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万見
- PDB-4uv4: Crystal structure of anti-FPR Fpro0165 Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uv4
タイトルCrystal structure of anti-FPR Fpro0165 Fab fragment
要素(FPRO0165 FAB) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY ENGINEERING / PHAGE DISPLAY / LONG CDR / FORMYL PEPTIDE RECEPTOR-1
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Douthwaite, J.A. / Sridharan, S. / Huntington, C. / Marwood, R. / Hammersley, J. / Hakulinen, J.K. / Ek, M. / Sjogren, T. / Rider, D. / Privezentzev, C. ...Douthwaite, J.A. / Sridharan, S. / Huntington, C. / Marwood, R. / Hammersley, J. / Hakulinen, J.K. / Ek, M. / Sjogren, T. / Rider, D. / Privezentzev, C. / Seaman, J.C. / Cariuk, P. / Knights, V. / Young, J. / Wilkinson, T. / Sleeman, M. / Finch, D.K. / Lowe, D.C. / Vaughan, T.J.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2015
タイトル: Affinity Maturation of a Novel Antagonistic Human Monoclonal Antibody with a Long Vh Cdr3 Targeting the Class a Gpcr Formyl-Peptide Receptor 1.
著者: Douthwaite, J.A. / Sridharan, S. / Huntington, C. / Hammersley, J. / Marwood, R. / Hakulinen, J.K. / Ek, M. / Sjogren, T. / Rider, D. / Privezentzev, C. / Seaman, J.C. / Cariuk, P. / Knights, ...著者: Douthwaite, J.A. / Sridharan, S. / Huntington, C. / Hammersley, J. / Marwood, R. / Hakulinen, J.K. / Ek, M. / Sjogren, T. / Rider, D. / Privezentzev, C. / Seaman, J.C. / Cariuk, P. / Knights, V. / Young, J. / Wilkinson, T. / Sleeman, M. / Finch, D.K. / Lowe, D.C. / Vaughan, T.J.
履歴
登録2014年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: FPRO0165 FAB
L: FPRO0165 FAB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9542
ポリマ－49,9542
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-22.2 kcal/mol
Surface area20660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.350, 128.350, 90.601
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: 抗体 FPRO0165 FAB


分子量: 26000.039 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 EBNA / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#2: 抗体 FPRO0165 FAB


分子量: 23953.803 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 EBNA / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M TRIS-HCL PH 7.5-8.0, 18% PEG8000, 0.18-0.2 M MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.985
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.08→30 Å / Num. obs: 4512 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 76.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3.08→3.85 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AQK

1aqk


解像度: 3.08→39.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8321 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7915 / SU R Cruickshank DPI: 0.856 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.796 / SU Rfree Blow DPI: 0.385 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.396
詳細: REFINEMENT WAS PERFORMED USIN RESOLUTION FAB FRAGMENT STRUCTURES WITH HIGH HOMOLOGY TO FPR0165 FAB WERE USED TO BUILD A MODEL FOR TARGET RESTRAINTS, PDB CODE 3AAZ AND PDB CODE 3GHB FOR THE ...詳細: REFINEMENT WAS PERFORMED USIN RESOLUTION FAB FRAGMENT STRUCTURES WITH HIGH HOMOLOGY TO FPR0165 FAB WERE USED TO BUILD A MODEL FOR TARGET RESTRAINTS, PDB CODE 3AAZ AND PDB CODE 3GHB FOR THE LIGHT AND HEAVY CHAINS RESPECTIVELY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2804 812 5.02 %RANDOM
Rwork0.2427 ---
obs0.2446 16180 99.58 %-
原子変位パラメータBiso mean: 111.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--29.3105 Å20 Å20 Å2
2---29.3105 Å20 Å2
3---58.621 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.826 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.08→39.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3398 0 0 0 3398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013485HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.274746HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1140SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes73HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes505HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3485HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.39
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion452SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3938SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.08→3.29 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2765 149 5.26 %
Rwork0.2878 2685 -
all0.2872 2834 -
obs--99.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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