PDB-4yhm: Reversal Agent for Dabigatran

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yhm

タイトル

Reversal Agent for Dabigatran

要素

aDabi-Fab2b heavy chain
aDabi-Fab2b light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Dabigatran / Pradaxa / Antidote / Reversal Agent

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-4CC

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Schiele, F. / Nar, H.

引用

ジャーナル: Mabs / 年: 2015
タイトル: Structure-guided residence time optimization of a dabigatran reversal agent.
著者: Schiele, F. / van Ryn, J. / Litzenburger, T. / Ritter, M. / Seeliger, D. / Nar, H.

履歴

登録	2015年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yhm.cif.gz	106.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yhm.ent.gz	78.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yhm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yhm_validation.pdf.gz	669.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yhm_full_validation.pdf.gz	671.5 KB	表示
XML形式データ	4yhm_validation.xml.gz	21.1 KB	表示
CIF形式データ	4yhm_validation.cif.gz	31 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yhm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yhm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ygvC 4yhiC 4yhkC 4yhlC 4yhnC 4yhoC 1c1eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5w24-d 5t78-1 4yhn-2 6df2-2 4ygv-1 5k8a-1 4j1u-2 2uyl-2 6df2-1 1kfa-2 6ugt-1 4r7d-7 4kaq-d 3ejy-4 1uwg-1 6ugv-1 6ev1-6 4gay-2 4hdi-2 6elj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: aDabi-Fab2b heavy chain

L: aDabi-Fab2b light chain

ヘテロ分子

48.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.965, 78.390, 87.671
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	aDabi-Fab2b heavy chain 分子量: 23744.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ)
#2: 抗体	aDabi-Fab2b light chain 分子量: 23987.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-4CC / N-[(2-{[(4-carbamimidoylphenyl)amino]methyl}-1-methyl-1H-benzimidazol-5-yl)carbonyl]-N-pyridin-2-yl-beta-alanine / ダビガトラン分子量: 471.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₅N₇O₃ / コメント: 抗凝固剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM SPG buffer (pH 7) and 25% PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→87.67 Å / Num. obs: 22495 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.16→2.27 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
BUSTER-TNT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1C1E

1c1e

解像度: 2.16→23.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9371 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9157 / SU R Cruickshank DPI: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.295 / SU R_free Blow DPI: 0.199 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.194

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2198	1146	5.11 %	RANDOM
R_work	0.1697	-	-	-
obs	0.1723	22428	98.43 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.806 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.7152 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.5212 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.209 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.16→23.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3354	0	35	321	3710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	3477	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.08	4732	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1144	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		70	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		509	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3477	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.32
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.68
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		454	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4181	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.16→2.27 Å / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2401	142	5.19 %
R_work	0.1876	2592	-
all	0.1902	2734	-
obs	-	-	98.43 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)