PDB-4tuj: Crystal structure of monoclonal antibody against neuroblastoma as...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tuj

タイトル

Crystal structure of monoclonal antibody against neuroblastoma associated antigen.

要素

Heavy chain of monoclonal antibody against neuroblastoma associated antigen
Light chain of monoclonal antibody against neuroblastoma associated antigen
peptide1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / neuroblastoma

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Grudnik, P. / Golik, P. / Horwacik, I. / Zdzalik, M. / Rokita, H. / Dubin, G.

引用

ジャーナル: Mol.Cell Proteomics / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of GD2 Ganglioside and Mimetic Peptide Recognition by 14G2a Antibody.
著者: Horwacik, I. / Golik, P. / Grudnik, P. / Kolinski, M. / Zdzalik, M. / Rokita, H. / Dubin, G.

履歴

登録	2014年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月14日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4tuj.ent.gz	279.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tuj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4tuj_validation.pdf.gz	462.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4tuj_full_validation.pdf.gz	466.3 KB	表示
XML形式データ	4tuj_validation.xml.gz	35.3 KB	表示
CIF形式データ	4tuj_validation.cif.gz	51.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/4tuj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/4tuj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4trpC 4tukC 4tulC 4tuoC 1f8tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6y54-1 3u0t-2 4wht-8 3dgg-2 4ncc-2 4kkl-2 2aj3-1 5ye4-2 4mhh-3 6d9g-2 6pxg-3 2v7h-2 2a1w-2 4jfz-d 2g2r-2 4hk3-d 3nz8-2 5tdo-2 5wtg-1 4kjq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heavy chain of monoclonal antibody against neuroblastoma associated antigen

B: Light chain of monoclonal antibody against neuroblastoma associated antigen

E: peptide1

C: Heavy chain of monoclonal antibody against neuroblastoma associated antigen

D: Light chain of monoclonal antibody against neuroblastoma associated antigen

F: peptide1

97.9 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Heavy chain of monoclonal antibody against neuroblastoma associated antigen

B: Light chain of monoclonal antibody against neuroblastoma associated antigen

E: peptide1

ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 3 ポリマー
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2

C: Heavy chain of monoclonal antibody against neuroblastoma associated antigen

D: Light chain of monoclonal antibody against neuroblastoma associated antigen

F: peptide1

ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	43.380, 69.820, 78.000
Angle α, β, γ (deg.)	111.45, 101.14, 90.35
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	Heavy chain of monoclonal antibody against neuroblastoma associated antigen 分子量: 22748.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	Light chain of monoclonal antibody against neuroblastoma associated antigen 分子量: 24251.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド	peptide1 分子量: 1948.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Bis-Tris containing PEG 5000

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データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→40.84 Å / Num. obs: 60908 / % possible obs: 90.92 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 9.66
反射シェル	解像度: 1.89→1.99 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / % possible all: 84.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1F8T

1f8t

解像度: 1.89→24.777 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2324	3069	5.05 %
R_work	0.1789	-	-
obs	0.1816	60776	90.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→24.777 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6305	0	0	433	6738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	6480
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.388	8838
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.395	2198
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	1003
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1138

