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- PDB-1qzv: Crystal structure of plant photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qzv
タイトルCrystal structure of plant photosystem I
要素
  • (PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT ...) x 4
  • (PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT ...) x 12
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PLANT PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER / PERIPHERAL ANTENNA / LIGHT-HARVESTING SYSTEM / PLANT MEMBRANE PROTEIN COMPLEX
機能・相同性CHLOROPHYLL A / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER
機能・相同性情報
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 4.44 Å
データ登録者Ben-Shem, A. / Frolow, F. / Nelson, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of plant photosystem I.
著者: Ben-Shem, A. / Frolow, F. / Nelson, N.
履歴
登録2003年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年7月25日Group: Non-polymer description
改定 2.02024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_chiral / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE AND NOMENCLATURE: THE NUMBERING OF RESIDUES IN CHAINS A,B,C,D,E,F,I,J,K,L IS DERIVED FROM ... SEQUENCE AND NOMENCLATURE: THE NUMBERING OF RESIDUES IN CHAINS A,B,C,D,E,F,I,J,K,L IS DERIVED FROM PAIR-WISE ALIGNMENT BETWEEN THE SEQUENCE IN HIGHER PLANTS AND THAT IN CYANOBACTERIA (SYNECHOCOCCUS ELONGATUS) AND FROM COMPARISON OF THE PLANT STRUCTURE TO THE CYANOBACTERIAL STRUCTURE (PDB CODE 1JB0). SINCE THE RESULTS FROM SUCH A PROCEDURE MIGHT NOT BE EXACT, RESIDUE TYPE IN MOST CASES IS DESIGNATED AS UNKNOWN (UNK). IN CHAIN D RESIDUES D1-D22 CORRESPOND TO AN ADDITIONAL N-TERMINAL DOMAIN THAT HAS NO PARALLEL IN CYANOBACTERIA. DUE TO DISCONTINUITY IN THE MAP AND THE MODEL (NEXT RESIDUE IS D31) THE POSSIBILITY EXISTS THAT THE DIRECTION OF THIS SEGMENT IS ACTUALLY D22 -> D1. NUMBERING OF RESIDUES IN CHAINS H AND G SHOULD BE REGARDED AS SPECULATIVE. MOST SECONDARY STRUCTURE PREDICTING PROGRAMS SUGGEST THAT THE TRANSMEMBRANE HELIX OF CHAIN H IS LOCATED TOWARDS THE C-TERMINUS OF THIS CHAIN. THIS SUGGESTION WAS ADOPTED HERE. SUBUNIT G HAS TWO TRANSMEMBRANe HELICES - ONE TOWARDS THE N-TERMINUS AND THE OTHER TOWARDS THE C-TERMINUS. OUR CHOICE REGARDING WHICH OF THE TWO OBSERVED HELICES SHOULD BE ASSIGNED TO THE N-TERMINUS AND WHICH TO THE C-TERMINUS IS ARBITRARY. NUMBERING OF RESIDUES IN THE FOUR LHCI SUBUNITS IS BASED ON MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT OF SEVERAL LHCI AND LHCII PROTEINS (SEE MELKOZERNOV AND BLANKENSHIP 2003). WE IDENTIFIED IN THE MODEL AND IN THE ALIGNMENT THE RESIDUES THAT SEEM TO BE THE LIGANDS OF CHLOROPHYLLS A1,A2,A3,A4,A5,A6,B3,B5,B6 (LABELING AS IN LHCII). THESE ANCHOR POINTS DETERMINED RESIDUE NUMBERING OF HELICES A,B,C,D AND THEIR CONTINUATIONS IN ALL LHCI SUBUNITS. AS FOR RESIDUE NUMBERS IN LOOPS THAT ARE NOT CONNECTED TO THE HELICES IN THE MODEL (DISCONTINUITIES)- THESE ARE SPECULATIVE. IN LHCA3 ONLY, THE TRANSMEMBRANE HELIX CLOSEST TO HELIX C IS NOT THE LONGEST OF THE TWO TILTED TRANSMEMBRANE HELICES (LABELING AS IN KUHLBRANDT ET AL. 1994). THIS MIGHT INDICATE THAT IN LHCA3 THE HELIX CLOSEST TO HELIX C IS NOT THE FIRST HELIX (FROM THE N-TERMINUS) BUT THE THIRD ONE. THE ELECTRON DENSITY MAP IS NOT CONCLUSIVE HERE BUT SEEMS TO SUGGEST THAT THIS MIGHT BE THE CASE. IF THIS IS TRUE, AND LHCA3 FOLDS DIFFERENTLY, THEN THE NUMBERING OF RESIDUES IN LHCA3 MUST CHANGE ACCORDINGLY. C-ALPHA ATOMS ONLY WERE SUBMITTED FOR THIS MODEL. CHLOROPHYLL NOTATION: REACTION CENTER CHLOROPHYLLS - FOLLOW THE NOTATION OF THE CYANOBACTERIAL STRUCTURE PDB CODE 1JB0 (NO CHAIN I.D.) "GAP" CHLOROPHYLLS (SEE BEN-SHEM ET AL. NATURE 426 630-635) - NO CHAIN I.D., RESIDUE NUMBERS 4001-4010. THESE DO NOT INCLUDE "LINKER" CHLOROPHYLLS. LHCI CHLOROPHYLLS - CHAIN I.D. 1,2,3,4 CORRESPONDING TO LHCA1-4. RESIDUE NUMBERS 1011-1017 IDENTIFY CHLOROPHYLLS AT POSITIONS SIMILAR TO A1-A7 IN LHCII. RESIDUE NUMBERS 1021-1026 IDENTIFY CHLOROPHYLLS AT POSITIONS SIMILAR TO B1-B6 IN LHCII, RESIDUE NUMBERS 1031-1033 IDENTIFY "LINKER" CHLOROPHYLLS. RESIDUE NUMBER 1041 IDENTIFY ONE CHLOROPHYLL IN LHCA3 WHICH IS IN A POSITION BETWEEN A3 AND B3. CHLOROPHYLLS WITH CHAIN I.D. 7,8,9,0 ARE THE SYMMETRY EQUIVALENTS OF CHLOROPHYLLS WITH CHAIN I.D. 1,2,3,4. CHLOROPHYLLS NUMBERED 5011-5901 ARE THE SYMMETRY EQUIVALENTS OF CHLOROPHYLLS NUMBERED 1011-1901. CHLOROPHYLLS NUMBERED 8001-8010 ARE THE SYMMETRY EQUIVALENTS OF CHLOROPHYLLS NUMBERED 4001-4010. PQN 6001 AND 6002 ARE THE SYMMETRY EQUIVALENTS OF PQN 2001 AND 2002. FS4 MOLECULES 7001-7003 ARE THE SYMMETRY EQUIVALENTS OF FS4 MOLECULES 3001-3003.
Remark 600HETEROGEN ATOMS C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C18, C19, C20, C21, C22, C23, C24, C25, C26, ...HETEROGEN ATOMS C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C18, C19, C20, C21, C22, C23, C24, C25, C26, C27, C28, C29, AND C30 FOR LIGAND PQN ARE MISSING IN THE COORDINATES. ATOMS CMA, CAA, CBA, CGA, O1A, O2A, CMB, CAB, CBB, CMC, CAC, CBC, CMD, CAD, OBD, CBD, CGD, O1D, O2D, CED, C1, C2, C3, C4, C5, C6, C7, C8, C9, C10, C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C18, C19, AND C20 FOR LIGAND CLA ARE MISSING IN THE COORDINATES. CHLOROPHYLLS WERE MODELLED BY PORPHYRINS.
