PDB-5fk4: SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is UU

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fk4

タイトル

SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is UU

要素

SAM-I RIBOSWITCH

キーワード

RNA / KINK TURN / RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH

機能・相同性

: / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Huang, L. / Lilley, D.M.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function.
著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J.

履歴

登録	2015年10月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月6日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fk4.cif.gz	118.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fk4.ent.gz	94.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fk4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5fk4_validation.pdf.gz	765.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fk4_full_validation.pdf.gz	769.3 KB	表示
XML形式データ	5fk4_validation.xml.gz	6.5 KB	表示
CIF形式データ	5fk4_validation.cif.gz	8.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fk4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fj0C 5fj1C 5fj4C 5fjcSC 5fk1C 5fk2C 5fk3C 5fk5C 5fk6C 5fkdC 5fkeC 5fkfC 5fkgC 5fkhC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fk5-1 2ygh-1 5fke-1 5fkd-1 6m4j-d 3a8w-d 6yji-d 6vep-3 6sxu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
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リシン (Ricin)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

32.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.550, 57.550, 155.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2019- HOH

#1: RNA鎖	SAM-I RIBOSWITCH 分子量: 30200.092 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-93 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION 分子量: 137.327 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.55 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 50 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 12% (V/V) MPD.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.43→39.37 Å / Num. obs: 10550 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 51.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 2.43→2.49 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FJC

5fjc

解像度: 2.43→39.37 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2483	906	4.8 %
R_work	0.19	-	-
obs	0.1928	10495	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.43→39.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2005	43	34	2082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2275
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.455	3546
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.672	1126
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	470
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	94

