PDB-3mte: Crystal Structure of 16S rRNA Methyltranferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mte

タイトル

Crystal Structure of 16S rRNA Methyltranferase

要素

16S rRNA methylase

キーワード

TRANSFERASE / Methyltransferase / 16S / Ribosomal / Aminoglycoside / Resistance / RNA

機能・相同性

機能・相同性情報

16S rRNA (adenine1408-N1)-methyltransferase / methyltransferase activity / methylation / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.805 Å

データ登録者

Macmaster, R.A. / Conn, G.L. / Zelinskaya, N.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Structural insights into the function of aminoglycoside-resistance A1408 16S rRNA methyltransferases from antibiotic-producing and human pathogenic bacteria.
著者: Macmaster, R. / Zelinskaya, N. / Savic, M. / Rankin, C.R. / Conn, G.L.

履歴

登録	2010年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mte.cif.gz	197.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mte.ent.gz	157.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mte.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mte_validation.pdf.gz	994.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mte_full_validation.pdf.gz	997.3 KB	表示
XML形式データ	3mte_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	3mte_validation.cif.gz	29.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/3mte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/3mte	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mq2C 3mqhS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6psg-1 3mq2-2 5znc-d 3vff-3 3qqm-7 1xk9-1 5u35-d 1sxt-2 5fsv-d 3m7s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (4) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 16S rRNA methylase

B: 16S rRNA methylase

ヘテロ分子

51.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 16S rRNA methylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 16S rRNA methylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.651, 59.816, 91.697
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.29, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	16S rRNA methylase 分子量: 25197.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ARS3 / 遺伝子: npmA / プラスミド: pET44 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A8C927
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 14% PEG 6000, 4% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月15日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal Si (111) sagittal focusing. Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.805→36.3 Å / Num. obs: 49392 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 23.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 1.805→1.86 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 4787 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
PHASER	位相決定
PHENIX	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3MQH

3mqh

解像度: 1.805→36.25 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2043	1473	3.13 %	RANDOM
R_work	0.1728	-	-	-
obs	0.1738	47069	95.49 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.468 Å² / k_sol: 0.341 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.5085 Å²	0 Å²	0.6313 Å²
2-	-	4.095 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.6035 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.805→36.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3522	0	53	255	3830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3774
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.027	5109
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.166	1416
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	563
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	647

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.805-1.8694	0.2523	128	0.2139	3789	X-RAY DIFFRACTION	80
1.8694-1.9443	0.2498	136	0.1922	4281	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9443-2.0327	0.2272	146	0.1775	4489	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0327-2.1399	0.213	142	0.1754	4600	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1399-2.2739	0.214	148	0.1675	4640	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2739-2.4495	0.1789	158	0.1647	4636	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4495-2.6959	0.2093	154	0.1796	4757	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6959-3.0858	0.24	150	0.1898	4754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0858-3.8871	0.2132	156	0.1691	4801	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8871-36.2576	0.1618	155	0.1548	4849	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1723	0.5374	0.0958	0.9677	-0.5804	1.5698	0.231	-0.5734	0.1907	0.4567	-0.2404	0.1408	-0.0378	-0.3023	-0.0305	0.2172	-0.1023	0.0412	0.3062	-0.0064	0.1319	26.909	16.9752	43.9988
2	1.1889	0.3001	0.1737	1.0916	-0.3491	2.5647	0.0499	-0.1773	0.0242	0.0923	-0.0026	0.0795	-0.0697	-0.0645	-0.039	0.1065	-0.0304	0.0126	0.1461	-0.015	0.1427	29.6838	19.6546	28.6045
3	0.6408	0.3107	-0.2692	0.6443	-0.2398	1.4593	0.1024	0.011	0.1929	-0.1055	-0.1012	0.2883	-0.386	-0.1403	-0.0763	0.276	-0.0241	0.0271	0.1565	-0.0015	0.2295	32.6739	35.1692	17.9062
4	0.4757	0.1839	-0.0302	1.1989	-0.2445	1.3002	0.1093	-0.0159	0.059	-0.0392	-0.1443	-0.1263	-0.0866	0.2881	0.0179	0.1187	-0.0223	0.0051	0.1922	-0.0092	0.1708	39.1466	19.8423	18.8734
5	0.9022	-0.5039	1.0466	1.4789	-1.2977	2.4629	-0.1945	-0.347	-0.0964	0.4762	0.2508	0.1804	-0.1069	-0.236	-0.0408	0.1937	0.0529	0.0678	0.0801	0.0526	0.0822	51.2341	-4.8373	23.3143
6	0.9363	-0.2959	-0.0943	1.6624	-1.0948	2.0734	-0.1187	-0.055	-0.1053	0.0157	0.0338	-0.0401	0.2522	-0.0027	0.0698	0.1544	0.019	0.0123	0.1203	-0.001	0.15	54.8522	-2.5961	14.6513
7	1.2015	-1.5688	0.1585	2.1833	0.3448	3.5652	0.5269	0.2086	0.6554	0.2071	-0.2204	-0.8036	0.4892	0.7653	-0.2924	0.5147	0.0631	0.0509	0.6403	-0.1637	0.5614	74.9987	5.9156	-1.6049
8	0.6855	0.6284	-0.0866	1.3109	0.536	1.2712	0.0185	0.1235	0.074	-0.0049	-0.0209	0.0152	0.0116	0.0127	0.0122	0.1215	0.0092	-0.0152	0.1329	0.0198	0.1644	58.6872	9.7456	7.7967

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:26)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 27:155)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 156:183)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 184:219)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 1:60)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 61:142)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 143:156)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 157:219)

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