PDB-5hka: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif bound to an a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hka

タイトル

Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif bound to an amide inhibitor

要素

CFTR inhibitory factor

キーワード

Hydrolase/Hydrolase inhibitor / Bacterial Epoxide Hydrolase / Inhibitor / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Hvorecny, K.L. / Madden, D.R.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Rational Design of Potent and Selective Inhibitors of an Epoxide Hydrolase Virulence Factor from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Kitamura, S. / Hvorecny, K.L. / Niu, J. / Hammock, B.D. / Madden, D.R. / Morisseau, C.

履歴

登録	2016年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hka.cif.gz	481.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hka.ent.gz	395.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hka.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hka_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hka_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5hka_validation.xml.gz	50.5 KB	表示
CIF形式データ	5hka_validation.cif.gz	72.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hka	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hk9C 5hkbC 3kd2S 4yx9 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dm7-1 4dmc-2 5tni-2 4dln-1 5tnf-2 3kda-2 4dmf-2 5tnd-2 4dmh-1 4dln-2 5tns-2 4ehb-2 5tnj-1 5tne-2 4dmf-1 5jyc-2 5tnh-2 4dmh-2 5tnf-1 4dnf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.971, 83.711, 88.879
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.68, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CFTR inhibitory factor 分子量: 34164.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pDPM73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-64N / 5'-[2,6-dichloro-4-(propanoylamino)phenoxy]-2'-hydroxybiphenyl-4-carboxamide / 4-[3-[4-(プロパノイルアミノ)-2,6-ジクロロフェノキシ]-6-ヒドロキシフェニル]ベンズアミド分子量: 445.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈Cl₂N₂O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 753 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.58 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 8000, Calcium Chloride, Sodium Acetate, Dimethylsulfoxide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→20 Å / Num. obs: 75324 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 15.25
反射シェル	解像度: 2.05→2.08 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 3.53 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.3_928	精密化
XDS	January 10, 2014	データ削減
XSCALE	January 10, 2014	データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2

解像度: 2.05→19.967 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1974	3764	5 %
R_work	0.1621	-	-
obs	0.1639	75318	98.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 33.269 Å² / k_sol: 0.395 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6854 Å²	-0 Å²	0.3962 Å²
2-	-	-2.3175 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.0029 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.967 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9422	0	120	753	10295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9914
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.129	13473
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.602	3631
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1367
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1771

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.0759	0.2168	184	0.2005	2541	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0759-2.1032	10000000	0	0.1978	2760	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1032-2.132	0.2268	189	0.1859	2563	X-RAY DIFFRACTION	98
2.132-2.1624	0.2583	186	0.1855	2550	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1624-2.1947	0.2518	186	0.1835	2592	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1947-2.2289	10000000	0	0.1767	2764	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2289-2.2654	0.2249	183	0.1687	2577	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2654-2.3044	0.2539	188	0.1771	2576	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3044-2.3463	0.2296	187	0.1716	2581	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3463-2.3913	10000000	0	0.1743	2775	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3913-2.44	0.2075	188	0.1655	2578	X-RAY DIFFRACTION	98
2.44-2.493	0.1976	188	0.1633	2601	X-RAY DIFFRACTION	99
2.493-2.5509	0.1993	187	0.175	2607	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5509-2.6145	10000000	0	0.1685	2801	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6145-2.6851	0.2188	189	0.1588	2578	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6851-2.7639	0.1757	189	0.1491	2590	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7639-2.8529	0.1888	190	0.1592	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8529-2.9545	10000000	0	0.1675	2800	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9545-3.0724	0.2149	189	0.1754	2580	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0724-3.2117	0.2168	190	0.1588	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2117-3.3802	0.1805	53	0.1546	2755	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3802-3.5909	0.1991	136	0.1567	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5909-3.8663	0.1841	191	0.1553	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8663-4.252	0.1549	190	0.1401	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
4.252-4.8595	10000000	0	0.1223	2822	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8595-6.0934	0.1429	190	0.1686	2662	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0934-19.9677	0.2026	191	0.1754	2723	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7711	0.1765	-0.0021	1.0027	-0.0038	0.9645	-0.0294	-0.0811	-0.0789	0.0883	-0.0199	0.0297	0.118	0.0016	0.0487	0.1041	0.0109	0.0154	0.0941	0.0033	0.0812	-22.0448	11.6744	27.179
2	1.0197	-0.3592	-0.167	1.2219	-0.0694	0.6266	-0.0021	0.0142	0.1522	-0.0316	0.016	0.0347	-0.083	-0.0358	-0.01	0.0826	0.0118	-0.0226	0.0938	0.0004	0.1192	-31.0945	50.9938	15.4655
3	0.6972	0.0848	0.0746	1.2829	0.1661	1.0194	-0.011	-0.0315	0.088	0.0733	-0.0279	-0.0828	-0.102	0.0221	0.0387	0.0936	0.0099	-0.004	0.0924	0.0097	0.1061	5.6445	44.4982	26.8302
4	0.8146	-0.1202	0.1212	0.9897	0.1698	0.5766	0.027	0.0256	-0.0638	-0.0522	-0.0051	-0.0867	0.0352	0.0109	-0.0173	0.0889	0.022	0.0157	0.0991	0.0018	0.0741	14.8356	5.1093	15.5722

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:321)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:317)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:317)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:321)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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