PDB-4w7r: Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant E124H/K126H Cop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w7r

タイトル

Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant E124H/K126H Copper Mediated Dimer, P 21 Space Group

要素

fluorescent protein E124H/K126C

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / COPPER (II) ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Leibly, D.J. / Waldo, G.S. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Suite of Engineered GFP Molecules for Oligomeric Scaffolding.
著者: Leibly, D.J. / Arbing, M.A. / Pashkov, I. / DeVore, N. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2014年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w7r.cif.gz	362.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w7r.ent.gz	298 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w7r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4w7r_validation.pdf.gz	469.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w7r_full_validation.pdf.gz	482.9 KB	表示
XML形式データ	4w7r_validation.xml.gz	38.9 KB	表示
CIF形式データ	4w7r_validation.cif.gz	52.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/4w7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/4w7r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w69C 4w6aC 4w6bC 4w6cC 4w6dC 4w6fC 4w6gC 4w6hC 4w6iC 4w6jC 4w6kC 4w6lC 4w6mC 4w6nC 4w6oC 4w6pC 4w6rC 4w6sC 4w6tC 4w6uC 4w72C 4w73C 4w74C 4w75C 4w76C 4w77C 4w7aC 4w7cC 4w7dC 4w7eC 4w7fC 4w7xC 2b3pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4w7c-1 4w7a-1 4w76-d 4w7c-2 5wkz-d 3g6a-2 4w7a-2 6m87-2 1rzf-d 4w77-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: fluorescent protein E124H/K126C

B: fluorescent protein E124H/K126C

C: fluorescent protein E124H/K126C

D: fluorescent protein E124H/K126C

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: fluorescent protein E124H/K126C

B: fluorescent protein E124H/K126C

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
52.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: fluorescent protein E124H/K126C

D: fluorescent protein E124H/K126C

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
52.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.670, 87.190, 92.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	fluorescent protein E124H/K126C 分子量: 26074.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M Potassium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.799→92.07 Å / Num. obs: 90790 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / R_sym value: 0.1222 / Net I/σ(I): 6.36

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: DEV_1555)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p

解像度: 1.8→92.07 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	9061	10 %
R_work	0.223	-	-
obs	0.226	90614	98.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→92.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7254	0	58	313	7625

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	7492
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.382	10100
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.918	2778
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1081
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1307

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.799-1.8195	0.4574	284	0.4013	2565	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8195-1.8409	0.4089	305	0.3745	2735	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8409-1.8633	0.4248	298	0.3609	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8633-1.8869	0.3711	310	0.3335	2777	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8869-1.9118	0.3685	297	0.3344	2682	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9118-1.938	0.3487	304	0.3146	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
1.938-1.9656	0.3668	301	0.2887	2704	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9656-1.995	0.3232	302	0.2756	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
1.995-2.0262	0.2877	302	0.2569	2723	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0262-2.0594	0.3228	296	0.2623	2653	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0594-2.0949	0.2843	304	0.2513	2731	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0949-2.133	0.2851	303	0.232	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
2.133-2.174	0.2845	303	0.2378	2728	X-RAY DIFFRACTION	99
2.174-2.2184	0.2963	301	0.2347	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2184-2.2666	0.2954	300	0.2421	2691	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2666-2.3194	0.2695	307	0.2273	2766	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3194-2.3774	0.2729	296	0.2212	2690	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3774-2.4417	0.275	303	0.2198	2712	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4417-2.5135	0.2719	296	0.2218	2688	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5135-2.5947	0.2565	305	0.2094	2741	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5947-2.6874	0.2434	302	0.2087	2711	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6874-2.795	0.249	303	0.2115	2741	X-RAY DIFFRACTION	99
2.795-2.9222	0.2756	303	0.2208	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9222-3.0763	0.2509	304	0.2005	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0763-3.269	0.2319	300	0.2016	2699	X-RAY DIFFRACTION	98
3.269-3.5214	0.2325	305	0.2061	2740	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5214-3.8758	0.2172	307	0.2034	2761	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8758-4.4367	0.2035	306	0.1956	2758	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4367-5.5896	0.1861	302	0.1778	2725	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5896-92.1908	0.2178	312	0.2147	2798	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -31.5076 Å / Origin y: -5.1035 Å / Origin z: 23.0577 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.197 Å²	-0.0002 Å²	-0.0052 Å²	-	0.228 Å²	-0.0008 Å²	-	-	0.5569 Å²
L	0.236 °²	-0.0043 °²	0.0055 °²	-	0.0321 °²	-0.021 °²	-	-	0.0473 °²
S	-0.0049 Å °	0.0063 Å °	0.0085 Å °	-0.0085 Å °	-0.0028 Å °	0.0057 Å °	-0.0021 Å °	-0.0024 Å °	0.0081 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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