PDB-5fkf: SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is UC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fkf

タイトル

SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is UC

要素

SAM-I RIBOSWITCH

キーワード

RNA / KINK TURN / RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH

機能・相同性

: / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Huang, L. / Lilley, D.M.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function.
著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J.

履歴

登録	2015年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月6日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fkf.cif.gz	117 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fkf.ent.gz	94.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fkf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fkf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fkf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fj0C 5fj1C 5fj4C 5fjcSC 5fk1C 5fk2C 5fk3C 5fk4C 5fk5C 5fk6C 5fkdC 5fkeC 5fkgC 5fkhC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fk6-1 4b5r-1 2bc1-d 2fl2-d 4n90-3 1q0b-d 4n90-1 3cjo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

32.7 kDa, 1 ポリマー
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1

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.810, 61.810, 154.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: RNA鎖	SAM-I RIBOSWITCH 分子量: 30544.312 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 合成由来: (合成) THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
配列の詳細	MUTATION A94G

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.9 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 50 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 14% (V/V) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→77.47 Å / Num. obs: 7923 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 61.51 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FJC

5fjc

解像度: 2.8→57.41 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2575	743	5.3 %
R_work	0.2045	-	-
obs	0.2073	7923	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→57.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2027	43	0	2070

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2301
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.985	3586
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.432	1139
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	475
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	96

