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- PDB-4yx1: SpaO(SPOA2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yx1
タイトルSpaO(SPOA2)
要素Surface presentation of antigens protein SpaO
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Type III Secretion System
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type III secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / positive chemotaxis
類似検索 - 分子機能
Surface presentation of antigens (SPOA) / SpoA-like / Type III secretion system apparatus protein YscQ/HrcQ/SpaO / Type III secretion system outer membrane, SpaO / Flagellar motor switch protein FliN-like, C-terminal domain / SpoA-like superfamily / Type III flagellar switch regulator (C-ring) FliN C-term / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Surface presentation of antigens protein SpaO
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Notti, R.Q. / Stebbins, C.E.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: A common assembly module in injectisome and flagellar type III secretion sorting platforms.
著者: Notti, R.Q. / Bhattacharya, S. / Lilic, M. / Stebbins, C.E.
履歴
登録2015年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface presentation of antigens protein SpaO
B: Surface presentation of antigens protein SpaO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7834
ポリマ－15,7032
非ポリマー802
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area8120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.000, 41.270, 48.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Surface presentation of antigens protein SpaO


分子量: 7851.493 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 232-297 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: spaO, STM2891 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40699
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: SpaO(232-297) was concentrated to 8mg/mL and crystallized with 35% PEG400, 200mM calcium acetate, 100mM sodium acetate pH=5.0. Crystals were cryoprotected in the mother liquor. Microseeding ...詳細: SpaO(232-297) was concentrated to 8mg/mL and crystallized with 35% PEG400, 200mM calcium acetate, 100mM sodium acetate pH=5.0. Crystals were cryoprotected in the mother liquor. Microseeding was employed to enhance crystal uniformity and diffraction. Briefly, crystals to be seeded were harvested in precipitant solution and vortexed in a microfuge tube with a small stir bar for ~60 seconds. The slurry of microseeds was serially dilluted (5-10-fold steps) in precipitant solution and 5 selected microseed-precipitant mixtures were mixed with fresh protein as in a normal hanging drop experiment.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→41.27 Å / Num. obs: 29266 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 203967 / Scaling rejects: 17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.35-1.377.11.2812.11025414540.750.511100
7.39-41.275.60.12215.58491510.9810.05476.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.7データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→31.262 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2053 3904 6.87 %
Rwork0.1724 52930 -
obs0.1747 56834 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 54.09 Å2 / Biso mean: 17.7123 Å2 / Biso min: 5.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→31.262 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1062 0 2 222 1286
Biso mean--14.17 32.1 -
残基数----137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0931458
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.406397
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.35-1.36650.29111380.250718722010100
1.3665-1.38380.24871450.23091926207199
1.3838-1.4020.28331400.22651894203499
1.402-1.42120.20381380.210718832021100
1.4212-1.44150.22661410.19718802021100
1.4415-1.4630.25771400.18921945208599
1.463-1.48590.22741390.180318521991100
1.4859-1.51020.21421410.179819042045100
1.5102-1.53630.2111360.176519302066100
1.5363-1.56420.231390.174918541993100
1.5642-1.59430.21551470.16521919206699
1.5943-1.62680.20311370.15651884202199
1.6268-1.66220.19811420.14771895203799
1.6622-1.70090.17091410.150318792020100
1.7009-1.74340.22311440.14881940208499
1.7434-1.79050.17871360.147818431979100
1.7905-1.84320.21631430.161819322075100
1.8432-1.90270.18621340.14741860199499
1.9027-1.97070.20561380.15319082046100
1.9707-2.04960.16261440.14161914205899
2.0496-2.14280.16331400.143218581998100
2.1428-2.25580.21871410.15551914205599
2.2558-2.39710.1861380.17781866200499
2.3971-2.58210.20221380.176419282066100
2.5821-2.84180.22491400.19181882202299
2.8418-3.25260.20491390.180819012040100
3.2526-4.09650.16761390.165518962035100
4.0965-31.27080.25961260.20211771189792

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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