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Yorodumi- PDB-4yx7: Complex of SpaO(SPOA1,2) and OrgB(APAR)::T4lysozyme fusion protein -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4yx7 | ||||||
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Title | Complex of SpaO(SPOA1,2) and OrgB(APAR)::T4lysozyme fusion protein | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Type III Secretion System | ||||||
Function / homology | Function and homology information bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / protein secretion by the type III secretion system / positive chemotaxis / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / protein transport / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm ...bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / protein secretion by the type III secretion system / positive chemotaxis / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / protein transport / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella typhimurium (bacteria) Enterobacteria phage T4 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.0007 Å | ||||||
Authors | Notti, R.Q. / Stebbins, C.E. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2015 Title: A common assembly module in injectisome and flagellar type III secretion sorting platforms. Authors: Notti, R.Q. / Bhattacharya, S. / Lilic, M. / Stebbins, C.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4yx7.cif.gz | 288.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4yx7.ent.gz | 234.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4yx7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/4yx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/4yx7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4yx1C 4yx5SC 4yxaC 4yxbC 4yxcC 2lzmS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 8246.572 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP Residues 145-213 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (bacteria) Strain: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / Gene: spaO, STM2891 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P40699 #2: Protein | Mass: 7710.809 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP Residues 232-297 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (bacteria) / Strain: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / Gene: spaO, STM2891 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P40699 #3: Protein | Mass: 22162.568 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP Residues 1-30,UNP Residues 1-30 / Mutation: D20N,C54T,C97A,D20N,C54T,C97A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (bacteria), (gene. exp.) Enterobacteria phage T4 (virus) Strain: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / Gene: orgB, STM2869 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0CL45, UniProt: P00720, lysozyme #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: SpaO(145-213) + SpaO (232-297) + OrgB(1-30)::T4 lysozyme was concentrated to 18.5mg/mL and crystallized with 25% PEG3350, 200mM ammonium formate, 100mM sodium acetate pH=5.0. Microseeding ...Details: SpaO(145-213) + SpaO (232-297) + OrgB(1-30)::T4 lysozyme was concentrated to 18.5mg/mL and crystallized with 25% PEG3350, 200mM ammonium formate, 100mM sodium acetate pH=5.0. Microseeding was employed to enhance crystal uniformity and diffraction. Briefly, crystals to be seeded were harvested in precipitant solution and vortexed in a microfuge tube with a small stir bar for ~60 seconds. The slurry of microseeds was serially dilluted (5-10-fold steps) in precipitant solution and 5 selected microseed-precipitant mixtures were mixed with fresh protein as in a normal hanging drop experiment. Crystals were cryoprotected in 30% PEG3350, 10% glycerol, 200mM ammonium acetate, 100mM sodium acetate pH=5.0. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 22, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: l,-k,h / Fraction: 0.23 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→47.59 Å / Num. obs: 41204 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 5.1 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 210953 / Scaling rejects: 16 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4YX5, 2LZM Resolution: 2.0007→47.59 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 26.03 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 134.22 Å2 / Biso mean: 33.8494 Å2 / Biso min: 9.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.0007→47.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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