[日本語] English
万見
- PDB-5alc: Ticagrelor antidote candidate Fab 72 in complex with ticagrelor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5alc
タイトルTicagrelor antidote candidate Fab 72 in complex with ticagrelor
要素
  • ANTI-TICAGRELOR FAB 72, HEAVY CHAIN
  • ANTI-TICAGRELOR FAB 72, LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY FRAGMENT / ANTIDOTE / DRUG
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Ticagrelor
機能・相同性情報
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Buchanan, A. / Newton, P. / Pehrsson, S. / Inghardt, T. / Antonsson, T. / Svensson, P. / Sjogren, T. / Oster, L. / Janefeldt, A. / Sandinge, A. ...Buchanan, A. / Newton, P. / Pehrsson, S. / Inghardt, T. / Antonsson, T. / Svensson, P. / Sjogren, T. / Oster, L. / Janefeldt, A. / Sandinge, A. / Keyes, F. / Austin, M. / Spooner, J. / Penney, M. / Howells, G. / Vaughan, T. / Nylander, S.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Characterisation of a Specific Antidote for Ticagrelor.
著者: Buchanan, A. / Newton, P. / Pehrsson, S. / Inghardt, T. / Antonsson, T. / Svensson, P. / Sjogren, T. / Oster, L. / Janefeldt, A. / Sandinge, A. / Keyes, F. / Austin, M. / Spooner, J. / ...著者: Buchanan, A. / Newton, P. / Pehrsson, S. / Inghardt, T. / Antonsson, T. / Svensson, P. / Sjogren, T. / Oster, L. / Janefeldt, A. / Sandinge, A. / Keyes, F. / Austin, M. / Spooner, J. / Gennemark, P. / Penney, M. / Howells, G. / Vaughan, T. / Nylander, S.
履歴
登録2015年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: ANTI-TICAGRELOR FAB 72, HEAVY CHAIN
L: ANTI-TICAGRELOR FAB 72, LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8233
ポリマ－47,3012
非ポリマー5231
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-25.9 kcal/mol
Surface area18980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.230, 72.567, 67.765
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体 ANTI-TICAGRELOR FAB 72, HEAVY CHAIN


分子量: 24646.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO-K1
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 ANTI-TICAGRELOR FAB 72, LIGHT CHAIN


分子量: 22654.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO-K1
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-TIQ / Ticagrelor / チカグレロ-ル


分子量: 522.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28F2N6O4S / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ENGINEERED ANTIBIODY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.91 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→49.2 Å / Num. obs: 143002 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 30.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.87 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AQK

1aqk


解像度: 1.7→49.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9522 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9363 / SU R Cruickshank DPI: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.117 / SU Rfree Blow DPI: 0.115 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.116
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2367 2122 5.07 %RANDOM
Rwork0.1975 ---
obs0.1995 41864 96.35 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5054 Å20 Å2-2.4352 Å2
2--1.4536 Å20 Å2
3---2.0518 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.224 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→49.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3145 0 36 210 3391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013263HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.234458HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1041SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes61HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes481HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3263HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.77
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.6
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion443SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3819SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2609 134 5.03 %
Rwork0.2363 2531 -
all0.2375 2665 -
obs--96.35 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る