PDB-5i1e: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GERMLINE ANTIBODY IGHV3-53/IGKV1-39

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i1e

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GERMLINE ANTIBODY IGHV3-53/IGKV1-39

要素

FAB HEAVY CHAIN
FAB LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MONOCLONAL ANTIBODY

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Luo, J. / Gilliland, G.

引用

ジャーナル: Mabs / 年: 2016
タイトル: Structural diversity in a human antibody germline library.
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Luo, J. / Muzammil, S. / Sweet, R. / Almagro, J.C. / Gilliland, G.L.

履歴

登録	2016年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月3日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i1e.cif.gz	93.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i1e.ent.gz	74.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i1e_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i1e_full_validation.pdf.gz	460.9 KB	表示
XML形式データ	5i1e_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	5i1e_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i15C 5i16C 5i17C 5i18C 5i19C 5i1aC 5i1cC 5i1dC 5i1gC 5i1hC 5i1iC 5i1jC 5i1kC 5i1lC 4kmt C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3p0v-2 5i1a-1 6wor-d 4r7n-1 4r7n-9 3m8o-d 6uga-1 3if1-3 1t66-1 6ug8-d 5vsh-2 2v7n-3 5vr9-2 1ay1-d 1uyw-1 1dee-1 3qpq-2 2xkn-2 1uz8-2 4at6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: FAB LIGHT CHAIN

H: FAB HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.380, 89.380, 212.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: 抗体	FAB LIGHT CHAIN 分子量: 23299.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	FAB HEAVY CHAIN 分子量: 24239.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 16% PEG 3K, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 5% DIOXANE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月14日 / 詳細: VARIMAX HF
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 14402 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.6 % / B_iso Wilson estimate: 33.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 38.3
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 19.3 % / R_merge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
REFMAC	5.5.0109	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.7→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 12.217 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.946 / ESU R Free: 0.359

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26362	722	5 %	RANDOM
R_work	0.19089	-	-	-
obs	0.19455	13583	94.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	0.19 Å²	0 Å²
2-	-	0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3236	0	11	88	3335

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3320
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.213	1.959	4518
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.346	5	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.847	24.48	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.616	15	527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.178	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	513
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0	0.021	2482
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.307	2	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.735	4	3452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	40.751	88	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	40.34	88	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.704→2.772 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.401	56	-
R_work	0.253	905	-
obs	-	-	96.8 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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