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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3mq2 | ||||||
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Title | Crystal Structure of 16S rRNA Methyltranferase KamB | ||||||
![]() | 16S rRNA methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Methyltranferase / Ribosomal / 16S / Antibiotic Resistance / Aminoglycoside / S-Adenosyl-L-Methionine | ||||||
Function / homology | Vaccinia Virus protein VP39 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Macmaster, R.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural insights into the function of aminoglycoside-resistance A1408 16S rRNA methyltransferases from antibiotic-producing and human pathogenic bacteria. Authors: Macmaster, R. / Zelinskaya, N. / Savic, M. / Rankin, C.R. / Conn, G.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 185.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 147.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23971.361 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | AS PER THE AUTHORS THE SEQUENCE DEPOSITED IN THIS ENTRY IS THE FULL LENGTH PROTEIN LISTED IN UNP ...AS PER THE AUTHORS THE SEQUENCE DEPOSITED IN THIS ENTRY IS THE FULL LENGTH PROTEIN LISTED IN UNP ENTRY Q2MFK4. HOWEVER, Q2MFK4 HAS NOT BEEN UPDATED WITH THE FULL SEQUENCE OF THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.25M Potassium thiocyanate, 24% PEG 2000 monomethylether, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Detector |
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Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.69→50 Å / Num. obs: 46638 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.8 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.69→1.75 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 92 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.737 Å2 / ksol: 0.442 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.69→25.081 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection details: chain B and resid 156:215) |