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万見
- PDB-1wp9: Crystal structure of Pyrococcus furiosus Hef helicase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wp9
タイトルCrystal structure of Pyrococcus furiosus Hef helicase domain
要素ATP-dependent RNA helicase, putative
キーワードHYDROLASE / Helicase / ATPase / DNA replication / DNA repair / DNA recombination
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity, acting on DNA / DNA conformation change / nuclease activity / helicase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
hef helicase domain / Archaeal Hef helicase/nuclease, insert domain / Putative ATP-dependent RNA helicase, helical bundle / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / RuvA domain 2-like ...hef helicase domain / Archaeal Hef helicase/nuclease, insert domain / Putative ATP-dependent RNA helicase, helical bundle / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / RuvA domain 2-like / Restriction endonuclease type II-like / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / ATP-dependent RNA helicase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Nishino, T. / Komori, K. / Tsuchiya, D. / Ishino, Y. / Morikawa, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure and Functional Implications of Pyrococcus furiosus Hef Helicase Domain Involved in Branched DNA Processing
著者: Nishino, T. / Komori, K. / Tsuchiya, D. / Ishino, Y. / Morikawa, K.
履歴
登録2004年8月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32019年11月13日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine_ls_shell / reflns / struct_biol
Item: _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase, putative
B: ATP-dependent RNA helicase, putative
C: ATP-dependent RNA helicase, putative
D: ATP-dependent RNA helicase, putative
E: ATP-dependent RNA helicase, putative
F: ATP-dependent RNA helicase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,59612
ポリマ－338,0266
非ポリマー5706
水88349
1
A: ATP-dependent RNA helicase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4332
ポリマ－56,3381
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ATP-dependent RNA helicase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4332
ポリマ－56,3381
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ATP-dependent RNA helicase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4332
ポリマ－56,3381
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: ATP-dependent RNA helicase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4332
ポリマ－56,3381
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: ATP-dependent RNA helicase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4332
ポリマ－56,3381
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: ATP-dependent RNA helicase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4332
ポリマ－56,3381
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.498, 165.940, 119.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological assembly is assumed to be monomeric

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent RNA helicase, putative / Hef helicase / nuclease


分子量: 56337.691 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 2-495 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / キーワード: L2V / 参照: UniProt: Q8TZH8, EC: 3.6.1.3
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% PEG 6000, 100mM Tricine-Na, 150mM NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1.25 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月15日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.25 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→15 Å / Num. all: 93081 / Num. obs: 92430 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.482 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.9→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 9022 -random
Rwork0.257 ---
all0.286 89513 --
obs0.257 80491 97.1 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.5 Å
Luzzati sigma a0.69 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22834 0 30 49 22913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.38858
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00877
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.099
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84775
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 810 -
Rwork0.421 --
obs-7622 91.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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