+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yx5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SpaO(SPOA1,2) | ||||||
要素 | (Surface presentation of antigens protein SpaO) x 2 | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Type III Secretion System | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / protein secretion by the type III secretion system / positive chemotaxis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9001 Å | ||||||
データ登録者 | Notti, R.Q. / Stebbins, C.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: A common assembly module in injectisome and flagellar type III secretion sorting platforms. 著者: Notti, R.Q. / Bhattacharya, S. / Lilic, M. / Stebbins, C.E. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yx5.cif.gz | 40.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4yx5.ent.gz | 26.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yx5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4yx5_validation.pdf.gz | 428.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4yx5_full_validation.pdf.gz | 430.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4yx5_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4yx5_validation.cif.gz | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/4yx5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/4yx5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8246.572 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 145-213 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: spaO, STM2891 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40699 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 7710.809 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 232-297 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: spaO, STM2891 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40699 |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.26 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: SpaO(145-213) + SpaO (232-297) was concentrated to 12mg/mL and crystallized with 25% PEG400, 10% isopropanol, 100mM sodium citrate pH=5.6 at 277K. Microseeding was employed to enhance crystal ...詳細: SpaO(145-213) + SpaO (232-297) was concentrated to 12mg/mL and crystallized with 25% PEG400, 10% isopropanol, 100mM sodium citrate pH=5.6 at 277K. Microseeding was employed to enhance crystal uniformity and diffraction. Briefly, crystals to be seeded were harvested in precipitant solution and vortexed in a microfuge tube with a small stir bar for ~60 seconds. The slurry of microseeds was serially dilluted (5-10-fold steps) in precipitant solution and 5 selected microseed-precipitant mixtures were mixed with fresh protein as in a normal hanging drop experiment. Crystals were cryoprotected in mother liquor with the PEG400 concentration raised to 37.5%. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075, 0.979 | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月22日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
| |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→54.19 Å / Num. obs: 4975 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 24.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 122494 / Scaling rejects: 9 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9001→38.678 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.3 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 154.08 Å2 / Biso mean: 74.2199 Å2 / Biso min: 37.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9001→38.678 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 99 %
|