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- PDB-5jk2: Crystal structure of Treponema pallidum Tp0751 (Pallilysin) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jk2
タイトルCrystal structure of Treponema pallidum Tp0751 (Pallilysin)
要素Tp0751
キーワードCELL ADHESION / Lipocalin / outer membrane protein / adhesin
機能・相同性Pallilysin beta barrel domain / Pallilysin beta barrel domain / Uncharacterized protein TP_0751
機能・相同性情報
生物種Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Parker, M.L. / Boulanger, M.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)Discovery Grant カナダ
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: The Structure of Treponema pallidum Tp0751 (Pallilysin) Reveals a Non-canonical Lipocalin Fold That Mediates Adhesion to Extracellular Matrix Components and Interactions with Host Cells.
著者: Parker, M.L. / Houston, S. / Petrosova, H. / Lithgow, K.V. / Hof, R. / Wetherell, C. / Kao, W.C. / Lin, Y.P. / Moriarty, T.J. / Ebady, R. / Cameron, C.E. / Boulanger, M.J.
履歴
登録2016年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tp0751
B: Tp0751
C: Tp0751
D: Tp0751
E: Tp0751
F: Tp0751
G: Tp0751
H: Tp0751
I: Tp0751


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,3989
ポリマ－163,3989
非ポリマー00
水3,387188
1
A: Tp0751


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1551
ポリマ－18,1551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tp0751


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1551
ポリマ－18,1551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tp0751


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1551
ポリマ－18,1551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tp0751


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1551
ポリマ－18,1551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Tp0751


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1551
ポリマ－18,1551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Tp0751


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1551
ポリマ－18,1551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Tp0751


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1551
ポリマ－18,1551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Tp0751


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1551
ポリマ－18,1551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Tp0751


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1551
ポリマ－18,1551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
A: Tp0751
B: Tp0751
C: Tp0751

A: Tp0751
B: Tp0751
C: Tp0751


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,9326
ポリマ－108,9326
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area10530 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area35210 Å2
手法PISA
11
E: Tp0751
I: Tp0751

D: Tp0751

G: Tp0751

F: Tp0751
H: Tp0751


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,9326
ポリマ－108,9326
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z+1/31
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation6_665-x+1,-x+y+1,-z+1/31
Buried area11010 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area33640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.720, 144.720, 152.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質
Tp0751


分子量: 18155.373 Da / 分子数: 9 / 変異: E199A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema pallidum (strain Nichols) (梅毒トレポネーマ)
株: Nichols / 遺伝子: TP_0751 / プラスミド: pET28a / 細胞株 (発現宿主): BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O83732
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.4, 1.6 M sodium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月19日
詳細: ultra-low expansion (ULE) titanium siliicate flat mirror with Pt, Uncoated, and Pd strips
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.44
反射解像度: 2.15→72.36 Å / Num. obs: 100394 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.719 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→65.383 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 50.67
詳細: The model was refined in Phenix.refine using a twin fraction of 0.43 and the merohedral twin operator -H, -K, L.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2764 4992 4.97 %Random selection
Rwork0.2392 ---
obs0.2465 100350 99.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.67 Å2 / Biso mean: 44.3369 Å2 / Biso min: 13.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→65.383 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8983 0 0 188 9171
Biso mean---35.78 -
残基数----1106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039188
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64212444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0251414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7963247
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1501-2.18720.3282160.30444740495696
2.1872-2.2270.32782540.32874738499295
2.227-2.26980.3242610.31544717497895
2.2698-2.31610.38842110.32424740495196
2.3161-2.36650.34092530.2964750500395
2.3665-2.42150.32782530.28734696494995
2.4215-2.48210.36932640.28664731499595
2.4821-2.54920.29712480.27974737498595
2.5492-2.62420.27042290.26154778500795
2.6242-2.70890.27892200.2664750497096
2.7089-2.80580.31552320.2694779501195
2.8058-2.91810.27842590.25984771503095
2.9181-3.05090.28032610.25424722498395
3.0509-3.21170.26322510.25744762501395
3.2117-3.4130.27942810.25324760504194
3.413-3.67650.2992650.24284764502995
3.6765-4.04640.25682200.21264851507196
4.0464-4.63180.24722800.19624780506094
4.6318-5.8350.23582580.20014864512295
5.835-65.20580.26832740.24814917519193

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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