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.887-1.9165	0.3932	120	0.2867	2261	X-RAY DIFFRACTION	80
1.9165-1.9479	0.3171	137	0.2613	2599	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9479-1.9815	0.2864	132	0.219	2566	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9815-2.0175	0.2394	142	0.2094	2526	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0175-2.0563	0.2713	149	0.2107	2614	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0563-2.0982	0.2661	129	0.2137	2532	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0982-2.1438	0.2712	148	0.2005	2596	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1438-2.1937	0.2838	155	0.1918	2571	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1937-2.2485	0.2802	123	0.1839	2608	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2485-2.3092	0.2224	126	0.1842	2652	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3092-2.3771	0.2352	131	0.1829	2623	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3771-2.4538	0.272	149	0.1958	2634	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4538-2.5414	0.2499	128	0.1933	2687	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5414-2.6431	0.2767	133	0.1948	2638	X-RAY DIFFRACTION	91
2.6431-2.7632	0.2658	158	0.1939	2630	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7632-2.9087	0.2404	148	0.197	2700	X-RAY DIFFRACTION	92
2.9087-3.0906	0.2979	141	0.1962	2655	X-RAY DIFFRACTION	93
3.0906-3.3287	0.231	155	0.185	2687	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3287-3.6627	0.2103	149	0.1675	2690	X-RAY DIFFRACTION	93
3.6627-4.1905	0.202	132	0.1537	2723	X-RAY DIFFRACTION	94
4.1905-5.2712	0.1756	143	0.1392	2759	X-RAY DIFFRACTION	95
5.2712-24.7792	0.2032	141	0.1768	2756	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7702	0.1185	-2.418	1.9111	1.0895	2.581	0	-0.1344	-0.0841	0.0669	-0.1393	-0.1422	0.116	0.1937	0.0965	0.164	-0.0054	-0.0199	0.2048	0.0352	0.2343	30.7913	-31.0262	-37.4581
2	2.9567	-1.8899	1.0808	5.3635	0.8111	1.4147	-0.1374	0.5634	0.1662	-0.6416	-0.1632	-0.507	-0.2881	0.2908	0.3705	0.2013	-0.0499	-0.0164	0.3383	0.0619	0.279	36.9416	-21.9363	-44.632
3	0.7049	-0.0471	1.2205	2.6982	-0.7964	4.3789	-0.1062	-0.113	0.0395	0.1392	0.0347	0.0488	-0.3288	-0.1542	0.0772	0.2051	0.035	0.0063	0.1904	-0.0113	0.2121	29.1701	-21.2426	-37.7799
4	1.2317	0.1465	-0.8437	1.6434	-1.182	0.9667	0.2239	-0.318	-0.6329	-0.0422	-0.4249	0.2774	0.0794	-0.1189	0.2371	0.2032	0.0479	0.0205	0.252	-0.0411	0.3913	13.5434	-47.7672	-37.6967
5	3.8334	0.2979	1.4537	2.6195	-1.4535	1.2697	0.2813	0.4543	-0.6275	-0.3664	-0.3942	0.1092	0.0915	0.2622	0.0345	0.2613	0.0972	-0.0005	0.3355	-0.1356	0.3563	12.7522	-48.5225	-44.0147
6	2.6048	2.8017	4.1992	4.1588	4.3477	9.1406	0.0312	0.4268	-0.2752	-0.4274	-0.3701	0.4124	0.3975	-0.2505	0.3286	0.3349	0.1098	-0.0534	0.4915	-0.2302	0.4809	7.0483	-51.8992	-49.1199
7	2.0652	1.1249	0.8938	1.5577	0.0564	1.8176	0.6659	0.5286	-0.8503	-0.5707	-0.8734	0.1367	0.7327	0.4936	0.0943	0.4513	0.3111	-0.0805	0.1861	-0.3482	0.8872	13.4877	-58.9607	-45.1483
8	1.3482	0.0867	0.2166	2.3994	-0.3753	2.3662	-0.3816	-0.3465	0.381	0.1642	0.1348	0.1517	-0.6535	-0.8442	0.1938	0.3861	0.191	-0.0612	0.3763	-0.0204	0.3843	12.52	-11.4838	-50.6417
9	4.0497	0.5475	0.4571	7.3466	-2.8231	3.7513	-0.2129	0.0171	-0.5122	-0.0023	0.302	0.1723	0.0679	-0.1688	-0.0547	0.1848	0.0002	0.008	0.2071	0.0216	0.2922	20.6773	-20.6438	-53.0137
10	2.8381	1.1213	0.7813	2.0143	-0.3367	4.239	-0.4512	0.3217	0.218	-0.2138	0.2107	0.0866	-0.4977	-0.3835	0.219	0.2712	0.0401	-0.0246	0.2656	0.0443	0.2751	16.9818	-14.947	-58.1912
11	2.3975	0.54	1.3375	1.4858	0.1668	0.9245	-0.2985	0.0118	0.3707	-0.0298	0.1759	0.0223	-0.2917	-0.1042	0.1232	0.2182	0.0641	0.028	0.2554	-0.045	0.2212	10.9955	-21.3641	-49.74
