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- PDB-5igp: Macrolide 2'-phosphotransferase type I - complex with GDP and ery... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5igp | ||||||
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Title | Macrolide 2'-phosphotransferase type I - complex with GDP and erythromycin | ||||||
![]() | Macrolide 2'-phosphotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / macrolide phosphotransferase / kinase / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
Function / homology | : / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / transferase activity / Protein kinase-like domain superfamily / ERYTHROMYCIN A / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ISOPROPYL ALCOHOL / Macrolide 2'-phosphotransferase I![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Berghuis, A.M. / Fong, D.H. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis for Kinase-Mediated Macrolide Antibiotic Resistance. Authors: Fong, D.H. / Burk, D.L. / Blanchet, J. / Yan, A.Y. / Berghuis, A.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 193.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 156.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5ighC ![]() 5igiC ![]() 5igjC ![]() 5igrSC ![]() 5igsC ![]() 5igtC ![]() 5iguC ![]() 5igvC ![]() 5igwC ![]() 5igyC ![]() 5igzC ![]() 5ih0C ![]() 5ih1C ![]() 5iwuC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
| ||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 33266.828 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: mphA, mph(A), mph2, AM267_25240, AM268_24740, AN205_25580, AN669_16770, ASU34_20250, AZ95_0038, ECONIH1_26770, ERS085366_04054, ERS085367_04848, ERS139269_04809, ERS150873_04753, ETN48_p0083, ...Gene: mphA, mph(A), mph2, AM267_25240, AM268_24740, AN205_25580, AN669_16770, ASU34_20250, AZ95_0038, ECONIH1_26770, ERS085366_04054, ERS085367_04848, ERS139269_04809, ERS150873_04753, ETN48_p0083, orf00017, pCTXM123_C0996_11, pKC394-009, SK74_04859, SK86_03516, UN86_19875 Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-GDP / |
#3: Chemical | ChemComp-ERY / |
#4: Chemical | ChemComp-IPA / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.2 / Details: 0.1 M Na citrate, 27% PEG 4000, 18% isopropanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Oct 3, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DCM / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→41.175 Å / Num. obs: 40026 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 20.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5IGR Resolution: 1.6→41.175 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / Phase error: 16.21
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 71.99 Å2 / Biso mean: 17.25 Å2 / Biso min: 4.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→41.175 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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