PDB-7nee: Inhibitor Complex with Thrombin Activatable Fibrinolysis inhibito...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nee

タイトル

Inhibitor Complex with Thrombin Activatable Fibrinolysis inhibitor (TAFIa)

要素

Carboxypeptidase B2

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxypeptidase U / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of plasminogen activation / negative regulation of fibrinolysis / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / fibrinolysis / metallocarboxypeptidase activity / liver regeneration / Regulation of Complement cascade ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Brown, D.G. / Schaffner, A.P. / Gloanec, P. / Raimbaud, E. / Vuillard, L.M.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Phosphinanes and Azaphosphinanes as Potent and Selective Inhibitors of Activated Thrombin-Activatable Fibrinolysis Inhibitor (TAFIa).
著者: Schaffner, A.P. / Sansilvestri-Morel, P. / Despaux, N. / Ruano, E. / Persigand, T. / Rupin, A. / Mennecier, P. / Vallez, M.O. / Raimbaud, E. / Desos, P. / Gloanec, P.

履歴

登録	2021年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nee.cif.gz	275 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nee.ent.gz	215.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nee.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/7nee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/7nee	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7neuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d67-2 3d66-3 3d67-1 4p10-d 3d67-3 3d68-3 3dgv-4 3cin-d 1a39-d 6fhp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carboxypeptidase B2

ヘテロ分子

46.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.170, 95.500, 157.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Carboxypeptidase B2 / Carboxypeptidase U / CPU / Plasma carboxypeptidase B / pCPB / Thrombin-activable fibrinolysis inhibitor / TAFI 分子量: 45932.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: S58063 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPB2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96IY4, carboxypeptidase U
#2: 化合物	ChemComp-U9B / (1R,3S)-3-(4-ammoniobutyl)-1-benzyl-1,4-azaphosphinan-1-ium-3-carboxylate 4,4-dioxide / 4-[(1~{R},3~{S})-3-carboxy-4-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-(phenylmethyl)-1,4$l^{5}-azaphosphinan-1-ium-3-yl]butylazanium 分子量: 342.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₇N₂O₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 23% PEG 8000, 200mM Ammonium Citrate, 100 mM MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03324 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03324 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→37.384 Å / Num. obs: 15499 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.55→2.66 Å / Num. unique obs: 1862

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 2.55→37.384 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.898 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.861 / SU B: 40.539 / SU ML: 0.385 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.852 / ESU R Free: 0.387 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3156	773	5 %
R_work	0.2543	14686	-
all	0.257	-	-
obs	-	15459	95.627 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.852 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.824 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-9.228 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.404 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→37.384 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3136	0	24	20	3180

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3249
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.86	1.633	4434
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.263	1.569	6656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.755	5	399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.233	22.407	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.003	15	481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.503	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3722
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	796
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	717
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	2885
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.094	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.253	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.481	2.586	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.481	2.586	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.492	3.878	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.491	3.878	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.365	2.65	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.361	2.651	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.333	3.933	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.332	3.934	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.053	29.351	3623
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.053	29.35	3623

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.616	0.443	64	0.397	1081	X-RAY DIFFRACTION	94.3941
2.616-2.688	0.376	62	0.376	1016	X-RAY DIFFRACTION	95.5674
2.688-2.766	0.488	46	0.391	1026	X-RAY DIFFRACTION	96.4029
2.766-2.851	0.492	48	0.382	986	X-RAY DIFFRACTION	97.1805
2.851-2.945	0.467	49	0.357	984	X-RAY DIFFRACTION	96.9043
2.945-3.048	0.42	53	0.314	937	X-RAY DIFFRACTION	96.5854
3.048-3.163	0.375	52	0.319	901	X-RAY DIFFRACTION	96.8496
3.163-3.292	0.377	22	0.322	874	X-RAY DIFFRACTION	95.8289
3.292-3.438	0.365	45	0.295	827	X-RAY DIFFRACTION	95.719
3.438-3.606	0.319	44	0.266	832	X-RAY DIFFRACTION	97.6589
3.606-3.801	0.301	32	0.223	759	X-RAY DIFFRACTION	95.9951
3.801-4.031	0.283	44	0.206	704	X-RAY DIFFRACTION	95.4082
4.031-4.31	0.269	38	0.194	670	X-RAY DIFFRACTION	94.9062
4.31-4.655	0.29	42	0.15	618	X-RAY DIFFRACTION	95.5137
4.655-5.098	0.178	33	0.152	586	X-RAY DIFFRACTION	95.2308
5.098-5.699	0.203	30	0.157	529	X-RAY DIFFRACTION	94.7458
5.699-6.58	0.245	24	0.201	465	X-RAY DIFFRACTION	93.858
6.58-8.055	0.314	16	0.194	406	X-RAY DIFFRACTION	92.1397
8.055-11.376	0.227	17	0.172	312	X-RAY DIFFRACTION	93.7322
11.376-37.384	0.233	12	0.233	173	X-RAY DIFFRACTION	85.6481

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 7.8915 Å / Origin y: 20.8976 Å / Origin z: 18.699 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0084 Å²	-0.0228 Å²	0.0021 Å²	-	0.5765 Å²	0.0017 Å²	-	-	0.0055 Å²
L	0.4671 °²	-0.0895 °²	-0.0781 °²	-	0.0194 °²	0.0461 °²	-	-	0.5264 °²
S	-0.0474 Å °	0.017 Å °	-0.0428 Å °	0.0062 Å °	0.0117 Å °	0.01 Å °	-0.0311 Å °	0.0153 Å °	0.0357 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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