PDB-4w6j: Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant D117C Disulfide...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w6j

タイトル

Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant D117C Disulfide Dimer, P 31 2 1 Space Group

要素

fluorescent protein D117C

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / dimer / disulfide

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.702 Å

データ登録者

Leibly, D.J. / Waldo, G.S. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Suite of Engineered GFP Molecules for Oligomeric Scaffolding.
著者: Leibly, D.J. / Arbing, M.A. / Pashkov, I. / DeVore, N. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2014年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w6j.cif.gz	203.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w6j.ent.gz	165 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w6j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4w6j_validation.pdf.gz	462 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w6j_full_validation.pdf.gz	467.1 KB	表示
XML形式データ	4w6j_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	4w6j_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w69C 4w6aC 4w6bC 4w6cC 4w6dC 4w6fC 4w6gC 4w6hC 4w6iC 4w6kC 4w6lC 4w6mC 4w6nC 4w6oC 4w6pC 4w6rC 4w6sC 4w6tC 4w6uC 4w72C 4w73C 4w74C 4w75C 4w76C 4w77C 4w7aC 4w7cC 4w7dC 4w7eC 4w7fC 4w7rC 4w7xC 2b3pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4w6n-3 1s4v-d 3cjt-5 3cjt-3 4w6n-1 4a1t-d 1trd-d 4w6d-d 2v5l-d 5if9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: fluorescent protein D117C

B: fluorescent protein D117C

ヘテロ分子

54.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.740, 113.740, 82.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	fluorescent protein D117C 分子量: 26816.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.16 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 35% MPD, 0.1M Na Acetate pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→98.5 Å / Num. obs: 67258 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5 % / R_sym value: 0.05086 / Net I/σ(I): 16.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: DEV_1555)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p

解像度: 1.702→98.5 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	6726	10 %
R_work	0.189	-	-
obs	0.191	67250	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.702→98.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3618	0	52	206	3876

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3802
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.178	5151
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.622	1413
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	557
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	666

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.702-1.7215	0.2879	218	0.2672	1958	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7215-1.7417	0.3038	222	0.2645	2006	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7417-1.763	0.2773	223	0.2455	2004	X-RAY DIFFRACTION	100
1.763-1.7853	0.2976	220	0.2561	1976	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7853-1.8088	0.2746	225	0.2513	2025	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8088-1.8336	0.266	223	0.2344	2014	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8336-1.8598	0.2912	222	0.233	1997	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8598-1.8875	0.2913	222	0.2293	1992	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8875-1.917	0.2448	226	0.2225	2040	X-RAY DIFFRACTION	100
1.917-1.9484	0.2416	223	0.2087	2005	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9484-1.982	0.2144	224	0.1998	2014	X-RAY DIFFRACTION	100
1.982-2.0181	0.2341	223	0.2039	2010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0181-2.0569	0.2383	221	0.2038	1991	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0569-2.0989	0.247	225	0.2036	2021	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0989-2.1445	0.2406	224	0.2144	2018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1445-2.1944	0.2303	224	0.2009	2011	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1944-2.2493	0.2347	223	0.2063	2003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2493-2.3101	0.2362	225	0.2064	2032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3101-2.3781	0.2213	225	0.2042	2023	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3781-2.4549	0.2142	224	0.2016	2014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4549-2.5426	0.2191	226	0.2006	2039	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5426-2.6444	0.23	226	0.1988	2028	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6444-2.7648	0.2146	221	0.1931	1991	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7648-2.9106	0.2291	224	0.1999	2020	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9106-3.0929	0.2126	226	0.1891	2033	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0929-3.3318	0.1759	228	0.1718	2044	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3318-3.6671	0.1921	226	0.1675	2034	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6671-4.1977	0.1799	224	0.1622	2017	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1977-5.2886	0.1587	228	0.1448	2052	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2886-98.667	0.2179	235	0.1897	2112	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 66.9046 Å / Origin y: -14.2769 Å / Origin z: -9.7442 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.236 Å²	-0.0244 Å²	-0.0337 Å²	-	0.1332 Å²	0.0297 Å²	-	-	0.221 Å²
L	0.2217 °²	0.0464 °²	-0.2086 °²	-	1.0907 °²	0.5345 °²	-	-	1.4171 °²
S	0.0807 Å °	-0.0398 Å °	0.0013 Å °	0.198 Å °	-0.0428 Å °	-0.137 Å °	-0.0739 Å °	0.1366 Å °	-0.042 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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