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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5d54 | ||||||
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タイトル | In meso X-ray crystallography structure of insulin at 100 K | ||||||
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![]() | HORMONE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process / response to L-arginine ...Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process / response to L-arginine / positive regulation of lipoprotein lipase activity / lactate biosynthetic process / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of glucose metabolic process / lipoprotein biosynthetic process / COPI-mediated anterograde transport / lipid biosynthetic process / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of DNA replication / positive regulation of protein secretion / insulin-like growth factor receptor binding / insulin receptor binding / hormone activity / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / positive regulation of cell migration / extracellular space / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, C.-Y. / Olieric, V. / Wang, M. / Caffrey, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: In meso in situ serial X-ray crystallography of soluble and membrane proteins at cryogenic temperatures. 著者: Huang, C.Y. / Olieric, V. / Ma, P. / Howe, N. / Vogeley, L. / Liu, X. / Warshamanage, R. / Weinert, T. / Panepucci, E. / Kobilka, B. / Diederichs, K. / Wang, M. / Caffrey, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 685.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 685.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5d52C ![]() 5d53C ![]() 5d56C ![]() 5d57C ![]() 5d58C ![]() 5d59C ![]() 5d5aC ![]() 5d5bC ![]() 5d5cC ![]() 5d5dC ![]() 5d5eC ![]() 5d5fC ![]() 9insS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2383.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3403.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PE5 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 0.1-0.2 M sodium phosphate, pH 5.5-6.1, and 33-38 %(w/v) PEG400 PH範囲: pH 5.5-6.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03321 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 12580 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.46 % / Net I/σ(I): 15.45 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 9ins 解像度: 1.5→38.755 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.48 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→38.755 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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