Remark 400 COMPOUND THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 2 MONOMERS. EACH MONOMER IS A BIOLOGICAL UNIT. MONOMER ONE ... COMPOUND THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 2 MONOMERS. EACH MONOMER IS A BIOLOGICAL UNIT. MONOMER ONE CONSISTS OF CHAINS A-L AND 1-4. MONOMER TWO CONSISTS OF CHAINS P-Z AND 5-0. CHAIN IDS P-Z AND 5-0 ARE FOR THE CHAIN ID ASSIGNMENT IN THE PDB FILE ONLY AND ARE NOT SUPPOSED TO IMPLY THEY ARE SUBUNITS THAT ARE NOT PART OF THE FIRST MONOMER. THE CHAINS ARE RELATED BY NCS IN THE FOLLOWING WAY: CHAIN P IS THE NCS PARTNER OF CHAIN A. CHAIN Q IS THE NCS PARTNER OF CHAIN B. CHAIN R IS THE NCS PARTNER OF CHAIN C. CHAIN S IS THE NCS PARTNER OF CHAIN D. CHAIN T IS THE NCS PARTNER OF CHAIN E. CHAIN U IS THE NCS PARTNER OF CHAIN F. CHAIN V IS THE NCS PARTNER OF CHAIN G. CHAIN W IS THE NCS PARTNER OF CHAIN H. CHAIN Y IS THE NCS PARTNER OF CHAIN I. CHAIN Z IS THE NCS PARTNER OF CHAIN J. CHAIN 5 IS THE NCS PARTNER OF CHAIN K. CHAIN 6 IS THE NCS PARTNER OF CHAIN L. CHAIN 7 IS THE NCS PARTNER OF CHAIN 1. CHAIN 8 IS THE NCS PARTNER OF CHAIN 2. CHAIN 9 IS THE NCS PARTNER OF CHAIN 3. CHAIN 0 IS THE NCS PARTNER OF CHAIN 4.
Remark 295 NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE ... NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG ATOMS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. CHAIN IDENTIFIERS GIVEN AS "?" REFER TO CHAINS FOR WHICH ATOMS ARE NOT FOUND IN THIS ENTRY. APPLIED TO TRANSFORMED TO TRANSFORM CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD SSS M 1 A 29 .. 758 P 29 .. 758 0.000 WHERE SSS -> COLUMNS 8-10 OF MTRIX RECORDS REMARK: THE RMSD IS 0.00 IN ALL TRANSFORMED CHAINS. THEY WERE ALL GENERATED AUTOMATICALLY BY EXACTLY THE SAME TRANSFORMATION, FROM THE FIRST MONOMER.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAA
B: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAB
C: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAC
D: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAD
E: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAE
F: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAF
G: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAG
H: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAH
I: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAI
J: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAJ
K: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAK
L: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAL
1: PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA1
2: PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA2
3: PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA3
4: PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA4
P: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAA
Q: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAB
R: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAC
S: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAD
T: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAE
U: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAF
V: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAG
W: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAH
Y: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAI
Z: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAJ
5: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAK
6: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAL
7: PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA1
8: PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA2
9: PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA3
0: PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)771,331376
ポリマ－468,99332
非ポリマー302,338344
水00
1
A: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAA
B: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAB
C: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAC
D: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAD
E: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAE
F: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAF
G: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAG
H: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAH
I: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAI
J: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAJ
K: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAK
L: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAL
1: PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA1
2: PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA2
3: PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA3
4: PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)385,665188
ポリマ－234,49716
非ポリマー151,169172
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
P: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAA
Q: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAB
R: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAC
S: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAD
T: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAE
U: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAF
V: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAG
W: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAH
Y: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAI
Z: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAJ
5: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAK
6: PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAL
7: PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA1
8: PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA2
9: PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA3
0: PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)385,665188
ポリマ－234,49716
非ポリマー151,169172
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)182.283, 190.376, 220.253
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.82712, -0.02534, 0.56146), (0.06053, 0.99719, -0.04416), (-0.55876, 0.07051, 0.82633)
ベクター: 28.31186, 1.07145, -88.9968)

