PDB-5fk3: SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is CC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fk3

タイトル

SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is CC

要素

SAM-I RIBOSWITCH

キーワード

RNA / KINK TURN / RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH

機能・相同性

: / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Huang, L. / Lilley, D.M.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function.
著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J.

履歴

登録	2015年10月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月6日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fk3.cif.gz	120 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fk3.ent.gz	97 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fk3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fk3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fj0C 5fj1C 5fj4C 5fjcC 5fk1C 5fk2SC 5fk4C 5fk5C 5fk6C 5fkdC 5fkeC 5fkfC 5fkgC 5fkhC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fk6-d 5fk5-d 4aob-d 5fk2-d 5fkf-d 5fkd-d 3gx5-d 5fkh-d 3gx3-d 5fjc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
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#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
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登録構造単位

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

33.1 kDa, 1 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.262, 62.262, 153.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: RNA鎖	SAM-I RIBOSWITCH 分子量: 30543.330 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-94 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.45 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 10 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 14% (V/V) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9794
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→76.89 Å / Num. obs: 11159 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 11.3 % / B_iso Wilson estimate: 71.11 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 11.3 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: WWPDB ENTRY 5FK2

5fk2

解像度: 2.5→57.711 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2678	1034	5.2 %
R_work	0.2063	-	-
obs	0.2095	11084	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→57.711 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2028	45	14	2087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2328
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.677	3632
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.77	1154
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	480
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	97

