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- PDB-4yxa: Complex of SpaO(SPOA1,2 SeMet) and OrgB(APAR)::T4lysozyme fusion ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yxa
タイトルComplex of SpaO(SPOA1,2 SeMet) and OrgB(APAR)::T4lysozyme fusion protein
要素
  • (Surface presentation of antigens protein SpaO) x 2
  • Oxygen-regulated invasion protein OrgB,Endolysin
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Type III Secretion System
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type III secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / positive chemotaxis / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / protein transport / host cell cytoplasm ...protein secretion by the type III secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / positive chemotaxis / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / protein transport / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Surface presentation of antigens (SPOA) / SpoA-like / Type III secretion system apparatus protein YscQ/HrcQ/SpaO / Type III secretion system outer membrane, SpaO / Flagellar motor switch protein FliN-like, C-terminal domain / SpoA-like superfamily / Type III flagellar switch regulator (C-ring) FliN C-term / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme ...Surface presentation of antigens (SPOA) / SpoA-like / Type III secretion system apparatus protein YscQ/HrcQ/SpaO / Type III secretion system outer membrane, SpaO / Flagellar motor switch protein FliN-like, C-terminal domain / SpoA-like superfamily / Type III flagellar switch regulator (C-ring) FliN C-term / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin / SPI-1 type 3 secretion system stator protein / Surface presentation of antigens protein SpaO
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Notti, R.Q. / Stebbins, C.E.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: A common assembly module in injectisome and flagellar type III secretion sorting platforms.
著者: Notti, R.Q. / Bhattacharya, S. / Lilic, M. / Stebbins, C.E.
履歴
登録2015年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface presentation of antigens protein SpaO
B: Surface presentation of antigens protein SpaO
C: Oxygen-regulated invasion protein OrgB,Endolysin
D: Surface presentation of antigens protein SpaO
E: Surface presentation of antigens protein SpaO
F: Oxygen-regulated invasion protein OrgB,Endolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5216
ポリマ－76,5216
非ポリマー00
水2,198122
1
A: Surface presentation of antigens protein SpaO
B: Surface presentation of antigens protein SpaO
C: Oxygen-regulated invasion protein OrgB,Endolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2613
ポリマ－38,2613
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16530 Å2
手法PISA
2
D: Surface presentation of antigens protein SpaO
E: Surface presentation of antigens protein SpaO
F: Oxygen-regulated invasion protein OrgB,Endolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2613
ポリマ－38,2613
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area16410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.880, 88.500, 63.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Surface presentation of antigens protein SpaO


分子量: 8246.572 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 145-213 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: spaO, STM2891 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40699
#2: タンパク質 Surface presentation of antigens protein SpaO


分子量: 7851.493 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 232-297 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: spaO, STM2891 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40699
#3: タンパク質 Oxygen-regulated invasion protein OrgB,Endolysin / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 22162.568 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 1-30,UNP Residues 1-30 / Mutation: D20N, C54T, C97A,D20N, C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: orgB, STM2869 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CL45, UniProt: P00720, lysozyme
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: SpaO(145-213, SeMet) + SpaO (232-297, SeMet) + OrgB(1-30)::T4 lysozyme (native) was concentrated to 18mg/mL, supplemented with 50mM maltose, and crystallized with 25% PEG3350, 200mM ammonium ...詳細: SpaO(145-213, SeMet) + SpaO (232-297, SeMet) + OrgB(1-30)::T4 lysozyme (native) was concentrated to 18mg/mL, supplemented with 50mM maltose, and crystallized with 25% PEG3350, 200mM ammonium formate, 100mM sodium acetate pH=5.0. Microseeding was employed to enhance crystal uniformity and diffraction. Briefly, crystals to be seeded were harvested in precipitant solution and vortexed in a microfuge tube with a small stir bar for ~60 seconds. The slurry of microseeds was serially dilluted (5-10-fold steps) in precipitant solution and 5 selected microseed-precipitant mixtures were mixed with fresh protein as in a normal hanging drop experiment. Crystals were cryoprotected in 25% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200mM ammonium formate, 100mM sodium acetate pH=5.0, 50mM maltose.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.28
反射解像度: 2.35→47.61 Å / Num. obs: 25759 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 169948 / Scaling rejects: 92
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.35-2.436.60.6172.61680925350.8160.25699.6
9.1-47.616.40.05629.525934060.9970.02386.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.2.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YX7

4yx7


解像度: 2.35→45.804 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 35.43 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2618 1619 6.29 %
Rwork0.1984 24137 -
obs0.2027 25740 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.27 Å2 / Biso mean: 46.8298 Å2 / Biso min: 19.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→45.804 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4810 0 0 122 4932
Biso mean---45.62 -
残基数----618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4646624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054774
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4291804
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3501-2.4260.35851320.28842200233294
2.426-2.51260.30751720.28342186235892
2.5126-2.61320.38321330.29022198233194
2.6132-2.73210.3491400.2822205234593
2.7321-2.8760.32061440.26322198234293
2.876-3.05610.30841500.24732185233593
3.0561-3.29190.24591580.23122201235993
3.2919-3.62280.27081460.2052171231793
3.6228-4.14620.21271450.16572206235192
4.1462-5.22060.19291410.13572190233192
5.2206-33.40810.27881390.1652197233691

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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