PDB-4w7a: Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant D21H/K26C Disul...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w7a

タイトル

Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant D21H/K26C Disulfide and Metal-Mediated Dimer, P 21 21 21 Space Group, Form 4

要素

fluorescent protein D21H/K26C

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / fluorescent protei

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / COPPER (II) ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.603 Å

データ登録者

Leibly, D.J. / Waldo, G.S. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Suite of Engineered GFP Molecules for Oligomeric Scaffolding.
著者: Leibly, D.J. / Arbing, M.A. / Pashkov, I. / DeVore, N. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2014年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w7a.cif.gz	364 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w7a.ent.gz	303.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w7a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4w7a_validation.pdf.gz	456.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w7a_full_validation.pdf.gz	472 KB	表示
XML形式データ	4w7a_validation.xml.gz	34.9 KB	表示
CIF形式データ	4w7a_validation.cif.gz	44.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/4w7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/4w7a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w69C 4w6aC 4w6bC 4w6cC 4w6dC 4w6fC 4w6gC 4w6hC 4w6iC 4w6jC 4w6kC 4w6lC 4w6mC 4w6nC 4w6oC 4w6pC 4w6rC 4w6sC 4w6tC 4w6uC 4w72C 4w73C 4w74C 4w75C 4w76C 4w77C 4w7cC 4w7dC 4w7eC 4w7fC 4w7rC 4w7xC 2b3pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2g75-3 3g6a-2 6e64-1 4w7r-1 1rzf-d 3mj8-1 4hk0-1 1es8-1 6phh-2 3wif-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: fluorescent protein D21H/K26C

B: fluorescent protein D21H/K26C

C: fluorescent protein D21H/K26C

D: fluorescent protein D21H/K26C

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: fluorescent protein D21H/K26C

B: fluorescent protein D21H/K26C

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
52.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: fluorescent protein D21H/K26C

D: fluorescent protein D21H/K26C

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.830, 121.330, 192.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	fluorescent protein D21H/K26C 分子量: 26085.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 7.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 82.42 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 3M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.603→96.28 Å / Num. obs: 33244 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / R_sym value: 0.1225 / Net I/σ(I): 13.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p

解像度: 3.603→96.28 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3018	3325	10 %
R_work	0.278	-	-
obs	0.2804	33234	99.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.603→96.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7082	0	3	0	7085

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	7268
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.22	9815
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.409	2677
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1066
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1265

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.6026-3.6541	0.3301	123	0.3523	1103	X-RAY DIFFRACTION	89
3.6541-3.7086	0.323	137	0.3249	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7086-3.7666	0.3326	137	0.3024	1237	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7666-3.8283	0.3134	136	0.309	1224	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8283-3.8943	0.3218	138	0.278	1239	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8943-3.9651	0.3173	136	0.2771	1228	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9651-4.0414	0.3408	140	0.2794	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0414-4.1239	0.2854	136	0.2829	1220	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1239-4.2136	0.2748	138	0.2807	1244	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2136-4.3116	0.2664	139	0.2603	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3116-4.4194	0.2867	135	0.2504	1219	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4194-4.5389	0.2621	139	0.2364	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5389-4.6725	0.2539	138	0.2191	1247	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6725-4.8233	0.2491	138	0.2149	1240	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8233-4.9957	0.2507	137	0.2164	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9957-5.1957	0.2476	140	0.2293	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1957-5.4321	0.3151	139	0.2609	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4321-5.7185	0.3133	141	0.2799	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7185-6.0767	0.3335	138	0.3204	1250	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0767-6.5458	0.3641	140	0.3166	1260	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5458-7.2043	0.3231	141	0.3078	1268	X-RAY DIFFRACTION	99
7.2043-8.2463	0.3317	143	0.3147	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
8.2463-10.3875	0.2751	144	0.2499	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
10.3875-96.3144	0.3411	152	0.3356	1356	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0508	0.0411	-0.0184	0.1349	-0.1014	0.102	-0.0409	-0.0415	0.0263	-0.1679	-0.0915	-0.0279	0.0227	0.0823	-0.149	0.5125	-0.0235	0.0468	-0.0572	0.0652	0.3421	6.2618	-8.9473	-42.5719
2	0.3468	0.0802	0.1445	0.0298	0.0248	0.1351	0.2075	-0.1247	0.0836	-0.2336	-0.0033	-0.0421	0.2081	-0.029	0.0449	0.7453	0.1154	0.0901	0.2898	-0.0391	0.4911	7.7124	-44.9772	-44.2849
3	0.0441	0.0821	-0.0228	0.136	-0.0475	0.1022	0.031	-0.2493	-0.0821	-0.0543	-0.1261	-0.1486	-0.1377	0.3415	-0.2691	0.0032	-0.1992	0.1376	0.707	-0.113	0.2688	0.0886	-25.7378	-6.9484
4	0.0515	-0.0036	0.0923	0.0777	0.0054	0.138	-0.0296	0.0002	0.2221	-0.0103	-0.0646	0.016	0.2042	-0.3196	-0	0.5744	-0.0245	-0.1761	1.206	-0.1038	0.6782	36.2702	-28.1099	-8.7036

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESSEQ 4:230)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B AND RESSEQ 4:229)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN C AND RESSEQ 4:230)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN D AND RESSEQ 4:230)

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