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- PDB-1j23: Crystal structure of archaeal XPF/Mus81 homolog, Hef from Pyrococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j23
タイトルCrystal structure of archaeal XPF/Mus81 homolog, Hef from Pyrococcus furiosus, nuclease domain
要素ATP-dependent RNA helicase, putative
キーワードHYDROLASE / structure-specific endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity, acting on DNA / DNA conformation change / nuclease activity / helicase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Archaeal Hef helicase/nuclease, insert domain / Putative ATP-dependent RNA helicase, helical bundle / Rossmann fold - #10130 / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / RuvA domain 2-like / Restriction endonuclease type II-like ...Archaeal Hef helicase/nuclease, insert domain / Putative ATP-dependent RNA helicase, helical bundle / Rossmann fold - #10130 / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / RuvA domain 2-like / Restriction endonuclease type II-like / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Nishino, T. / Komori, K. / Ishino, Y. / Morikawa, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: X-Ray and Biochemical Anatomy of an Archaeal XPF/Rad1/Mus81 Family Nuclease. Similarity between Its Endonuclease Domain and Restriction Enzymes
著者: Nishino, T. / Komori, K. / Ishino, Y. / Morikawa, K.
履歴
登録2002年12月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1171
ポリマ－16,1171
非ポリマー00
水1,910106
1
A: ATP-dependent RNA helicase, putative

A: ATP-dependent RNA helicase, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2332
ポリマ－32,2332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_674x-y+1,-y+2,-z-1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)69.795, 69.795, 58.509
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis:x-y+1,2-y,-z-1/3

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase, putative / Hef nuclease


分子量: 16116.660 Da / 分子数: 1 / 断片: nuclease domain fragment / 変異: F55L, R63G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 codon plus RIL / 参照: UniProt: Q8TZH8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microdialysis / pH: 8
詳細: Tricine-NaOH, NaCl, NaN3, subtilisin , pH 8.0, MICRODIALYSIS, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
160 mg/mlprotein11
2100 mMtricine-NaOH12pH8.0
3300 mM12NaCl
40.025 %12NaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月1日 / 詳細: diamond-graphite
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. all: 16172 / Num. obs: 15983 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.79→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.173 / % possible all: 94.1
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータ削減
SOLVE位相決定
CNS0.9精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: Selenomet-phased model

解像度: 1.78→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.248 1589 random
Rwork0.219 --
all-15821 -
obs-14232 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1029 0 0 106 1135
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.048
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.714
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.8 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.244 34
Rwork0.257 -
obs-358
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.224
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.714

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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