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- PDB-1rkj: Solution structure of the complex formed by the two N-terminal RN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rkj
タイトルSolution structure of the complex formed by the two N-terminal RNA-binding domains of nucleolin and a pre-rRNA target
要素
  • 5'-R(*GP*GP*AP*UP*GP*CP*CP*UP*CP*CP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*CP*AP*UP*CP*C)-3'
  • Nucleolin
キーワードTranscription/RNA / Protein-RNA complex / RBD / Transcription-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


telomeric DNA binding / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleolin, RNA recognition motif 1 / Nucleolin, RNA recognition motif 2 / Nucleolin, RNA recognition motif 3 / Nucleolin, RNA recognition motif 4 / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...Nucleolin, RNA recognition motif 1 / Nucleolin, RNA recognition motif 2 / Nucleolin, RNA recognition motif 3 / Nucleolin, RNA recognition motif 4 / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Nucleolin
類似検索 - 構成要素
生物種Mesocricetus auratus (ネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Johansson, C. / Finger, L.D. / Trantirek, L. / Mueller, T.D. / Kim, S. / Laird-Offringa, I.A. / Feigon, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Solution structure of the complex formed by the two N-terminal RNA-binding domains of nucleolin and a pre-rRNA target.
著者: Johansson, C. / Finger, L.D. / Trantirek, L. / Mueller, T.D. / Kim, S. / Laird-Offringa, I.A. / Feigon, J.
履歴
登録2003年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999Authors think that the PRO 330 in the database sequence could be a sequencing error since the ...Authors think that the PRO 330 in the database sequence could be a sequencing error since the closely related mouse and rat sequences have leucines in this position. In addition, the codon usage for a leucine and a proline differs by only one nucleotide.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-R(*GP*GP*AP*UP*GP*CP*CP*UP*CP*CP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*CP*AP*UP*CP*C)-3'
A: Nucleolin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0462
ポリマ－26,0462
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*AP*UP*GP*CP*CP*UP*CP*CP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*CP*AP*UP*CP*C)-3'


分子量: 6680.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE RNA WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE RNA IS NATURALLY FOUND IN the 5' ETS of Mus musculus (house mouse), EMBL accession M20154.
#2: タンパク質 Nucleolin / Protein C23


分子量: 19365.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesocricetus auratus (ネズミ) / 遺伝子: NCL / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P08199

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1133D 13C-separated NOESY
1243D 15N-separated NOESY
1332D 13C-filtered NOESY
2432D 13C-filtered NOESY
3532D 13C-filtered NOESY
164T1-coupled HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1U-(15N,13C,99% 2H) nucleolin RBD12 in a 1 mM 1:1 complex with unlabeled b2NRE, 95% H2O, 5% D2O50 mM phosphate buffer, 95% H2O, 5% D2O
2U-(15N,13C,70% 2H) nucleolin RBD12 in a 1 mM 1:1 complex with unlabeled b2NRE, 95% H2O, 5% D2O50 mM phosphate buffer, 95% H2O, 5% D2O
3U-(15N,13C) nucleolin RBD12 in a 1 mM 1:1 complex with unlabeled b2NRE, 100% D2O50 mM phosphate buffer, 100% D2O
4U-(15N) nucleolin RBD12 in a 1 mM 1:1 complex with unlabeled b2NRE, 95% H2O, 5% D2O50 mM phosphate buffer, 95% H2O, 5% D2O
5Unlabeled nucleolin RBD12 in a 1mM 1:1 complex with 15N,13C-Adenine, Uracil labeled b2NRE, 100% D2O50 mM phosphate buffer, 100% D2O
6Unlabeled nucleolin RBD12 in a 1mM 1:1 complex with 15N,13C-Cytosine, Guanine labeled b2NRE, 100% D2O50 mM phosphate buffer, 100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1150 mM KCl 7ambient 310 K
250 mM KCl 7ambient 310 K
3200 mM KCl 7ambient 310 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX5002
Bruker DRXBrukerDRX7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
XwinNMR2.6Bruker解析
Felix97BIOSYM Technologiesデータ解析
AURELIA3.108Brukerデータ解析
X-PLORNIHSchwieters, C.D., Kuszewski, J.J., Tjandra, N., Clore, G.M.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 3744 restraints, 3222 are NOE-derived distance constraints, 160 hydrogen bond restraints, 80 protein NH residual dipolar couplings, 250 dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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