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.43-2.5822	0.3754	145	0.3073	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5822-2.7816	0.3642	171	0.2736	2952	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7816-3.0614	0.3032	153	0.2301	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0614-3.5041	0.2056	121	0.1575	2984	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5041-4.4139	0.212	159	0.1534	2980	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4139-39.3753	0.2343	157	0.186	2945	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3347	0.8084	-1.7416	3.2957	-1.5354	4.317	-0.2863	0.9396	-0.1955	-1.4383	0.4949	-0.3387	1.0153	2.5655	0.2183	0.7386	0.0694	0.1843	1.3578	0.04	0.6067	0.4736	-13.7724	37.9591
2	2.2318	0.1654	0.0606	2.0831	-0.2076	2.5255	-0.1369	-0.2533	-0.2143	0.7214	0.3193	-0.7237	0.695	-0.3162	-0.0576	0.6485	-0.1216	-0.1544	0.8414	-0.0528	0.4066	-14.1296	-12.1579	34.5584
3	3.0329	1.3945	-0.6182	2.0772	-0.0258	2.6516	0.038	-0.2538	-0.2627	-0.1978	-0.1204	0.306	0.0933	0.8455	-0.1801	0.4514	-0.0143	0.0498	0.5018	0.0497	0.5151	-21.1613	-4.9314	20.492
4	0.3904	-0.4021	-0.2543	2.5605	-1.7111	2.4503	0.3367	-0.3939	-0.0968	-1.1559	-0.3999	-0.2826	1.3707	0.1134	-0.1638	0.8527	0.0778	0.0546	0.6074	0.0269	0.7079	-12.662	11.5443	11.0776
5	1.7043	-0.3374	-0.8	3.0235	0.2729	2.1654	0.8661	0.3855	1.222	0.273	-0.431	-0.8739	-0.9547	0.1876	-0.0508	0.5543	-0.1114	0.1399	0.476	-0.0298	0.6428	1.0665	7.7297	8.1103
6	0.4657	0.3169	-0.6707	1.761	-0.7785	1.0336	0.0339	-0.0788	-0.2117	0.2959	0.1249	-0.4291	-0.3994	0.5763	0.142	0.2792	-0.0399	-0.0303	0.5777	0.0948	0.3537	-2.1581	-8.8836	13.4356
7	1.4943	1.2121	0.8853	8.8627	-1.0563	0.8748	-0.2111	-1.1339	-0.0585	-1.129	0.229	-0.594	0.0841	1.4471	0.0064	0.4767	0.3179	0.1059	0.8421	0.1156	0.3928	-2.5929	-20.2306	13.0597
8	1.3669	0.9432	-0.7289	3.3917	-1.7559	1.9208	0.2137	-0.1492	-0.0879	-0.6071	-0.2923	0.122	0.4994	0.5973	0.0042	0.4158	-0.0034	-0.0907	0.4075	0.0178	0.2911	-7.2965	-8.2713	4.4116
9	2.7348	-0.3114	-0.7989	4.5036	-0.1591	3.5522	0.6407	-0.6492	0.4279	-0.087	-0.183	0.057	0.072	-0.599	-0.0188	0.434	0.0496	-0.0305	0.4713	-0.0535	0.4837	-3.988	3.5785	9.8716
10	1.1561	-1.0008	-0.7255	1.9328	-0.6068	2.3669	-0.116	-0.5695	0.7422	0.528	0.2797	0.3395	-0.0619	0.33	-0.2033	0.5923	0.1156	0.0069	0.4569	-0.0277	0.4924	-13.8853	9.2114	22.326
11	3.989	1.0808	2.1231	3.4889	1.2798	5.5301	-0.6335	-0.3294	-0.3922	1.6026	1.0392	-0.1021	-0.2105	-0.8328	-0.1054	1.1471	0.0907	0.195	0.8959	-0.0543	0.6986	-16.2698	1.738	36.6582
12	3.0474	-1.9953	-2.9918	1.3746	1.9473	2.7315	0.5208	-0.1666	0.9055	0.1094	1.8388	0.4645	-1.3149	-3.3255	-0.2245	1.335	0.3205	0.3349	1.8837	0.2033	1.0931	-17.5064	10.7745	39.0541
13	2.9163	-1.6289	0.1863	2.4056	-2.2955	7.6302	-0.0515	-0.0786	0.3857	0.6406	0.255	-0.8564	-0.123	-0.3224	-0.0622	0.3917	-0.0542	-0.0179	0.4367	-0.0715	0.503	-10.0355	1.6121	25.1296
14	0.0166	-0.0932	-0.0233	2.4256	-1.1817	3.8611	-0.4232	-0.4021	-0.0643	-1.2578	0.946	0.5352	0.7297	-2.0598	-0.1332	0.5832	-0.2514	-0.0532	0.6275	0.0097	0.3597	-15.1252	-10.01	15.7765
15	1.4088	0.6983	-0.0796	2.3158	-1.6717	2.638	0.0086	-0.3784	-0.0211	-0.0678	-0.2	-0.284	0.3921	0.677	0.1059	0.5132	0.0701	0.0156	0.4088	0.0281	0.3747	-9.9826	-22.1357	18.1714
16	2.1555	0.4286	0.5635	1.97	-0.4965	3.4054	0.6638	-0.4354	0.0561	0.3085	-0.3564	-0.2457	1.5569	-0.4674	0.0404	0.5239	-0.0073	0.0197	0.354	-0.023	0.4731	-18.0069	-34.8595	23.5914
17	1.4425	-0.0921	-1.0572	1.8336	0.3809	2.9979	-0.1262	0.5605	-0.1343	-0.1677	0.1127	0.2362	0.507	-0.3715	0.0742	0.6413	-0.0307	0.0085	0.4142	-0.0856	0.4376	-18.672	-34.0403	12.9067
18	2.8435	0.6849	-0.5731	2.4994	-0.5425	2.2167	-0.1969	-0.9085	0.1513	0.286	-0.1088	-0.0734	0.2744	-0.0933	0.0545	0.3958	-0.0113	0.0243	0.3396	0.0575	0.557	-14.7639	-24.156	27.6618
19	1.5983	0.5176	-0.4335	2.5295	-0.1033	2.3013	0.0404	-0.7555	0.1894	0.7913	-0.2113	-0.1244	0.2324	0.0103	0.0361	0.3874	-0.1018	-0.046	0.5383	0.0029	0.4235	-6.5049	-9.7575	30.7985
20	0.8941	0.9855	-0.2956	1.1397	-0.0357	2.6698	0.1857	0.4705	0.2809	0.2776	-0.8319	-0.4507	-0.6342	1.189	0.0937	0.6759	-0.1527	-0.2039	0.7554	0.0362	0.7672	-0.6168	-6.7158	44.4028

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:4)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 5:8)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 9:12)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 13:16)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 17:20)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 21:24)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 25:28)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 29:33)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 34:39)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 40:45)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 46:49)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 50:56)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 57:60)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 61:64)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 65:69)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 70:73)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 74:80)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 81:84)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 85:90)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 91:94)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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