12	2.6707	-0.571	0.4299	2.5547	-0.9561	1.9237	0.0967	-0.1215	-0.7278	-0.0504	0.0447	0.1257	0.2434	-0.009	-0.1335	0.1621	-0.013	-0.0125	0.1571	-0.0023	0.3704	-1.7607	-46.4837	-40.635
13	3.3837	-0.9231	1.5383	3.0428	-1.9447	2.8669	0.1162	-0.1144	-0.7178	-0.0147	0.1521	0.2345	0.1507	-0.084	-0.2119	0.1696	-0.0006	0.0225	0.1655	-0.0364	0.3257	-2.7469	-44.3183	-41.5936
14	1.9644	0.0912	0.3686	2.1802	-0.3787	0.1392	0.0096	-0.2022	0.434	0.9319	-0.2273	-0.3651	-0.875	0.2207	0.158	0.631	-0.1083	-0.171	0.2776	0.0653	0.4561	32.0015	-6.419	-45.8516
15	2.3421	0.9969	1.0728	2.2173	-0.6709	4.3378	-0.1546	0.0618	0.0813	-0.0961	0.1135	-0.1087	-0.4395	0.344	0.0173	0.2875	-0.0484	-0.0081	0.282	-0.0157	0.1559	16.4234	-61.3788	-90.6224
16	1.7349	0.1513	1.4342	3.1005	0.6134	4.1487	-0.5312	0.6904	-0.0602	-1.0314	0.7468	-0.6965	-0.0333	0.7156	-0.2097	0.7579	-0.333	0.1544	0.8339	-0.1829	0.4637	40.061	-36.8983	-84.8953
17	6.7268	1.1059	1.7013	2.1669	0.8365	2.7152	0.0591	-0.1623	0.1088	0.3275	0.0284	-0.0738	-0.3658	-0.4434	-0.1245	0.4754	0.0952	0.0032	0.4027	-0.0186	0.2764	20.694	-57.1764	-64.0772
18	2.6167	0.3515	1.3215	2.5567	-0.1936	3.9699	0.0418	-0.3659	-0.2357	0.2066	0.0549	-0.06	0.2489	-0.3868	-0.0903	0.3301	-0.0191	-0.0479	0.3197	0.0477	0.2778	18.6179	-68.1351	-67.9158
19	3.7654	1.2427	1.5562	2.3269	0.166	2.9454	0.1642	-0.1722	-0.1732	0.194	0.0754	-0.0434	0.1001	-0.4509	-0.2197	0.3103	0.0139	0.0152	0.3416	0.0456	0.2347	19.0042	-63.0812	-71.3134
20	3.371	4.7743	1.1314	6.7092	1.6846	0.3362	0.1074	0.0559	-0.4484	-0.2051	0.1927	-0.0385	0.2949	0.0904	-0.2862	0.4536	0.0298	-0.1091	0.3205	-0.0868	0.3877	32.0527	-47.9952	-63.3682
21	1.3853	-0.5681	1.8995	1.4585	-1.0128	3.6472	-0.521	0.4548	0.4914	-0.3306	0.5648	0.0647	-0.6423	-0.0742	-0.0297	0.5574	-0.18	-0.0723	0.4506	0.1198	0.3724	31.6552	-29.115	-76.6111
22	3.4469	0.5818	1.1437	0.8737	-1.5274	6.0171	-0.3603	0.4067	0.4009	-0.2124	0.4766	0.4479	-0.456	-0.2777	-0.1486	0.4794	-0.0915	-0.0451	0.3742	0.0343	0.3153	30.5492	-30.8289	-73.4766
23	6.0832	3.4335	-1.7173	5.6665	3.4689	5.6522	0.1944	0.4544	-0.1988	-0.6348	0.3332	0.6849	-0.217	-0.7366	-0.3987	0.5675	-0.0645	-0.1156	0.4035	0.152	0.4621	11.0049	-77.1321	-79.9348

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 33 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 34 through 106 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 107 through 134 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 135 through 174 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 175 through 187 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 188 through 212 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 37 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 38 through 53 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 54 through 95 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 96 through 119 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 120 through 161 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 162 through 217 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 1 through 14 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 2 through 119 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 120 through 212 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1 through 18 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 19 through 80 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 81 through 107 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 108 through 119 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 120 through 161 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 162 through 217 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 1 through 13 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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