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要素

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PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT ... , 12種, 24分子 APBQCRDSETFUGVHWIYJZK5L6

#1: タンパク質 PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAA / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 61804.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 細胞内の位置: Thylakoid Membrane / 株: ALASKA
#2: タンパク質 PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAB / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 62314.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 細胞内の位置: Thylakoid Membrane / 株: ALASKA
#3: タンパク質 PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAC / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6826.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 細胞内の位置: Thylakoid Membrane / 株: ALASKA
#4: タンパク質 PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAD / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13124.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 細胞内の位置: Thylakoid Membrane / 株: ALASKA
#5: タンパク質 PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 5464.728 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 細胞内の位置: Thylakoid Membrane / 株: ALASKA
#6: タンパク質 PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAF / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13804.815 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 細胞内の位置: Thylakoid Membrane / 株: ALASKA
#7: タンパク質 PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAG / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6315.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 細胞内の位置: Thylakoid Membrane / 株: ALASKA
#8: タンパク質 PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAH / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 4443.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 細胞内の位置: Thylakoid Membrane / 株: ALASKA
#9: タンパク質・ペプチド PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAI / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 細胞内の位置: Thylakoid Membrane / 株: ALASKA
#10: タンパク質・ペプチド PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAJ / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 3507.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 細胞内の位置: Thylakoid Membrane / 株: ALASKA
#11: タンパク質・ペプチド PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAK / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 3592.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 細胞内の位置: Thylakoid Membrane / 株: ALASKA
#12: タンパク質 PLANT PHOTOSYSTEM I: SUBUNIT PSAL / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11507.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 細胞内の位置: Thylakoid Membrane / 株: ALASKA

-
PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT ... , 4種, 8分子 17283940

#13: タンパク質 PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9294.448 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 細胞内の位置: Thylakoid Membrane / 株: ALASKA
#14: タンパク質 PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9805.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 細胞内の位置: Thylakoid Membrane / 株: ALASKA
#15: タンパク質 PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9975.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 細胞内の位置: Thylakoid Membrane / 株: ALASKA
#16: タンパク質 PLANT LIGHT HARVESTING COMPLEX I(LHCI): SUBUNIT LHCA4 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10145.497 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 細胞内の位置: Thylakoid Membrane / 株: ALASKA

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非ポリマー , 3種, 344分子

#17: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#18: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#19: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: Ben-Shem, A., Nelson, N., Frolow, F. (2003) Acta Crystallogr D. 59:1824-7. PEG 6000, AMMONIUM CITRATE, PEG 400, MES, BIS-TRIS, DODECYL-THIO-MALTOSIDE, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ben-Shem, A., (2003) Acta Cryst., D59, 1824.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
17 mg/mlprotein1drop
222.5 mMMES-bis-tris1reservoirpH6.6
30.5 %(v/v)PEG4001reservoir
48.1 mMammonium citrate1reservoir
55.6-6.4 %(w/v)PEG60001reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-110.933
シンクロトロンESRF ID14-420.939
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2002年2月1日
ADSC QUANTUM 42CCD2002年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9331
20.9391
反射解像度: 4.44→50 Å / Num. all: 92318 / Num. obs: 92318 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 4.44→4.52 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique all: 4562 / Rsym value: 0.86 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 4.44→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: REFMAC MONOMER LIBRARY
詳細: RIGID BODY REFINEMENT, BULK SOLVENT CORRECTION AND TLS REFINEMENT (OF CORE REGION).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.42 4600 -RANDOM
Rwork0.41 ---
obs0.41 92318 99.6 %-
all-92318 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.44→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5488 0 8450 0 13938

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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