PDB-4uil: crystal structure of quinine-dependent Fab 314.1 with quinine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uil

タイトル

crystal structure of quinine-dependent Fab 314.1 with quinine

要素

(FAB 314.1) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / FAB / QUININE-DEPENDENT / MOUSE MAB

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Quinine

機能・相同性情報

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.853 Å

データ登録者

Zhu, J. / Zhu, J. / Bougie, D.W. / Aster, R.H. / Springer, T.A.

引用

ジャーナル: Blood / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Quinine-Dependent Antibody Binding to Platelet Integrin Alphaiib Beta3
著者: Zhu, J. / Zhu, J. / Bougie, D.W. / Aster, R.H. / Springer, T.A.

履歴

登録	2015年3月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uil.cif.gz	255.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uil.ent.gz	213.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uil.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4uil_validation.pdf.gz	802.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4uil_full_validation.pdf.gz	806.2 KB	表示
XML形式データ	4uil_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	4uil_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/4uil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/4uil	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4uikSC 4uimC 4uinC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ojz-1 2a6k-1 6ev2-1 6pdr-d 4dgv-d 1cfq-d 3x3g-d 2ojz-2 1kel-d 6xuk-d 1bog-d 5dd6-1 6a0x-4 2zjs-2 6al4-1 12e8-1 6a0x-2 4uik-d 1t3f-d 6w7y-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: FAB 314.1

L: FAB 314.1

ヘテロ分子

47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.310, 62.310, 232.719
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-2010- HOH

#1: 抗体	FAB 314.1 分子量: 23856.650 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB, HEAVY CHAIN, RESIDUES 1-222 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ASCITES FLUID / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体	FAB 314.1 分子量: 23445.762 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB, LIGHT CHAIN, RESIDUES 1-213 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ASCITES FLUID / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-QI9 / Quinine / (3alpha,8alpha,9R)-6'-methoxycinchonan-9-ol / (αR)-α-[(4S)-5β-ビニル-1-アザビシクロ[2.2.2]オクタン-2α-イル]-6-メトキシキノリン-4(以下略) 分子量: 324.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₂O₂ / コメント: 薬剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.48 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 20% PEG 4000, 150 MM AMMONIUM SULFATE, AND 100 MM HEPES PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 287 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97946
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月10日 / 詳細: DOUBLE MIRROR
放射	モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 10563 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 78.12 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.85→2.92 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4UIK

4uik

解像度: 2.853→48.579 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 2 / 位相誤差: 40.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3352	990	9.4 %
R_work	0.2685	-	-
obs	0.2747	10478	91.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 114.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.853→48.579 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3296	0	24	32	3352

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3409
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.744	4642
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.205	1204
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	529
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	582

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8529-3.0032	0.4577	147	0.4133	1365	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0032-3.1914	0.4374	147	0.3674	1408	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1914-3.4377	0.4265	141	0.3421	1346	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4377-3.7835	0.3681	93	0.3212	926	X-RAY DIFFRACTION	76
3.7835-4.3307	0.3702	136	0.2713	1331	X-RAY DIFFRACTION	90
4.3307-5.4551	0.2734	157	0.2208	1498	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4551-48.586	0.3099	169	0.2411	1614	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6904	-0.5395	0.0429	4.4997	1.2951	3.7901	0.4475	-0.0646	-0.0382	-0.5593	-0.2212	-0.2698	0.0103	0.9109	-0.2996	1.0127	-0.0022	0.0238	1.1097	-0.1047	0.3277	3.117	11.3264	-33.7313
2	1.5329	-0.1357	-1.4781	2.4472	-0.5714	3.452	-0.0601	-0.6361	-0.1261	0.6238	0.2398	-0.3225	-0.374	0.8846	-0.0156	1.1006	-0.4612	0.0989	1.7633	-0.2644	0.4274	-2.6931	18.5245	1.7445
3	4.7752	-0.2301	-0.0966	3.0476	1.9033	8.0637	0.8226	-0.5539	-0.9334	1.5771	-0.7937	0.6693	1.5189	-0.0813	0.0633	0.9712	-0.1293	0.0046	0.6938	-0.2041	0.4942	-12.0793	-3.7305	-28.0982
4	1.3134	-0.5777	-0.2644	2.016	0.9027	5.9578	-0.0829	-0.3338	0.4761	0.2351	-0.5365	0.2241	-0.491	-0.3066	-0.4294	0.9786	-0.5386	0.255	1.4764	-0.3826	-0.0044	-19.1025	19.8296	-0.0301
5	2.5904	0.3464	2.5708	3.5947	3.7088	6.4755	0.4674	-0.8153	-0.547	0.7972	0.2189	0.4167	0.2675	-0.883	-0.6825	1.4629	-0.0786	-0.0212	1.5738	0.0764	0.5267	-3.0998	2.6905	-44.1949

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN H AND RESSEQ 1:121
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN H AND RESSEQ 122:222
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN L AND RESSEQ 1:108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN L AND RESSEQ 109:212
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN L

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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