PDB-5fk1: SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is UG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fk1

タイトル

SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is UG

要素

SAM-I RIBOSWITCH

キーワード

RNA / KINK TURN / RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH

機能・相同性

: / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Huang, L. / Lilley, D.M.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function.
著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J.

履歴

登録	2015年10月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月6日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fk1.cif.gz	119.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fk1.ent.gz	96.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fk1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fk1_validation.pdf.gz	842.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fk1_full_validation.pdf.gz	844.8 KB	表示
XML形式データ	5fk1_validation.xml.gz	6 KB	表示
CIF形式データ	5fk1_validation.cif.gz	7.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fk1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fj0C 5fj1C 5fj4C 5fjcSC 5fk2C 5fk3C 5fk4C 5fk5C 5fk6C 5fkdC 5fkeC 5fkfC 5fkgC 5fkhC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fkg-d 3gx3-d 3gx2-d 3gx6-d 3gx7-d 5fke-d 5fkh-d 3gx5-d 2ydh-d 3iqr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

32.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.580, 62.580, 154.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: RNA鎖	SAM-I RIBOSWITCH 分子量: 30584.338 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-94 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	MUTATION A94G

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.27 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 50 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 10% (V/V) MPD.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→77.36 Å / Num. obs: 11293 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 71.12 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FJC

5fjc

解像度: 2.5→58.015 Å / SU ML: 0.52 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	1076	5.4 %
R_work	0.2385	-	-
obs	0.2414	11185	98.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 116.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→58.015 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2030	42	15	2087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2305
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.636	3593
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.187	1139
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	475
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	96

