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万見
- PDB-5igz: Macrolide 2'-phosphotransferase type II - complex with GDP and sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5igz
タイトルMacrolide 2'-phosphotransferase type II - complex with GDP and spiramycin
要素Macrolide 2'-phosphotransferase II
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / macrolide phosphotransferase / kinase / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / SPIRAMYCIN I / Macrolide 2'-phosphotransferase II
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Berghuis, A.M. / Fong, D.H.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-13107 カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Kinase-Mediated Macrolide Antibiotic Resistance.
著者: Fong, D.H. / Burk, D.L. / Blanchet, J. / Yan, A.Y. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2016年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年5月17日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrolide 2'-phosphotransferase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8625
ポリマ－34,5271
非ポリマー1,3354
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area13950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.240, 72.430, 77.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Macrolide 2'-phosphotransferase II / Macrolide 2'-phosphotransferase II protein MphB / Macrolide 2-phosphotransferase / mph(B)


分子量: 34527.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BM2506 / 遺伝子: mphB, pO103_99 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32553
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SPR / SPIRAMYCIN I / スピラマイシンI


分子量: 843.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H74N2O14
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M calcium acetate, 0.1M Tris, 25-40% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月23日
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→44.9 Å / Num. obs: 41503 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 23.59
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.6-1.640.6753.031100
1.64-1.690.553.71100
1.69-1.740.4274.721100
1.74-1.790.3435.791100
1.79-1.850.2677.461100
1.85-1.910.219.461100
1.91-1.980.15113.011100
1.98-2.070.11117.15199.9
2.07-2.160.09419.81100
2.16-2.260.07325.141100
2.26-2.390.06528.251100
2.39-2.530.05532.45199.9
2.53-2.70.04737.5199.9
2.7-2.920.0443.66199.9
2.92-3.20.03351.31199.9
3.2-3.580.0359.15199.9
3.58-4.130.02763.581100
4.13-5.060.02266.781100
5.06-7.160.02265.181100
7.160.0266.49199.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IGV

5igv


解像度: 1.6→44.9 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1952 2076 5 %
Rwork0.1606 --
obs0.1623 41494 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / Bsol: 57.065 Å2 / ksol: 0.412 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 69.04 Å2 / Biso mean: 26.76 Å2 / Biso min: 8.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.2757 Å2-0 Å20 Å2
2---3.3125 Å2-0 Å2
3---11.5883 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→44.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2412 0 175 385 2972
Biso mean--20.45 34.28 -
残基数----299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0192614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4793474
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008443
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.492934
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5999-1.63720.30111370.259625932730
1.6372-1.67810.25491370.234126002737
1.6781-1.72350.24591360.211925802716
1.7235-1.77420.25621360.194925902726
1.7742-1.83150.21741360.179125822718
1.8315-1.89690.21751380.169826102748
1.8969-1.97290.19491370.166226142751
1.9729-2.06270.22171370.157725982735
2.0627-2.17140.2081360.150825942730
2.1714-2.30750.1811390.143626302769
2.3075-2.48560.18381390.140126342773
2.4856-2.73570.17031380.151226242762
2.7357-3.13150.19251400.147926732813
3.1315-3.9450.17661420.149526872829
3.945-44.91790.18621480.16328092957
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7948-0.0784-0.84095.0761.34183.264-0.0225-0.21470.05570.24380.1819-0.46810.21810.2909-0.13360.17590.0263-0.0570.2165-0.01220.26712.11431.3831-8.4105
22.1135-0.8929-0.28672.6502-0.03341.5667-0.09190.1513-0.0962-0.09230.1432-0.30150.21450.0048-0.04980.2028-0.032-0.00020.2036-0.02760.18697.31094.4001-16.0221
33.23961.45841.86253.45332.18923.80840.0604-0.2832-0.22260.259-0.11230.26790.1107-0.2430.08210.1703-0.00230.02410.16690.03090.1794-9.11611.771-11.221
41.9802-0.19920.56343.0016-0.29541.362-0.00610.20380.068-0.2739-0.0859-0.05610.00130.13430.07880.1586-0.0130.02090.1968-0.00820.1136-1.70528.5939-20.9921
54.16931.7704-1.32554.9415-1.67843.9436-0.03150.53530.1212-0.63090.06370.26610.0080.0775-0.05570.2815-0.0072-0.0750.28340.00620.183-15.15848.6786-30.8214
61.07590.53470.20733.84532.01981.7701-0.0205-0.1814-0.14820.1996-0.11080.63710.1262-0.19050.10140.1476-0.01880.04440.22110.01240.3688-25.701610.5459-9.2401
71.15880.01820.12081.5910.0771.1362-0.05750.1820.1095-0.2627-0.01870.4758-0.0934-0.12490.05210.1609-0.0072-0.06540.15810.00660.2277-20.164616.5237-21.3774
84.2128-1.3421-0.09745.6866-0.72152.9447-0.1352-0.29040.41960.51750.12910.1814-0.18490.17650.03030.2486-0.01650.01790.196-0.04830.2177-10.10525.3015-4.7899
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:21)A1 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 22:49)A22 - 49
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 50:74)A50 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 75:117)A75 - 117
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 118:139)A118 - 139
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 140:169)A140 - 169
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 170:280)A170 - 280
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 281:299)A281 - 299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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