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万見
- PDB-4rku: Crystal structure of plant Photosystem I at 3 Angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rku
タイトルCrystal structure of plant Photosystem I at 3 Angstrom resolution
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein ...) x 3
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 9
  • Photosystem I iron-sulfur center
  • Photosystem I-N subunit
  • Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I
キーワードPHOTOSYNTHESIS / light harvesting / membrane complex / plastocyanin / ferredoxin / chloroplast membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus ...plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II ...Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Single helix bin / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I PsaD / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / PHYLLOQUINONE ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / PSI-F / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I-N subunit / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VI / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-K / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit V / Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Mazor, Y. / Borovikova, A. / Greenberg, I. / Nelson, N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of plant Photosystem I at 3.1 Angstrom resolution
著者: Mazor, Y. / Borovikova, A. / Greenberg, I. / Nelson, N.
履歴
登録2014年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
E: Photosystem I reaction center subunit IV B, chloroplastic
F: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
G: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
H: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit X psaK
L: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic
N: Photosystem I-N subunit
1: Chlorophyll a-b binding protein 6A, chloroplastic
2: Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I
3: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)528,534217
ポリマ－363,80717
非ポリマー164,727200
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.631, 189.168, 129.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 80079.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P05310, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 82275.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P05311, photosystem I

-
タンパク質 , 3種, 3分子 CN2

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8860.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P10793, photosystem I
#13: タンパク質 Photosystem I-N subunit


分子量: 9740.071 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K7
#15: タンパク質 Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I


分子量: 21974.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q41038

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 9種, 9分子 DEFGHIJKL

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Photosystem I 20 kDa subunit / PSI-D


分子量: 15348.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K8*PLUS
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV B, chloroplastic / PSI-E B / Photosystem I reaction center subunit IV B isoform 2


分子量: 7184.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K6*PLUS
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Light-harvesting complex I 17 kDa protein / PSI-F


分子量: 17027.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0H2UKZ4*PLUS
#7: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / PSI-G


分子量: 9083.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P20120*PLUS
#8: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / PSI-H / Light-harvesting complex I 11 kDa protein


分子量: 8895.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K9*PLUS
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 2798.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P17227
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4455.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: D5MAL3
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit X psaK


分子量: 7260.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L3
#12: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / PSI-L / PSI subunit V


分子量: 17312.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L1*PLUS

-
Chlorophyll a-b binding protein ... , 3種, 3分子 134

#14: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 6A, chloroplastic / LHCI type I CAB-6A / Light-harvesting complex I 26 kDa protein


分子量: 20096.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L2*PLUS
#16: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / LHCII type III CAB-3


分子量: 29634.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q32904
#17: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic / LHCI type III CAB-P4


分子量: 21779.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9SQL2

-
糖 , 1種, 1分子

#24: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 10種, 199分子

#18: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#19: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#20: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#21: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#22: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#23: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#25: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#26: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL, LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#27: 化合物 ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL, 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#28: 化合物 ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.77 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.534→129.642 Å / Num. all: 192138 / Num. obs: 116008 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 65.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1690)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→39.693 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 5771 4.98 %
Rwork0.2576 --
obs0.2593 115939 99.92 %
all-104875 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→39.693 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23975 0 10565 0 34540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01136618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.37252191
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.4814446
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1474482
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0116185
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.03410.43512160.35873576X-RAY DIFFRACTION99
3.0341-3.06980.37041850.33073679X-RAY DIFFRACTION100
3.0698-3.10720.36952000.33483625X-RAY DIFFRACTION100
3.1072-3.14650.37451910.33083667X-RAY DIFFRACTION100
3.1465-3.18790.36721940.32493683X-RAY DIFFRACTION100
3.1879-3.23160.34281970.3093624X-RAY DIFFRACTION100
3.2316-3.27770.35821980.30353674X-RAY DIFFRACTION100
3.2777-3.32660.35222090.30183646X-RAY DIFFRACTION100
3.3266-3.37860.34711900.29133700X-RAY DIFFRACTION100
3.3786-3.43390.33011840.29053662X-RAY DIFFRACTION100
3.4339-3.49310.30591630.28363672X-RAY DIFFRACTION100
3.4931-3.55660.27941850.26553686X-RAY DIFFRACTION100
3.5566-3.6250.30651980.26433633X-RAY DIFFRACTION100
3.625-3.69890.32671750.26793703X-RAY DIFFRACTION100
3.6989-3.77930.30671790.26023680X-RAY DIFFRACTION100
3.7793-3.86710.29491760.25313675X-RAY DIFFRACTION100
3.8671-3.96370.3041940.25343660X-RAY DIFFRACTION100
3.9637-4.07080.27571870.25423682X-RAY DIFFRACTION100
4.0708-4.19050.30422030.24643661X-RAY DIFFRACTION100
4.1905-4.32560.272030.2353679X-RAY DIFFRACTION100
4.3256-4.480.26041990.22613661X-RAY DIFFRACTION100
4.48-4.65910.25441860.21993691X-RAY DIFFRACTION100
4.6591-4.87070.24712090.22153647X-RAY DIFFRACTION100
4.8707-5.1270.26091950.23073657X-RAY DIFFRACTION100
5.127-5.44750.24872100.23763687X-RAY DIFFRACTION100
5.4475-5.86690.30631820.25593695X-RAY DIFFRACTION100
5.8669-6.4550.26742090.25983670X-RAY DIFFRACTION100
6.455-7.38390.28521910.25313697X-RAY DIFFRACTION100
7.3839-9.28320.23591910.22113731X-RAY DIFFRACTION100
9.2832-39.69620.32091720.26973765X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.6315 Å / Origin y: 2.3519 Å / Origin z: 66.4733 Å
111213212223313233
T0.4251 Å20.0267 Å2-0.0474 Å2-0.3734 Å20.0281 Å2--0.4112 Å2
L0.4899 °2-0.0077 °20.0209 °2-0.8958 °2-0.0448 °2--0.4095 °2
S0.014 Å °-0.0692 Å °0.1506 Å °0.3192 Å °0.0058 Å °-0.0278 Å °-0.0454 Å °0.0351 Å °-0.0133 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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