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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hka | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif bound to an amide inhibitor | ||||||
要素 | CFTR inhibitory factor | ||||||
キーワード | Hydrolase/Hydrolase inhibitor / Bacterial Epoxide Hydrolase / Inhibitor / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Hvorecny, K.L. / Madden, D.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016 タイトル: Rational Design of Potent and Selective Inhibitors of an Epoxide Hydrolase Virulence Factor from Pseudomonas aeruginosa. 著者: Kitamura, S. / Hvorecny, K.L. / Niu, J. / Hammock, B.D. / Madden, D.R. / Morisseau, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hka.cif.gz | 481.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5hka.ent.gz | 395.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hka.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hka | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34164.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pDPM73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-64N / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 8000, Calcium Chloride, Sodium Acetate, Dimethylsulfoxide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.977 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→20 Å / Num. obs: 75324 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 15.25 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.08 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 3.53 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3KD2 解像度: 2.05→19.967 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.66 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.269 Å2 / ksol: 0.395 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.967 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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