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8001-3.0163	0.4449	152	0.3227	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0163-3.3198	0.2973	159	0.236	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3198-3.8002	0.2448	136	0.2041	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8002-4.7874	0.1951	122	0.1813	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7874-57.4225	0.247	174	0.1847	2646	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7135	-7.1415	-7.4545	6.7076	6.9134	7.2832	0.1339	0.3481	0.2111	-0.0331	-0.3176	-0.4589	0.6932	0.6123	0.0411	0.4102	0.5112	0.1617	0.8058	0.2736	0.5406	-13.4996	-0.6617	-0.9544
2	7.5531	-1.2561	-1.9089	7.3106	-3.5594	9.5263	-0.3794	0.2559	0.0019	-0.5058	-0.398	0.2978	0.1499	0.0978	0.5178	0.8144	0.2335	0.0037	0.5184	0.1308	0.4284	-14.3156	13.8756	-3.8016
3	3.3339	0.6693	-1.4178	2.3218	-0.1259	0.6468	-0.1609	1.1498	0.4789	0.0092	0.3464	0.2358	-0.6318	-1.1473	0.0582	1.1402	0.03	-0.0831	1.1872	0.226	0.5671	-7.9787	22.1996	-16.9245
4	5.0275	3.3005	2.5601	6.9708	4.7883	9.4553	-0.6698	1.8389	1.2654	-0.8041	-0.4794	0.218	-0.4816	-1.7643	1.2218	0.9731	-0.1706	0.15	2.025	0.1908	1.0372	8.7449	17.7537	-27.3583
5	1.977	-1.0038	-1.6689	5.7811	-0.5768	6.4461	0.3974	0.2988	-0.0489	0.5272	0.4096	-1.5942	0.3375	2.232	-0.7235	1.2264	0.1961	-0.1005	1.6525	-0.24	0.5748	8.3709	1.6942	-31.1812
6	6.4492	-0.453	-4.707	2.4675	0.9566	3.6879	0.1957	0.1567	-0.1072	-0.2376	-0.1507	-0.1971	-0.1717	0.595	0.047	0.7078	-0.0257	-0.0435	0.7231	-0.1058	0.2779	-7.779	1.7921	-26.7256
7	2.1839	-2.1138	-1.9942	7.2007	-0.5559	6.1571	0.222	0.1349	-0.5762	0.0983	0.19	-0.0612	1.0637	-0.4315	-0.4596	1.037	-0.2808	-0.0597	1.1276	-0.0754	0.5178	-19.1329	1.9448	-27.2819
8	1.0113	-0.3159	-1.7169	1.0176	0.7509	3.3947	0.0008	0.4125	-0.084	-0.2594	0.1979	0.0759	-0.1349	-0.1174	-0.1336	0.7377	-0.1327	-0.0073	0.8461	0.039	0.1767	-7.3177	7.5572	-35.3207
9	3.6273	0.3637	0.7792	3.654	0.2087	6.7282	-0.3617	-0.3451	0.0252	0.008	0.2562	-0.2306	-0.5657	0.9142	0.1118	0.9796	-0.269	-0.1186	1.2005	-0.0626	0.4161	3.3838	6.44	-30.2785
10	2.5216	0.2414	-1.0579	0.3915	1.2275	5.8213	0.052	0.2821	-0.1277	0.2369	0.4226	-0.2156	0.3392	0.9549	-0.359	0.8502	-0.4602	0.0209	1.4999	-0.0774	0.454	7.1408	17.04	-15.9717
11	4.8893	0.5761	-0.8158	3.7093	0.153	5.8246	0.0408	-0.2217	0.175	0.4322	0.0674	-0.2811	-0.6208	0.2717	-0.0298	1.0274	-0.1644	-0.1219	0.9702	-0.0546	0.3342	-0.2273	17.2213	-0.5186
12	0.1829	0.316	0.5694	1.624	1.6586	2.2476	-0.1164	-0.41	0.6329	0.3747	0.0547	-0.1523	-0.72	0.4363	0.1119	1.6989	-0.2674	-0.27	1.6215	-0.3991	0.6139	9.0907	18.9606	1.3596
13	1.6223	0.1267	-0.339	2.4047	1.327	1.1786	-0.0869	0.1546	0.162	-0.1383	0.0993	-0.0921	0.0773	0.1758	0.0015	0.8482	-0.0958	-0.1039	1.3165	-0.2504	-0.1752	0.1956	11.6955	-12.3191
14	0.6956	1.2523	-2.027	3.3394	-2.2197	8.6842	-0.479	0.295	0.5319	0.2043	0.1603	-0.0078	-0.742	0.0286	0.3979	0.7973	0.1427	-0.1914	0.929	0.2038	0.5138	-11.0672	14.9952	-22.7806
15	1.9406	2.5068	-3.2887	6.0783	-2.4216	6.7835	0.0927	-0.2561	0.0215	-0.0014	-0.1226	-0.3388	0.7001	-1.0541	-0.0019	0.5546	-0.1076	-0.0497	0.8495	0.1292	0.4571	-21.9325	8.6744	-21.8232
16	0.2345	-0.0267	-0.3131	4.8524	-5.1536	6.0024	-0.3888	-0.0961	-0.4218	0.2496	-0.0677	-0.1099	0.6739	0.0069	0.3518	0.8797	-0.1263	0.1699	1.6117	0.3862	0.3177	-36.6027	13.9601	-15.4994
17	0.5583	0.3713	0.8744	0.3445	0.4173	1.7352	-0.116	-0.4377	0.0314	0.0278	0.2678	0.4454	0.3093	-1.1342	-0.3018	0.7193	-0.2773	-0.1307	1.1217	0.2335	0.4321	-36.0248	17.3429	-25.5928
18	3.4873	-2.6167	-0.8537	6.5497	0.7448	2.444	0.4353	0.7039	0.2582	-1.087	-0.7901	0.1523	0.5844	-0.8698	0.3094	0.8335	-0.1576	-0.0259	1.0833	0.2191	0.2703	-25.9424	12.1045	-11.4659
19	4.6399	-1.4341	3.4834	8.073	3.0651	7.6193	0.0111	-0.5151	-0.3169	0.2004	0.215	0.7198	-0.2094	-0.1728	-0.0297	0.6069	0.1318	-0.0672	0.4438	0.084	0.3548	-10.6364	6.6599	-7.7101
20	1.7373	1.2745	-0.5897	3.7824	0.6004	6.2815	-0.1212	0.1986	-0.2615	0.1755	0.0242	0.0739	0.4282	0.6195	-0.0046	1.1062	0.2174	0.1655	0.6195	-0.0237	0.2415	-8.2954	-1.0502	6.1785

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:4)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 5:8)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 9:12)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 13:16)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 17:20)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 21:24)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 25:28)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 29:33)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 34:39)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 40:45)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 46:49)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 50:56)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 57:60)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 61:64)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 65:69)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 70:73)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 74:80)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 81:84)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 85:90)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 91:94)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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