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5003-2.6141	0.4609	164	0.4432	2316	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6141-2.7519	0.5212	121	0.4398	2327	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7519-2.9243	0.4318	129	0.4254	2390	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9243-3.1501	0.4316	98	0.3322	2424	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1501-3.467	0.2749	128	0.2423	2379	X-RAY DIFFRACTION	99
3.467-3.9686	0.3042	149	0.2178	2348	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9686-4.9996	0.2376	121	0.1817	2404	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9996-58.0304	0.2467	166	0.2002	2354	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1155	3.6239	2.2028	7.2992	0.0049	1.1369	-0.0006	0.4465	-0.6152	2.8452	-0.3657	-0.3134	-0.8914	-2.2844	0.2165	0.9623	0.2023	0.0538	1.0847	-0.1767	0.6072	-0.5374	-13.2953	0.8358
2	7.63	0.6304	-1.6303	9.0601	2.3874	2.9117	0.9706	-0.5254	-1.6222	0.0805	-0.9349	0.5608	1.4294	-0.4185	-0.0612	0.8381	0.2138	-0.1477	1.4722	0.1604	0.7187	14.2761	-14.2353	3.587
3	3.9707	-1.0172	1.0548	0.8368	-1.4376	6.6849	0.885	-0.0271	-0.2302	-0.7174	-0.1162	0.2157	0.8102	-0.3982	-0.5705	1.2691	-0.1107	-0.1778	1.5526	0.1267	0.9438	22.8332	-7.9228	16.7587
4	8.036	-1.7171	-4.41	6.0308	-3.1956	7.924	-0.3367	-0.241	1.5391	4.059	-0.3172	-0.0404	-0.4519	2.96	1.4675	2.6094	-0.2676	-0.1308	1.5561	-0.4505	1.1361	17.6514	8.935	27.2214
5	5.5309	-3.348	-1.1068	3.9527	4.5001	7.9747	-0.1356	-0.24	1.6131	-0.1464	0.5604	-0.3198	-3.6162	-1.7822	-0.8667	2.5887	0.3948	0.4029	1.6561	0.0982	0.8353	2.7605	8.3568	31.1386
6	2.8657	-0.1301	1.8853	8.6348	5.4458	4.8467	-0.6038	-1.0874	-0.1265	-0.1366	-0.0063	-0.0689	0.4094	0.9276	0.795	1.1083	-0.1513	0.0714	1.0813	0.0898	0.585	2.1885	-8.1498	26.6276
7	4.7416	-2.4712	3.2852	8.5912	3.1394	8.0734	0.1559	-0.1837	0.5743	1.5459	1.1206	0.5559	2.1181	-2.3978	-0.8874	1.3586	-0.5152	-0.0272	2.0297	0.0996	0.7211	2.4097	-19.4708	27.1222
8	4.8368	-0.6015	0.1338	2.5858	3.2088	8.0425	-0.0003	0.2479	-0.3143	1.4623	0.467	-0.6478	-0.1664	-0.3288	0.0807	1.9089	-0.4463	0.2473	1.25	0.0938	0.1811	7.999	-7.6289	35.2649
9	4.5621	0.8107	-1.3372	3.3926	1.8258	2.1626	0.8528	0.834	1.1492	-1.0827	-0.2148	-0.2398	-1.6687	0.6421	-0.3479	1.853	-0.357	0.2414	1.4649	0.0463	0.6773	7.0409	3.0437	30.3457
10	3.1535	-1.4513	-4.0077	1.6477	2.1325	5.05	0.6396	0.625	0.5646	-0.5715	-0.1929	0.1736	-1.9202	0.6205	-0.492	1.7104	-0.3921	0.044	1.3073	-0.0008	0.7294	17.5847	6.9946	15.8245
11	7.0849	0.7621	3.2712	6.6369	-0.7098	6.0388	-0.0599	-0.0492	0.3022	-0.2186	-0.4321	-0.3401	-2.5219	3.2543	0.6953	1.5463	-0.2271	0.0606	1.663	0.1878	0.5155	17.4389	-0.1821	0.4555
12	1.4013	0.6357	-2.2947	3.7018	-1.7891	3.8608	0.7416	1.6026	0.6733	0.0741	0.0104	-0.8508	-2.3631	3.2454	-0.0686	2.2235	-0.4631	0.3265	2.2192	0.2127	0.7676	18.9764	9.43	-1.3622
13	5.4182	1.4392	1.1851	6.5428	0.968	5.9595	0.9083	-0.3896	0.2167	0.5666	-0.4174	-0.0036	-2.6074	-0.857	0.245	1.8806	-0.1386	0.1898	1.3951	-0.0768	0.4781	12.2606	0.1031	12.4678
14	2.4093	-0.894	0.2197	3.5351	-0.9929	2.135	0.2504	-0.6932	-0.5803	0.7264	0.2457	-0.681	-0.0481	-0.4443	-0.2955	1.205	-0.1811	-0.1473	1.2737	0.2048	0.647	15.5066	-11.3078	22.7956
15	6.4681	0.5937	2.2409	3.5368	0.4636	6.8801	0.1697	0.2262	-0.0237	0.4365	0.0478	0.7492	1.2119	-0.8738	0.0784	1.0977	-0.3469	-0.2202	1.0977	0.1094	0.6546	9.2144	-22.1556	21.6581
16	5.9782	1.4198	5.5896	6.6311	-0.6062	6.7453	-0.3964	-0.0146	-0.2553	0.877	-0.1911	0.2806	2.2806	0.9014	0.3599	1.993	-0.1298	-0.2489	1.3343	-0.0618	0.7242	14.6966	-36.866	15.2814
17	2.6794	0.9579	0.0428	4.9023	-0.5051	5.2074	0.0847	-0.2613	-0.4388	-1.7894	-0.6554	-0.3557	1.3791	0.1954	0.2041	1.6994	-0.2763	-0.1687	1.0469	0.1318	0.6694	17.9594	-36.4301	25.4916
18	4.0573	-4.5839	-2.0953	5.6525	1.593	2.5255	-1.622	0.1291	-0.665	0.3806	0.6605	0.7006	0.7706	-0.8097	0.9694	1.4569	-0.3576	-0.0506	1.0834	0.0597	0.7896	12.733	-26.0661	11.2591
19	7.1353	0.5342	-0.6089	4.4126	-0.2747	1.5652	0.4221	0.7777	-0.2684	-0.4065	0.5632	0.5457	0.084	-0.1332	-0.7545	0.8934	0.0143	-0.0781	0.9658	0.0321	0.5129	7.0667	-10.6945	7.6939
20	7.4777	2.3115	1.4711	3.7643	0.3158	2.9978	-1.9046	0.9094	-0.0002	0.689	0.8977	0.7061	-1.0845	-0.9737	0.5151	1.0511	0.3891	-0.0452	1.5324	-0.2889	0.7429	-0.7347	-8.0265	-6.2342

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:4)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 5:8)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 9:12)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 13:16)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 17:20)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 21:24)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 25:28)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 29:33)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 34:39)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 40:45)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 46:49)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 50:56)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 57:60)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 61:64)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 65:69)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 70:73)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 74:80)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 81:84)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 85:90)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 91:94)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)