+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3mq2 | ||||||
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Title | Crystal Structure of 16S rRNA Methyltranferase KamB | ||||||
Components | 16S rRNA methyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Methyltranferase / Ribosomal / 16S / Antibiotic Resistance / Aminoglycoside / S-Adenosyl-L-Methionine | ||||||
Function / homology | Vaccinia Virus protein VP39 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces sp. DSM 40477 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.69 Å | ||||||
Authors | Macmaster, R.A. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2010 Title: Structural insights into the function of aminoglycoside-resistance A1408 16S rRNA methyltransferases from antibiotic-producing and human pathogenic bacteria. Authors: Macmaster, R. / Zelinskaya, N. / Savic, M. / Rankin, C.R. / Conn, G.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3mq2.cif.gz | 185.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3mq2.ent.gz | 147.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3mq2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/3mq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/3mq2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23971.361 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces sp. DSM 40477 (bacteria) / Gene: kamb / Plasmid: pET44 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | AS PER THE AUTHORS THE SEQUENCE DEPOSITED IN THIS ENTRY IS THE FULL LENGTH PROTEIN LISTED IN UNP ...AS PER THE AUTHORS THE SEQUENCE DEPOSITED IN THIS ENTRY IS THE FULL LENGTH PROTEIN LISTED IN UNP ENTRY Q2MFK4. HOWEVER, Q2MFK4 HAS NOT BEEN UPDATED WITH THE FULL SEQUENCE OF THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.25M Potassium thiocyanate, 24% PEG 2000 monomethylether, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||
Detector |
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Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.69→50 Å / Num. obs: 46638 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.8 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.69→1.75 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 92 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.69→25.081 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.737 Å2 / ksol: 0.442 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.69→25.081 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection details: chain B and resid 156:215) |