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- PDB-5u35: Crystal structure of a de novo designed protein with curved beta-sheet -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u35
タイトルCrystal structure of a de novo designed protein with curved beta-sheet
要素De novo NTF2 with large cavity
キーワードDE NOVO PROTEIN / de novo NTF2
機能・相同性2-METHOXYETHANOL / Chem-PG6
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Oberdorfer, G. / Marcos, E. / Basanta, B. / Chidyausiku, T.M. / Sankaran, B. / Zwart, P.H. / Baker, D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Principles for designing proteins with cavities formed by curved beta sheets.
著者: Marcos, E. / Basanta, B. / Chidyausiku, T.M. / Tang, Y. / Oberdorfer, G. / Liu, G. / Swapna, G.V. / Guan, R. / Silva, D.A. / Dou, J. / Pereira, J.H. / Xiao, R. / Sankaran, B. / Zwart, P.H. / ...著者: Marcos, E. / Basanta, B. / Chidyausiku, T.M. / Tang, Y. / Oberdorfer, G. / Liu, G. / Swapna, G.V. / Guan, R. / Silva, D.A. / Dou, J. / Pereira, J.H. / Xiao, R. / Sankaran, B. / Zwart, P.H. / Montelione, G.T. / Baker, D.
履歴
登録2016年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月1日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo NTF2 with large cavity
B: De novo NTF2 with large cavity
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,66612
ポリマ－28,7312
非ポリマー93510
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.010, 33.200, 86.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 De novo NTF2 with large cavity


分子量: 14365.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET28b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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非ポリマー , 6種, 150分子

#2: 化合物
ChemComp-MXE / 2-METHOXYETHANOL / 2-メトキシエタノ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.29 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.3M Sodium fluoride, 0.3M Sodium bromide, 0.3M Sodium iodide, 0.1M Sodium HEPES, MOPS (acid) pH=7.5, 20% v/v PEG 500 MME, 10 % w/v PEG 20000
Temp details: Incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999857 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→43.27 Å / Num. obs: 20381 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.505 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1616精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→43.274 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 2078 10.21 %
Rwork0.2013 --
obs0.2061 20357 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.274 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1869 0 59 140 2068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7622692
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.848750
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004343
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.84190.32971250.31381210X-RAY DIFFRACTION100
1.8419-1.8880.28851340.29191190X-RAY DIFFRACTION100
1.888-1.9390.29571400.26241216X-RAY DIFFRACTION100
1.939-1.99610.32871400.23911186X-RAY DIFFRACTION100
1.9961-2.06050.32451260.21861221X-RAY DIFFRACTION100
2.0605-2.13410.24961450.221205X-RAY DIFFRACTION100
2.1341-2.21960.27421410.2131216X-RAY DIFFRACTION100
2.2196-2.32060.29261340.22141215X-RAY DIFFRACTION100
2.3206-2.44290.28371350.22571200X-RAY DIFFRACTION100
2.4429-2.5960.26431570.22711211X-RAY DIFFRACTION100
2.596-2.79640.25861270.21321246X-RAY DIFFRACTION100
2.7964-3.07770.26521270.22231230X-RAY DIFFRACTION100
3.0777-3.52290.2381490.18621217X-RAY DIFFRACTION100
3.5229-4.43770.19951430.15791236X-RAY DIFFRACTION100
4.4377-43.28640.21611550.18071280X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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