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5004-2.6322	0.4223	136	0.3882	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6322-2.7971	0.4442	145	0.3705	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7971-3.0131	0.3894	125	0.3106	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0131-3.3162	0.3272	160	0.2358	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3162-3.796	0.2919	139	0.203	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.796-4.7822	0.2317	177	0.1688	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7822-57.7268	0.2039	152	0.1651	2702	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0307	-2.5523	-4.2188	0.9187	2.2758	6.3698	-1.3807	0.2844	0.709	2.9244	1.1651	-2.0825	-0.6968	-3.0685	0.3003	1.0055	0.3805	-0.111	0.7928	-0.1231	1.0673	-0.5485	48.8437	1.054
2	0.1426	0.1654	-0.8778	3.0128	1.1705	5.7716	1.0755	-0.7879	-0.8129	0.3799	-1.1397	-0.5447	1.5267	-0.5713	0.7172	0.5277	0.2391	-0.0772	1.029	0.0568	0.6744	14.041	48.0307	3.7532
3	5.152	2.5835	-3.1513	3.6716	-1.2848	8.4041	0.2965	1.4842	-0.1791	-1.2211	0.6856	0.0989	-0.8899	0.6173	-0.4977	0.8248	0.1361	-0.2682	0.8977	0.022	0.5788	22.6069	53.4434	15.8872
4	1.4256	0.2587	-0.2072	4.7358	4.9015	5.5338	0.3224	1.1192	1.1815	0.6617	-0.2463	-1.035	0.4239	2.6879	0.0855	1.5698	0.0519	-0.1731	1.0267	-0.0664	0.8964	17.8977	71.0652	27.3425
5	5.8153	-4.6763	-2.9581	6.4369	0.0777	4.7016	-0.8711	0.1973	1.1691	0.5695	1.146	-0.7346	-3.2515	-2.5188	-0.8303	1.8521	0.4572	0.0568	1.1445	0.0205	0.5023	1.9862	70.6693	30.873
6	6.6795	-2.8853	2.7592	3.7422	1.1969	3.9468	-1.1524	-1.5215	-0.1517	0.129	0.8602	0.3186	0.8228	-0.4812	0.4439	0.888	-0.1842	-0.046	0.6641	0.0151	0.4867	1.8451	54.2833	26.444
7	8.7602	-1.2779	-1.5988	9.1464	-0.6384	7.2316	-0.5467	-0.1583	0.8095	0.6555	0.9391	-0.0181	0.7637	-0.8921	-0.2246	0.8383	-0.3054	-0.049	1.0602	0.0308	0.5634	2.254	42.8524	27.0909
8	5.4892	-0.8142	2.4445	6.6604	3.0643	7.718	0.0984	0.3898	-0.2951	0.7722	-0.1361	-0.0472	0.1064	-0.025	-0.0683	0.8135	-0.1353	-0.0193	0.7835	-0.0254	0.3789	7.61	54.9539	35.0197
9	7.1126	0.541	4.7812	0.2319	0.4787	5.0642	-0.268	0.2942	0.3736	-0.0113	-0.3666	-0.4316	-1.6776	1.8083	0.5555	1.1899	-0.1392	0.0285	0.6571	0.0356	0.5225	6.4161	65.7423	29.9139
10	5.1672	-3.4091	-0.0841	4.7291	3.2597	3.4977	0.7913	1.2553	0.4967	-0.6723	-1.028	-0.0353	-1.9891	0.1743	0.046	1.3083	-0.2572	-0.0601	0.8376	0.049	0.5997	17.4094	69.3991	15.8772
11	7.0696	1.8614	3.3379	3.2565	-1.1163	4.7513	-0.8943	0.8845	0.1628	-0.134	0.4912	-0.3067	-1.9227	2.1408	0.5611	1.1133	-0.1157	-0.0735	1.1697	0.2182	0.4501	17.265	62.1047	0.4369
12	4.7414	1.4458	-5.9376	6.5878	-2.0911	7.6833	-0.489	0.3535	0.4109	-0.5651	0.2179	-0.896	-2.535	4.1673	-0.0997	1.7929	-0.4027	0.1929	2.2131	0.2758	0.7111	19.0044	71.3884	-1.2877
13	9.5147	-2.571	7.9958	9.506	-1.933	6.6716	0.0199	-0.5552	0.474	0.645	0.0793	0.0015	-1.9093	-0.4703	-0.2096	1.0539	0.009	0.0897	0.8214	0.0259	0.4213	12.1431	62.4334	12.3984
14	1.8049	-0.0511	-0.502	5.336	-2.7157	8.2888	0.2921	0.6991	-0.5412	1.1481	0.008	-0.7955	-1.6474	0.3187	0.1471	0.7729	-0.0392	-0.1507	0.5772	0.0566	0.7752	15.3008	51.0654	22.6404
15	7.5049	1.5762	0.9105	4.0469	2.2391	7.2652	-0.1414	0.1844	0.3524	0.2056	0.3611	0.3399	1.2638	-1.5836	-0.0677	0.795	-0.2206	-0.1826	0.7551	-0.0603	0.5451	9.0417	40.1297	21.6825
16	3.564	1.9031	3.0707	2.0684	-0.1518	6.1175	0.0028	-0.5595	0.2956	0.2418	-0.6922	0.9684	1.9534	-0.1283	0.6348	1.6999	-0.1206	-0.2284	0.803	-0.1372	0.7852	14.5056	25.6244	15.3195
17	0.6716	0.2895	-0.0351	2.9275	-2.2307	2.0057	0.8347	-0.2932	-0.5179	-0.8395	-0.7399	-0.2464	0.8916	0.5519	-0.1713	1.3385	-0.2181	-0.2598	0.7041	0.1076	0.7033	17.691	26.0996	25.4106
18	4.8083	0.7136	0.7331	0.8646	1.0019	1.9912	-0.5288	-0.635	0.2328	-0.0233	0.1962	0.3654	0.9032	-0.3875	0.2424	0.9196	-0.1208	-0.0916	0.6836	0.0552	0.7215	12.4625	36.3384	11.2646
19	5.1276	4.0846	-0.7996	6.9041	-1.8593	7.2939	-0.0838	0.3633	-0.2625	-0.5478	0.3597	0.3716	0.1817	0.1697	-0.2606	0.4987	0.0842	-0.0956	0.7046	0.0305	0.538	6.8632	51.6384	7.7434
20	8.3988	3.1952	7.6729	9.849	-0.6755	8.825	-0.1532	1.5009	-0.551	1.4813	0.5582	1.139	-1.3573	-0.0034	0.1106	0.6482	0.2531	-0.0384	1.3306	-0.211	0.6934	-0.9895	54.0661	-6.1211

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:4)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 5:8)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 9:12)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 13:16)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 17:20)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 21:24)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 25:28)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 29:33)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 34:39)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 40:45)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 46:49)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 50:56)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 57:60)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 61:64)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 65:69)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 70:73)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 74:80)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 81:84)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 85:90)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 91:94)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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