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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5d5c | ||||||
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タイトル | In meso in situ serial X-ray crystallography structure of lysozyme at 100 K | ||||||
![]() | Lysozyme C | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, C.-Y. / Olieric, V. / Diederichs, K. / Wang, M. / Caffrey, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: In meso in situ serial X-ray crystallography of soluble and membrane proteins at cryogenic temperatures. 著者: Huang, C.Y. / Olieric, V. / Ma, P. / Howe, N. / Vogeley, L. / Liu, X. / Warshamanage, R. / Weinert, T. / Panepucci, E. / Kobilka, B. / Diederichs, K. / Wang, M. / Caffrey, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 662.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 662.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5d52C ![]() 5d53C ![]() 5d54C ![]() 5d56C ![]() 5d57C ![]() 5d58C ![]() 5d59C ![]() 5d5aC ![]() 5d5bC ![]() 5d5dC ![]() 5d5eC ![]() 5d5fC ![]() 3tmuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 107分子 ![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/PE5.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/PE5.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-BR / #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | ChemComp-ACY / | #5: 化合物 | ChemComp-PE5 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 0.5-1 M NaBr, 50-100 mM CH3COONa, pH 4.5, and 15-30 %(v/v) PEG400 PH範囲: pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 13594 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 6.16 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3tmu 解像度: 1.7→39.545 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.4 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.545 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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