PDB-4yny: Crystal structure of monoclonal anti-human podoplanin antibody NZ-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yny

タイトル

Crystal structure of monoclonal anti-human podoplanin antibody NZ-1

要素

Heavy chain of antigen binding fragment, Fab
Light chain of antigen binding fragment, Fab

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibodies / Monoclonal / Antibody Affinity / Chromatography / Affinity / Epitopes / Rats / Immunoglobulin Fab Fragments / Kinetics / Protein Binding / Proteins / Recombinant Fusion Proteins / Human podoplanin

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.584 Å

データ登録者

Fujii, Y. / Kitago, Y. / Arimori, T. / Takagi, J.

引用

ジャーナル: J.Cell.Sci. / 年: 2016
タイトル: Tailored placement of a turn-forming PA tag into the structured domain of a protein to probe its conformational state
著者: Fujii, Y. / Matsunaga, Y. / Arimori, T. / Kitago, Y. / Ogasawara, S. / Kaneko, M.K. / Kato, Y. / Takagi, J.

履歴

登録	2015年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月13日	Group: Database references
改定 2.0	2020年2月5日	Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: diffrn_source / entity_poly / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yny.cif.gz	349.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yny.ent.gz	284 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yny.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/4yny ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/4yny	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yo0C 1zanS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qg7-d 2pr4-d 6amj-2 3qnx-d 6amm-d 2v7n-1 7lk9-1 5iie-1 4m6n-d 4qhk-3 6dwi-4 5jqd-2 6dwi-2 5b6f-1 4llw-1 6ev1-2 6o26-d 4r7d-8 5ysl-1 3eo0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Heavy chain of antigen binding fragment, Fab

B: Light chain of antigen binding fragment, Fab

C: Heavy chain of antigen binding fragment, Fab

D: Light chain of antigen binding fragment, Fab

102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heavy chain of antigen binding fragment, Fab

B: Light chain of antigen binding fragment, Fab

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Heavy chain of antigen binding fragment, Fab

D: Light chain of antigen binding fragment, Fab

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.883, 57.157, 101.520
Angle α, β, γ (deg.)	97.92, 101.53, 105.37
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	Heavy chain of antigen binding fragment, Fab 分子量: 25560.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	Light chain of antigen binding fragment, Fab 分子量: 25494.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE SEQUENCES OF THIS PROTEIN WERE NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) ...THE SEQUENCES OF THIS PROTEIN WERE NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, sodium citrate

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSRRC	BL15A1	1	1
シンクロトロン	Photon Factory	BL-17A	2	0.98

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RAYONIX MX300HE	1	CCD	2014年3月14日
ADSC QUANTUM 270	2	CCD	2013年2月13日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.98	1

反射

解像度: 1.584→31.5 Å / Num. obs: 118170 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 24.5

反射シェル

最高解像度: 1.584 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.767 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ZAN

1zan

解像度: 1.584→31.486 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.74

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2039	5885	4.98 %	RANDOM
R_work	0.1684	-	-	-
obs	0.1702	118153	97.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.584→31.486 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6366	0	0	610	6976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	6659
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.552	9111
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.953	4004
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.101	1035
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1168

