+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5lnj | ||||||
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Title | XenA - reduced - Y183F variant in complex with 7-hydroxycoumarin | ||||||
Components | NADH:flavin oxidoreductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / flavin mononucleotide / complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas putida (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.16 Å | ||||||
Authors | Werther, T. / Dobbek, H. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2017 Title: Redox-dependent substrate-cofactor interactions in the Michaelis-complex of a flavin-dependent oxidoreductase Authors: Werther, T. / Wahlefeld, S. / Salewski, J. / Kuhlmann, U. / Zebger, I. / Hildebrandt, P. / Dobbek, H. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5lnj.cif.gz | 240.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5lnj.ent.gz | 195.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5lnj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5lnj_validation.pdf.gz | 822.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5lnj_full_validation.pdf.gz | 823.7 KB | Display | |
Data in XML | 5lnj_validation.xml.gz | 19.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5lnj_validation.cif.gz | 30 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/5lnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/5lnj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4uthC 4utiC 4utjC 4utkC 4utlC 4utmC 5lniC 3l5lS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39446.453 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas putida (bacteria) / Gene: O999_23785 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: U2SJJ2, UniProt: A0A1X0ZT96*PLUS | ||
---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-FNR / | ||
#3: Chemical | ChemComp-07L / | ||
#4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.91841 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: May 15, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.16→27.043 Å / Num. obs: 129888 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 12.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3L5L Resolution: 1.16→27.043 Å / SU ML: 0.08 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 14.43
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 55.15 Å2 / Biso mean: 14.29 Å2 / Biso min: 3.15 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.16→27.043 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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