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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5d5a | |||||||||
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タイトル | In meso in situ serial X-ray crystallography structure of the Beta2-adrenergic receptor at 100 K | |||||||||
![]() | Beta-2 adrenergic receptor,Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor | |||||||||
![]() | Membrane Protein/Hydrolase / MEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE / Membrane Protein-Hydrolase complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() : / beta2-adrenergic receptor activity / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / norepinephrine binding / Adrenoceptors / heat generation / positive regulation of autophagosome maturation / positive regulation of AMPA receptor activity / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure ...: / beta2-adrenergic receptor activity / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / norepinephrine binding / Adrenoceptors / heat generation / positive regulation of autophagosome maturation / positive regulation of AMPA receptor activity / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of lipophagy / response to psychosocial stress / negative regulation of multicellular organism growth / adrenergic receptor signaling pathway / endosome to lysosome transport / diet induced thermogenesis / neuronal dense core vesicle / positive regulation of protein kinase A signaling / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / potassium channel regulator activity / positive regulation of bone mineralization / brown fat cell differentiation / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / regulation of sodium ion transport / bone resorption / viral release from host cell by cytolysis / activation of adenylate cyclase activity / response to cold / peptidoglycan catabolic process / receptor-mediated endocytosis / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / lysozyme / Clathrin-mediated endocytosis / lysozyme activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / host cell cytoplasm / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of MAPK cascade / cell surface receptor signaling pathway / lysosome / early endosome / receptor complex / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / endosome / defense response to bacterium / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Huang, C.-Y. / Olieric, V. / Warshamanage, R. / Liu, X. / Kobilka, B. / Kay Diederichs, K. / Wang, M. / Caffrey, M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: In meso in situ serial X-ray crystallography of soluble and membrane proteins at cryogenic temperatures. 著者: Huang, C.Y. / Olieric, V. / Ma, P. / Howe, N. / Vogeley, L. / Liu, X. / Warshamanage, R. / Weinert, T. / Panepucci, E. / Kobilka, B. / Diederichs, K. / Wang, M. / Caffrey, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 115.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5d52C ![]() 5d53C ![]() 5d54C ![]() 5d56C ![]() 5d57C ![]() 5d58C ![]() 5d59C ![]() 5d5bC ![]() 5d5cC ![]() 5d5dC ![]() 5d5eC ![]() 5d5fC ![]() 2rh1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 56601.438 Da / 分子数: 1 変異: N187E, C54T, C97A,N187E, C54T, C97A,N187E, C54T, C97A,N187E, C54T, C97A,N187E, C54T, C97A,N187E, C54T, C97A,N187E, C54T, C97A,N187E, C54T, C97A,N187E, C54T, C97A 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ADRB2, ADRB2R, B2AR 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P07550, UniProt: P00720, lysozyme |
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#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-maltose |
-非ポリマー , 8種, 68分子 ![](data/chem/img/CAU.gif)
![](data/chem/img/BU1.gif)
![](data/chem/img/ACM.gif)
![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/PLM.gif)
![](data/chem/img/12P.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BU1.gif)
![](data/chem/img/ACM.gif)
![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/PLM.gif)
![](data/chem/img/12P.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-CAU / ( | ||||||||||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ACM / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-PLM / | #8: 化合物 | ChemComp-12P / | #9: 化合物 | ChemComp-SO4 / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 30-35 %(v/v) PEG 400, 0.1-0.2 M Na2SO4, 0.1 M bis-tris propane pH 6.5-7.0 and 5-7 %(v/v) 1,4-butanediol PH範囲: pH 6.5-7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0322 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4826→50 Å / Num. obs: 23086 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 7.27 |
反射 シェル | 解像度: 2.4826→2.57 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / % possible all: 91 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2rh1 解像度: 2.4826→43.96 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.43 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4826→43.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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