PDB-5i19: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GERMLINE ANTIBODY IGHV3-23/IGKV1-39

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i19

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GERMLINE ANTIBODY IGHV3-23/IGKV1-39

要素

FAB HEAVY CHAIN
FAB LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MONOCLONAL ANTIBODY

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Luo, J. / Gilliland, G.

引用

ジャーナル: Mabs / 年: 2016
タイトル: Structural diversity in a human antibody germline library.
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Luo, J. / Muzammil, S. / Sweet, R. / Almagro, J.C. / Gilliland, G.L.

履歴

登録	2016年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月3日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i19.cif.gz	93.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i19.ent.gz	71.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i19.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i19_validation.pdf.gz	435.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i19_full_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示
XML形式データ	5i19_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	5i19_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i19	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i15C 5i16C 5i17C 5i18C 5i1aC 5i1cC 5i1dSC 5i1eC 5i1gC 5i1hC 5i1iC 5i1jC 5i1kC 5i1lC 4kmtS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1c5d-3 6au5-2 6z3k-9 4r7d-1 4kk5-3 4r4b-4 5hyq-1 5esq-2 3vfg-d 5ff6-1 3mxv-d 1kfa-1 3eo0-2 5ds8-1 4xbg-4 7dun-d 3fct-1 5jw5-2 4mau-d 6xul-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: FAB LIGHT CHAIN

H: FAB HEAVY CHAIN

47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.560, 96.560, 105.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: 抗体	FAB LIGHT CHAIN 分子量: 23299.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	FAB HEAVY CHAIN 分子量: 24154.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M LITHIUM CITRATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月6日 / 詳細: VARIMAX HF
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 12678 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14 % / B_iso Wilson estimate: 42.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 31.2
反射シェル	解像度: 2.8→2.88 Å / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5I1D,4KMT

5i1d

4kmt

解像度: 2.8→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.828 / SU B: 18.039 / SU ML: 0.353 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.468

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31544	612	4.9 %	RANDOM
R_work	0.23943	-	-	-
obs	0.24293	11972	94.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3234	0	0	0	3234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3309
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.262	1.956	4505
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.949	5	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.162	24.463	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.198	15	518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.233	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	513
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0	0.021	2481
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.917	2	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.03	4	3469
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	39.954	88	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	42.343	88	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.805→2.875 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.497	49	-
R_work	0.36	817	-
obs	-	-	97.4 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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