.0554	0.4111	0.0818	-0.2666	0.1776	0.0909	0.035	0.0191	0.2288	-0.0348	0.1665	-16.4769	-0.0452	32.5015
10	4.3287	-1.2875	-0.8216	1.3127	0.2232	1.4013	-0.0581	0.1039	0.37	-0.04	0.0762	-0.1413	-0.2611	0.0976	-0.0283	0.067	-0.0242	-0.0241	0.0863	-0.0008	0.1217	2.5162	4.9897	21.1842
11	4.3514	-1.1452	0.5433	4.1082	-1.9822	3.1974	0.0108	0.1545	-0.0141	-0.1849	0.1428	-0.3315	0.1455	0.2381	-0.0889	0.1392	0.0129	0.0592	0.1464	-0.0503	0.1118	9.2659	-9.3927	12.9674
12	0.7871	0.1219	-0.073	1.2538	-0.0055	1.0247	-0.0647	0.2506	-0.3006	-0.2027	-0.019	0.0337	0.4124	-0.1393	-0.008	0.3512	-0.0713	0.0597	0.1475	-0.0901	0.1367	-1.7982	-17.4325	8.6758
13	0.2758	-0.5162	0.0297	1.6829	-0.5138	0.2988	0.0714	0.0819	-0.3459	-0.1341	-0.0772	0.2885	0.4234	-0.2714	-0.2331	0.3495	-0.2632	-0.0424	0.2766	-0.2088	0.1651	-12.0594	-18.1123	8.0629
14	3.2179	1.3001	1.8884	2.0942	1.526	1.9264	-0.1698	0.397	0.1213	-0.4945	-0.0893	0.0534	-0.1154	-0.1492	0.1399	0.2633	-0.0315	0.0277	0.2681	-0.0012	0.0749	-3.7196	-4.5618	3.1017
15	1.0429	0.0524	-0.0072	0.7897	-0.2496	1.2556	-0.1243	-0.0253	0.1476	0.0436	0.0446	-0.0028	0.0256	-0.134	0.0594	0.0461	0.005	-0.0147	0.0719	-0.0189	0.0762	-3.1044	-1.5533	24.667
16	4.2669	0.5352	-0.7625	1.7004	0.3545	1.6445	-0.0872	0.2514	0.3149	-0.192	0.0979	0.2167	-0.2018	-0.1913	0.0551	0.0762	-0.0076	-0.045	0.1081	0.0427	0.1449	-8.099	7.5031	15.686
17	5.8372	2.5916	-1.1715	4.1474	-0.8552	2.6376	0.0685	0.4842	0.2183	-0.4606	0.0378	0.0905	-0.1992	-0.2796	-0.051	0.1815	0.0004	-0.0165	0.1645	0.0383	0.1063	-6.2494	2.4244	7.6809
18	0.7145	0.1477	-0.6742	0.4857	0.1208	1.4008	-0.173	0.1304	-0.1987	0.0368	-0.023	0.092	0.4786	-0.216	0.1096	0.1922	-0.0828	0.0192	0.1353	-0.0306	0.1181	-9.0183	-12.3206	16.368
19	3.9073	-2.3557	1.843	3.0388	1.0623	3.795	-0.2441	-0.4073	-0.2873	0.1021	0.0166	0.2849	0.3699	-0.3424	0.1504	0.3258	0.0068	0.097	0.1934	0.049	0.3304	-9.7853	-22.8284	26.6354
20	7.4619	2.8425	1.4797	6.4495	-2.5543	4.0064	0.0668	-0.128	0.157	0.1705	0.0251	0.5062	0.011	-0.2205	-0.0986	0.4534	-0.2954	0.2125	0.5347	-0.1605	0.6225	-17.1612	-21.4569	17.8578

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:19)	A	4 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 20:29)	A	20 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 30:51)	A	30 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 52:56)	A	52 - 56
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 57:62)	A	57 - 62
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 63:81)	A	63 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 82:89)	A	82 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 90:106)	A	90 - 106
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 107:118)	A	107 - 118
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 119:144)	A	119 - 144
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 145:153)	A	145 - 153
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 154:168)	A	154 - 168
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 169:184)	A	169 - 184
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 185:193)	A	185 - 193
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 194:240)	A	194 - 240
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 241:256)	A	241 - 256
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 257:264)	A	257 - 264
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 265:280)	A	265 - 280
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 281:293)	A	281 - 293
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 294:298)	A	294 - 298

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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