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5835-1.6015	0.3088	139	0.2746	2848	X-RAY DIFFRACTION	75
1.6015-1.6203	0.2874	184	0.2574	3669	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6203-1.6401	0.3077	191	0.2443	3636	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6401-1.6609	0.2594	193	0.2168	3669	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6609-1.6827	0.2432	175	0.2025	3645	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6827-1.7058	0.2145	215	0.1917	3660	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7058-1.7301	0.2249	197	0.1801	3709	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7301-1.756	0.1976	189	0.1769	3668	X-RAY DIFFRACTION	96
1.756-1.7834	0.2114	176	0.1795	3717	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7834-1.8126	0.2205	178	0.1837	3686	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8126-1.8439	0.2104	174	0.1819	3681	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8439-1.8774	0.2276	219	0.1856	3677	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8774-1.9135	0.229	201	0.177	3759	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9135-1.9526	0.2379	207	0.187	3846	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9526-1.995	0.1956	200	0.1753	3792	X-RAY DIFFRACTION	100
1.995-2.0414	0.2154	209	0.1815	3873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0414-2.0924	0.215	190	0.18	3780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0924-2.149	0.1878	216	0.1722	3844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.149-2.2122	0.2225	209	0.1728	3854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2122-2.2836	0.2105	191	0.1768	3861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2836-2.3652	0.2034	206	0.1827	3857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3652-2.4599	0.2207	182	0.1836	3836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4599-2.5718	0.2278	199	0.1802	3838	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5718-2.7073	0.224	218	0.1864	3848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7073-2.8768	0.2314	206	0.1811	3844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8768-3.0988	0.228	202	0.182	3837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0988-3.4103	0.2055	203	0.1729	3840	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4103-3.9029	0.1827	217	0.1568	3845	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9029-4.9143	0.1614	188	0.1265	3840	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9143-31.4927	0.169	211	0.1413	3809	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7749	1.4777	-0.3811	2.808	-0.4895	2.4904	-0.0102	0.1686	0.3017	0.0354	0.18	0.4891	-0.2595	-0.232	-0.0958	0.1477	0.0608	0.0158	0.142	0.0175	0.3029	-36.4663	-66.3579	54.7985
2	2.4924	-0.2638	-0.1373	1.4612	-1.4688	6.0238	-0.0872	0.2856	0.1223	-0.0722	0.1747	0.1918	0.1194	-0.4331	-0.0867	0.3427	-0.1318	-0.0351	0.2658	0.0249	0.1987	-23.7127	-55.2293	28.1011
3	2.0857	0.358	-0.423	2.6447	-0.6468	2.7773	-0.1245	0.4001	-0.0354	-0.619	0.1981	0.0828	0.3	-0.2521	-0.0589	0.2394	-0.048	-0.0344	0.2225	-0.0196	0.1549	-36.9889	-86.5022	44.3223
4	1.5513	1.2088	0.2931	6.3401	0.5988	2.8591	-0.0404	0.0531	0.0822	0.0955	0.1029	-0.235	-0.2837	0.74	-0.0634	0.2779	-0.1297	-0.0024	0.4076	-0.03	0.1663	-10.9212	-65.2244	23.8736
5	1.5132	0.0543	-0.4836	2.1796	-0.463	1.8414	-0.0594	0.0298	-0.0276	0.1489	0.0508	0.0897	0.0335	-0.0482	0.0144	0.102	0.0133	-0.0078	0.1065	-0.0178	0.1379	-8.9664	-22.1166	-29.2568
6	4.9966	-1.6001	-1.5108	3.713	-0.1888	3.7229	-0.1077	-0.0294	-0.0057	-0.0088	0.0817	0.2114	-0.0943	-0.4014	0.0357	0.237	0.074	0.005	0.2709	0.0102	0.159	-28.0121	-30.0455	-6.8596
7	2.0242	0.4638	-0.667	1.826	-0.0619	3.4073	0.1396	-0.3193	0.2653	0.4479	-0.0595	0.0969	-0.2505	-0.0302	-0.0723	0.2582	0.0008	0.0097	0.1601	-0.0568	0.1677	-0.976	-5.4958	-15.7251
8	3.2712	1.8691	-0.6567	7.036	0.0639	3.6948	0.1804	-0.078	0.1845	-0.0068	-0.0799	-0.2329	-0.1335	-0.0069	-0.0929	0.1509	0.0369	-0.0032	0.2465	0.0214	0.1512	-19.4763	-29.3493	7.9389

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 20:137)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resseq 138:235)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resseq 20:130)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resseq 131:229)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resseq 20:137)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resseq 138:235)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resseq 20:130)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resseq 131:229)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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