[日本語] English
万見
- PDB-3wck: Crystal structure of monomeric photosensitizing fluorescent prote... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wck
タイトルCrystal structure of monomeric photosensitizing fluorescent protein, Supernova
要素Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / GFP FOLD / GENETICALLY ENCODED PHOTOSENSITIZER / PHOTOTOXICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sakai, N. / Matsuda, T. / Takemoto, K. / Nagai, T.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2013
タイトル: SuperNova, a monomeric photosensitizing fluorescent protein for chromophore-assisted light inactivation
著者: Takemoto, K. / Matsuda, T. / Sakai, N. / Fu, D. / Noda, M. / Uchiyama, S. / Kotera, I. / Arai, Y. / Horiuchi, M. / Fukui, K. / Ayabe, T. / Inagaki, F. / Suzuki, H. / Nagai, T.
履歴
登録2013年5月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova
B: Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova
C: Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova
D: Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova
E: Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova
F: Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova
G: Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova
H: Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,8078
ポリマ－242,8078
非ポリマー00
水9,152508
1
A: Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3511
ポリマ－30,3511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3511
ポリマ－30,3511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3511
ポリマ－30,3511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3511
ポリマ－30,3511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3511
ポリマ－30,3511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3511
ポリマ－30,3511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3511
ポリマ－30,3511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3511
ポリマ－30,3511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.252, 89.304, 109.885
Angle α, β, γ (deg.)70.57, 89.95, 71.62
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Monomeric photosenitizing fluorescent protein supernova


分子量: 30350.857 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: PRSET B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: Q2TCH5*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE DATABASE REFERENCES FOR THIS PROTEIN HAS BEEN DEPOSITED TO GENBANK, BAN81984. 34 N- ...THE SEQUENCE DATABASE REFERENCES FOR THIS PROTEIN HAS BEEN DEPOSITED TO GENBANK, BAN81984. 34 N-TERMINAL RESIDUES ARE THE PURIFICATION TAGS, AND RESIDUE GLY(1A)-SER(1B) ARE INSERTIONS.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1M SODIUM ACETATE, 2.2M SODIUM CHLORIDE, 0.2M LITHIUM SULFATE, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月10日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 88149 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A8S

3a8s


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 6.283 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.315 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 4432 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.184 83631 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å2-0.86 Å20.55 Å2
2--0.52 Å2-0.74 Å2
3----1.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13795 0 0 508 14303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01914188
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9421.94519200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.856329769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.02551717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.28623.782669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.921152198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2141576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.22043
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02116083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023421
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 334 -
Rwork0.239 5910 -
obs--94.18 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る