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- PDB-1o6o: Importin Beta aa1-442 bound to five FxFG repeats from yeast Nsp1p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o6o
タイトルImportin Beta aa1-442 bound to five FxFG repeats from yeast Nsp1p. Second crystal form
要素
  • IMPORTIN BETA-1 SUBUNIT
  • NUCLEOPORIN NSP1
キーワードNUCLEAR TRANSPORT / NUCLEAR TRAFFICKING / NUCLEOPORIN / TRANSPORT FACTOR / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA import into nucleus / Inhibition of nitric oxide production / mitotic chromosome movement towards spindle pole / endoplasmic reticulum tubular network / nuclear pore central transport channel / astral microtubule organization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / establishment of mitotic spindle localization / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore nuclear basket ...RNA import into nucleus / Inhibition of nitric oxide production / mitotic chromosome movement towards spindle pole / endoplasmic reticulum tubular network / nuclear pore central transport channel / astral microtubule organization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / establishment of mitotic spindle localization / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore nuclear basket / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / tRNA export from nucleus / importin-alpha family protein binding / SUMOylation of SUMOylation proteins / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / Apoptosis induced DNA fragmentation / nuclear localization sequence binding / structural constituent of nuclear pore / ribosomal protein import into nucleus / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Nuclear import of Rev protein / SUMOylation of RNA binding proteins / RNA export from nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear import signal receptor activity / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mitotic metaphase chromosome alignment / ribosomal large subunit export from nucleus / mitotic spindle assembly / nuclear pore / ribosomal small subunit export from nucleus / nuclear periphery / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Hsp90 protein binding / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / phospholipid binding / small GTPase binding / ISG15 antiviral mechanism / specific granule lumen / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon alpha/beta signaling / nuclear envelope / nuclear membrane / ficolin-1-rich granule lumen / protein domain specific binding / Neutrophil degranulation / enzyme binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Importin beta family / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / HEAT repeat profile. ...Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Importin beta family / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NSP1 / Importin subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bayliss, R. / Stewart, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Glfg and Fxfg Nucleoporins Bind to Overlapping Sites on Importin-Beta
著者: Bayliss, R. / Littlewood, T. / Strawn, L.A. / Wente, S.R. / Stewart, M.
履歴
登録2002年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMPORTIN BETA-1 SUBUNIT
B: IMPORTIN BETA-1 SUBUNIT
C: IMPORTIN BETA-1 SUBUNIT
D: NUCLEOPORIN NSP1
E: NUCLEOPORIN NSP1
F: NUCLEOPORIN NSP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,8166
ポリマ－185,8166
非ポリマー00
水23413
1
A: IMPORTIN BETA-1 SUBUNIT
D: NUCLEOPORIN NSP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9392
ポリマ－61,9392
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: IMPORTIN BETA-1 SUBUNIT
F: NUCLEOPORIN NSP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9392
ポリマ－61,9392
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: IMPORTIN BETA-1 SUBUNIT
E: NUCLEOPORIN NSP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9392
ポリマ－61,9392
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.110, 125.350, 266.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 IMPORTIN BETA-1 SUBUNIT / KARYOPHERIN BETA-1 SUBUNIT / NUCLEAR FACTOR P97 / IMPORTIN 90 / KPNB1 / NTF97


分子量: 49385.203 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 1-442 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14974
#2: タンパク質 NUCLEOPORIN NSP1 / NUCLEAR PORE PROTEIN NSP1 / NUCLEOSKELETAL-LIKE PROTEIN / P110 / NSP1 / YJL041W / J1207


分子量: 12553.628 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 497-608 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14907
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細IMPORTIN BETA-1 ROLE IN NUCLEAR PROTEIN IMPORT, RECEPTOR FOR NUCLEAR LOCALIZATION SIGNALS. MEMBER ...IMPORTIN BETA-1 ROLE IN NUCLEAR PROTEIN IMPORT, RECEPTOR FOR NUCLEAR LOCALIZATION SIGNALS. MEMBER OF THE IMPORTIN BETA FAMILY. CONTAINS EIGHT HEAT REPEATS. NUCLEOPORIN NSP1 POSSIBLE ROLE IN NUCLEAR OR CELL DIVISION. MAY ALSO PLAY A ROLEIN BINDING AND TRANSLOCATION OF PROTEINS DURING NUCLEAR TRAFFICKING. CONTAINS PHE-X-PHE-GLY REPEAT SEQUENCES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.25 %
結晶化pH: 5.9
詳細: 1.2-1.28M AMMONIUM SULPHATE, 100MM AMMONIUM ACETATE, PH 5.9, 30MM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→60.9 Å / Num. obs: 53288 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QGK

1qgk


解像度: 2.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 -5 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.236 53288 94.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10420 0 0 13 10433
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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