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- PDB-3bxc: Monomeric Far-red Fluorescent Protein mKate Crystallized at pH 9.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bxc
タイトルMonomeric Far-red Fluorescent Protein mKate Crystallized at pH 9.0
要素Far-red fluorescent protein mKate
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Far-red fluorescent protein / E. quadricolor / Chromophore structure / pH-induced cis-trans izomerization
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Pletnev, S. / Pletneva, N. / Pletnev, V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: A Crystallographic Study of Bright Far-Red Fluorescent Protein mKate Reveals pH-induced cis-trans Isomerization of the Chromophore.
著者: Pletnev, S. / Shcherbo, D. / Chudakov, D.M. / Pletneva, N. / Merzlyak, E.M. / Wlodawer, A. / Dauter, Z. / Pletnev, V.
履歴
登録2008年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Far-red fluorescent protein mKate
B: Far-red fluorescent protein mKate
C: Far-red fluorescent protein mKate
D: Far-red fluorescent protein mKate
E: Far-red fluorescent protein mKate
F: Far-red fluorescent protein mKate
G: Far-red fluorescent protein mKate
H: Far-red fluorescent protein mKate


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,1248
ポリマ－221,1248
非ポリマー00
水6,143341
1
A: Far-red fluorescent protein mKate


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6401
ポリマ－27,6401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Far-red fluorescent protein mKate


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6401
ポリマ－27,6401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Far-red fluorescent protein mKate


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6401
ポリマ－27,6401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Far-red fluorescent protein mKate


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6401
ポリマ－27,6401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Far-red fluorescent protein mKate


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6401
ポリマ－27,6401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Far-red fluorescent protein mKate


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6401
ポリマ－27,6401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Far-red fluorescent protein mKate


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6401
ポリマ－27,6401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Far-red fluorescent protein mKate


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6401
ポリマ－27,6401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.474, 104.481, 123.226
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Far-red fluorescent protein mKate


分子量: 27640.482 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)
プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 Blue
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.15 %
結晶化温度: 293 K / pH: 9
詳細: 20% w/v PEG 6000, 1.0M LiCl, 0.1M Bicine pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 49319 / % possible obs: 89.2 %
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.445 / % possible all: 65.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
DENZOデータ削減
精密化解像度: 2.6→29.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.806 / SU B: 18.625 / SU ML: 0.417 / ESU R Free: 0.553 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 2508 5.13 %
Rwork0.235 --
obs-48880 88.7 %
溶媒の処理Bsol: 41.79 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.975 Å20 Å2-8.436 Å2
2---4.18 Å2-0 Å2
3---6.155 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13989 0 0 341 14330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.773
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.61 Å /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.333 338 -
obs--56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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