PDB-4w6u: Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant E115H/T118H Wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w6u

タイトル

Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant E115H/T118H With Nickel Mediated Crystal Contacts, P 21 21 21 Space Group

要素

fluorescent protein E115H/T118H

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / CITRIC ACID / NICKEL (II) ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Leibly, D.J. / Waldo, G.S. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Suite of Engineered GFP Molecules for Oligomeric Scaffolding.
著者: Leibly, D.J. / Arbing, M.A. / Pashkov, I. / DeVore, N. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2014年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w6u.cif.gz	368.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w6u.ent.gz	303.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4w6u_validation.pdf.gz	487.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w6u_full_validation.pdf.gz	500.2 KB	表示
XML形式データ	4w6u_validation.xml.gz	35.8 KB	表示
CIF形式データ	4w6u_validation.cif.gz	47.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w69C 4w6aC 4w6bC 4w6cC 4w6dC 4w6fC 4w6gC 4w6hC 4w6iC 4w6jC 4w6kC 4w6lC 4w6mC 4w6nC 4w6oC 4w6pC 4w6rC 4w6sC 4w6tC 4w72C 4w73C 4w74C 4w75C 4w76C 4w77C 4w7aC 4w7cC 4w7dC 4w7eC 4w7fC 4w7rC 4w7xC 2b3pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ema-d 1emg-d 7a83-d 1c4f-d 4lqu-1 2hjo-d 5oxb-d 2awk-d 2qt2-d 2q6p-d 3wck-6 2awj-d 2okw-4 1bfp-d 4uts-4 5ox8-d 5hzt-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: fluorescent protein E115H/T118H

B: fluorescent protein E115H/T118H

C: fluorescent protein E115H/T118H

D: fluorescent protein E115H/T118H

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: fluorescent protein E115H/T118H

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: fluorescent protein E115H/T118H

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: fluorescent protein E115H/T118H

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: fluorescent protein E115H/T118H

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.640, 116.580, 165.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	fluorescent protein E115H/T118H 分子量: 26102.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Phosphate-citrate pH 4.2, 20% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.278→82.99 Å / Num. obs: 42930 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / R_sym value: 0.1054 / Net I/σ(I): 14.2

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE: DEV_1555) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p

解像度: 2.28→82.99 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	4292	10 %
R_work	0.21	-	-
obs	0.214	42926	99.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→82.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7171	0	23	123	7317

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7365
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.433	9951
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.425	2728
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	1065
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1288

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.278-2.3041	0.3548	114	0.3147	1043	X-RAY DIFFRACTION	83
2.3041-2.3312	0.3036	142	0.2727	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3312-2.3597	0.3087	144	0.245	1294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3597-2.3895	0.278	142	0.2381	1282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3895-2.421	0.3187	139	0.2404	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.421-2.4541	0.2466	141	0.2445	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4541-2.4892	0.2759	143	0.244	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4892-2.5264	0.3157	143	0.2409	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5264-2.5658	0.3177	140	0.2383	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5658-2.6079	0.3105	143	0.2449	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6079-2.6529	0.2764	144	0.2463	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6529-2.7011	0.2941	141	0.2314	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7011-2.7531	0.3001	141	0.2261	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7531-2.8093	0.2738	145	0.2431	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8093-2.8704	0.3189	141	0.2343	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8704-2.9371	0.2786	143	0.2375	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9371-3.0106	0.2931	143	0.2342	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0106-3.092	0.299	141	0.2217	1273	X-RAY DIFFRACTION	99
3.092-3.183	0.2674	145	0.2211	1303	X-RAY DIFFRACTION	100
3.183-3.2857	0.2714	140	0.2078	1260	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2857-3.4032	0.2283	149	0.2107	1343	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4032-3.5394	0.2491	142	0.2101	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5394-3.7005	0.2427	145	0.1939	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7005-3.8956	0.2482	143	0.2003	1293	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8956-4.1397	0.2459	146	0.1931	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1397-4.4593	0.1814	145	0.1779	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4593-4.908	0.2008	148	0.1605	1329	X-RAY DIFFRACTION	100
4.908-5.6181	0.188	149	0.1862	1337	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6181-7.0776	0.2459	150	0.2127	1356	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0776-83.0451	0.2625	160	0.2227	1432	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8933	0.5486	0.4582	2.6144	-0.2201	2.1066	0.0094	-0.0174	0.0181	0.0156	-0.0207	0.0131	-0.0563	-0.0111	0.0191	0.3166	-0.0167	-0.0362	0.2747	-0.0153	0.224	-0.3646	-9.6346	42.2877
2	3.433	-0.519	-0.0825	2.3725	0.1409	2.3906	-0.0982	0.0233	0.0709	-0.0119	0.0245	-0.1253	-0.0022	0.019	0.0706	0.3039	0.003	0.0079	0.2611	-0.0204	0.2802	3.7266	16.3093	20.5156
3	4.1415	-0.2387	-0.9857	1.9889	0.1402	2.2898	-0.2283	0.4181	-0.5402	0.0466	0.0523	0.0463	0.2514	-0.2767	0.1105	0.3783	-0.0643	0.0854	0.3752	-0.1043	0.3549	10.3432	1.7444	-4.6481
4	4.1146	0.7848	0.3273	2.3716	0.6248	2.245	-0.0771	0.7346	-0.4969	-0.2035	0.145	-0.2292	0.144	-0.118	-0.0286	0.4215	-0.0606	0.0228	0.4311	-0.1116	0.3875	-7.6845	-33.379	25.0522

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESSEQ 4:229)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B AND RESSEQ 4:227)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN C AND RESSEQ 4:228)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN D AND RESSEQ 3:228)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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