PDB-4w6h: Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant D190C Disulfide...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w6h

タイトル

Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant D190C Disulfide Dimer, P 65 Space Group

要素

fluorescent protein D190C

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / dimer / disulfide

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.953 Å

データ登録者

Leibly, D.J. / Waldo, G.S. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Suite of Engineered GFP Molecules for Oligomeric Scaffolding.
著者: Leibly, D.J. / Arbing, M.A. / Pashkov, I. / DeVore, N. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2014年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w6h.cif.gz	196 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w6h.ent.gz	157.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4w6h_validation.pdf.gz	420.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w6h_full_validation.pdf.gz	423.2 KB	表示
XML形式データ	4w6h_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	4w6h_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w69C 4w6aC 4w6bC 4w6cC 4w6dC 4w6fC 4w6gC 4w6iC 4w6jC 4w6kC 4w6lC 4w6mC 4w6nC 4w6oC 4w6pC 4w6rC 4w6sC 4w6tC 4w6uC 4w72C 4w73C 4w74C 4w75C 4w76C 4w77C 4w7aC 4w7cC 4w7dC 4w7eC 4w7fC 4w7rC 4w7xC 2b3pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3mq2-d 1o6o-1 1lmk-2 4w6g-d 7kbo-1 1gd7-d 1o6o-2 6gkg-3 1o6p-1 2qtz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: fluorescent protein D190C

B: fluorescent protein D190C

53.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.520, 95.520, 132.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	fluorescent protein D190C 分子量: 26816.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M SPG Buffer pH8.0,25% PEG-1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.0717 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0717 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.953→82.72 Å / Num. obs: 49488 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.3 % / R_sym value: 0.1088 / Net I/σ(I): 16.42

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: DEV_1555)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p

解像度: 1.953→82.72 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.19	4949	10 %
R_work	0.166	-	-
obs	0.169	49487	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.953→82.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3679	0	0	205	3884

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	3757
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.613	5081
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.201	1389
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	547
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	658

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.953-1.9754	0.2435	154	0.2199	1385	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9754-1.9986	0.2212	166	0.1903	1497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9986-2.023	0.2323	166	0.1945	1497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.023-2.0486	0.2267	162	0.1966	1457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0486-2.0755	0.2299	166	0.178	1492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0755-2.104	0.2084	162	0.1805	1454	X-RAY DIFFRACTION	100
2.104-2.134	0.2271	166	0.1717	1498	X-RAY DIFFRACTION	100
2.134-2.1659	0.1881	166	0.1737	1497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1659-2.1997	0.2007	163	0.1718	1465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1997-2.2358	0.2249	167	0.1632	1505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2358-2.2744	0.1957	168	0.1733	1510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2744-2.3157	0.218	160	0.1737	1435	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3157-2.3603	0.233	166	0.1722	1497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3603-2.4084	0.1933	166	0.1705	1492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4084-2.4608	0.1887	165	0.1698	1486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4608-2.5181	0.192	164	0.176	1478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5181-2.581	0.2037	166	0.1636	1494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.581-2.6508	0.1994	165	0.1684	1484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6508-2.7288	0.2037	164	0.1796	1479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7288-2.8169	0.2183	167	0.18	1505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8169-2.9176	0.2154	163	0.1836	1461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9176-3.0344	0.2158	165	0.1891	1485	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0344-3.1725	0.196	166	0.1734	1498	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1725-3.3398	0.1924	165	0.1695	1481	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3398-3.549	0.2009	168	0.1689	1509	X-RAY DIFFRACTION	100
3.549-3.8231	0.1875	165	0.1625	1486	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8231-4.2078	0.1564	166	0.1445	1498	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2078-4.8166	0.1231	166	0.1359	1495	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8166-6.0681	0.1711	167	0.1459	1499	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0681-82.797	0.1777	169	0.1642	1519	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3447	-0.7489	0.2561	1.3199	-0.3048	1.3618	-0.0244	0.1383	-0.0464	-0.082	-0.028	-0.0102	0.0275	0.108	0.04	0.1292	0.0027	0.0188	0.1627	0.0082	0.1378	74.4726	-29.9801	-9.0064
2	1.821	-0.2548	0.4043	1.2417	0.0777	1.5132	-0.0794	-0.0581	0.108	0.0958	0.0043	-0.0006	-0.2546	-0.118	0.059	0.2076	0.0323	-0.0363	0.1501	-0.0216	0.1436	70.2611	-40.8168	-47.1311

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESSEQ 3:229)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B AND RESSEQ 3:232)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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